More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2669 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4896  DNA mismatch repair protein  58.5 
 
 
632 aa  762    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1692  DNA mismatch repair protein  53.88 
 
 
611 aa  679    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00410  DNA mismatch repair protein  52.62 
 
 
625 aa  644    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4944  DNA mismatch repair protein MutL  58.96 
 
 
645 aa  762    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0633  DNA mismatch repair protein  58.63 
 
 
623 aa  770    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0570  DNA mismatch repair protein  58.22 
 
 
648 aa  758    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.963062 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4687  DNA mismatch repair protein  58.01 
 
 
633 aa  748    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427145  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0521  DNA mismatch repair protein  58.4 
 
 
635 aa  749    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0525121  normal  0.511532 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4948  DNA mismatch repair protein  58.35 
 
 
632 aa  761    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.167425  normal  0.037125 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4772  DNA mismatch repair protein  58.5 
 
 
633 aa  764    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.209994  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2669  DNA mismatch repair protein  100 
 
 
630 aa  1305    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.680786  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0895  DNA mismatch repair protein MutL  56.62 
 
 
611 aa  717    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.347619  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07520  DNA mismatch repair protein  57.32 
 
 
641 aa  758    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1275  DNA mismatch repair protein  56.74 
 
 
644 aa  735    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2771  DNA mismatch repair protein  62.74 
 
 
629 aa  794    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2634  DNA mismatch repair protein  57.83 
 
 
641 aa  767    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00330895  unclonable  0.0000000000120627 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65350  DNA mismatch repair protein  58.32 
 
 
633 aa  754    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5675  DNA mismatch repair protein  58.63 
 
 
633 aa  756    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0571  DNA mismatch repair protein MutL  50.39 
 
 
636 aa  620  1e-176  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.707368  hitchhiker  0.00000000963067 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0494  DNA mismatch repair protein MutL  52.17 
 
 
626 aa  613  9.999999999999999e-175  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.220055  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2081  DNA mismatch repair protein  50.87 
 
 
621 aa  613  9.999999999999999e-175  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2002  DNA mismatch repair protein  51.18 
 
 
619 aa  611  1e-173  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1144  DNA mismatch repair protein MutL  48.82 
 
 
616 aa  580  1e-164  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.513301  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1384  DNA mismatch repair protein MutL  47.88 
 
 
613 aa  578  1e-164  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.664684 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1823  DNA mismatch repair protein MutL  48.01 
 
 
628 aa  577  1.0000000000000001e-163  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000270616  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0845  DNA mismatch repair protein  47.38 
 
 
574 aa  573  1.0000000000000001e-162  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00243998  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1186  DNA mismatch repair protein  47.15 
 
 
575 aa  573  1.0000000000000001e-162  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00913008  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1084  DNA mismatch repair protein MutL  47.89 
 
 
630 aa  570  1e-161  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.967595  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2015  DNA mismatch repair protein MutL  47.18 
 
 
617 aa  550  1e-155  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3164  DNA mismatch repair protein MutL  46.51 
 
 
615 aa  550  1e-155  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1157  DNA mismatch repair protein MutL  45.47 
 
 
644 aa  543  1e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.299575  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2563  DNA mismatch repair protein  45.82 
 
 
636 aa  535  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3466  DNA mismatch repair protein MutL  46.76 
 
 
622 aa  535  1e-151  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.52693  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1517  DNA mismatch repair protein MutL  43.87 
 
 
598 aa  532  1e-150  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.249931 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3209  DNA mismatch repair protein MutL  47.41 
 
 
660 aa  534  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230102  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2769  DNA mismatch repair protein  45.18 
 
 
652 aa  525  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286219  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2430  DNA mismatch repair protein  45.61 
 
 
635 aa  525  1e-148  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1320  DNA mismatch repair protein  44.36 
 
 
705 aa  526  1e-148  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2908  DNA mismatch repair protein  45.39 
 
 
655 aa  527  1e-148  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0668  DNA mismatch repair protein MutL  45.95 
 
 
620 aa  525  1e-148  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.422126  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2836  DNA mismatch repair protein  44.89 
 
 
647 aa  525  1e-147  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0514  DNA mismatch repair protein  43.22 
 
 
684 aa  523  1e-147  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2314  DNA mismatch repair protein  43.22 
 
 
684 aa  523  1e-147  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3308  DNA mismatch repair protein  43.6 
 
 
681 aa  524  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.554472  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3297  DNA mismatch repair protein  43.22 
 
 
684 aa  523  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365803  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2485  DNA mismatch repair protein  43.95 
 
 
691 aa  522  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.933999  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1085  DNA mismatch repair protein  43.22 
 
 
684 aa  523  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2192  DNA mismatch repair protein  43.22 
 
 
684 aa  523  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0685  DNA mismatch repair protein  45.19 
 
 
661 aa  523  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0660  DNA mismatch repair protein  45.54 
 
 
661 aa  525  1e-147  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3853  DNA mismatch repair protein  45.08 
 
 
661 aa  521  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.558268  normal  0.998912 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3308  DNA mismatch repair protein MutL  43.29 
 
 
664 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0893  DNA mismatch repair protein MutL  44.27 
 
 
657 aa  508  9.999999999999999e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.639278  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0978  DNA mismatch repair protein MutL  44.27 
 
 
657 aa  506  9.999999999999999e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2031  DNA mismatch repair protein MutL  44.9 
 
 
604 aa  500  1e-140  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.440642  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4225  DNA mismatch repair protein MutL  43.64 
 
 
687 aa  493  9.999999999999999e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.724774  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1125  DNA mismatch repair protein MutL  42.4 
 
 
651 aa  484  1e-135  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.279862 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2713  DNA mismatch repair protein  41.44 
 
 
606 aa  477  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0102  DNA mismatch repair protein  41.88 
 
 
644 aa  473  1e-132  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2933  DNA mismatch repair protein  42.3 
 
 
612 aa  472  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.169061 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1095  DNA mismatch repair protein  42.02 
 
 
632 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.045837  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1599  DNA mismatch repair protein MutL  41.96 
 
 
595 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.907039  normal  0.222038 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2756  DNA mismatch repair protein  44.02 
 
 
653 aa  459  9.999999999999999e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.25704  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1927  mismatch repair protein MutL  41.96 
 
 
595 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2758  DNA mismatch repair protein  42.01 
 
 
616 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3264  DNA mismatch repair protein  40.9 
 
 
681 aa  456  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.815986  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0293  DNA mismatch repair protein  39.02 
 
 
602 aa  449  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4062  DNA mismatch repair protein  41 
 
 
643 aa  452  1e-125  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1040  DNA mismatch repair protein MutL  40.83 
 
 
632 aa  449  1e-125  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0533  DNA mismatch repair protein  44.97 
 
 
629 aa  451  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000857622  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002257  DNA mismatch repair protein MutL  42.62 
 
 
670 aa  448  1.0000000000000001e-124  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.558957  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3921  DNA mismatch repair protein  43.05 
 
 
661 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0286731  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3049  DNA mismatch repair protein  41.25 
 
 
626 aa  448  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2946  DNA mismatch repair protein  40.31 
 
 
629 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3723  DNA mismatch repair protein  42.45 
 
 
669 aa  443  1e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0150049  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0490  DNA mismatch repair protein  43.95 
 
 
649 aa  442  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00424491  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00096  DNA mismatch repair protein  42.65 
 
 
681 aa  444  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3801  DNA mismatch repair protein  43.08 
 
 
635 aa  439  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0323  DNA mismatch repair protein MutL  43.71 
 
 
652 aa  441  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0429  DNA mismatch repair protein  43.83 
 
 
624 aa  442  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000237281  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0218  DNA mismatch repair protein  40.5 
 
 
623 aa  441  9.999999999999999e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0787206  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4265  DNA mismatch repair protein MutL  40.03 
 
 
687 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.221737 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3655  DNA mismatch repair protein  43.08 
 
 
635 aa  439  9.999999999999999e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0128216  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4632  DNA mismatch repair protein MutL  39.58 
 
 
661 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.56362  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0198  DNA mismatch repair protein  40.5 
 
 
623 aa  441  9.999999999999999e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3240  DNA mismatch repair protein MutL  42.38 
 
 
628 aa  437  1e-121  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1201  DNA mismatch repair protein  40.22 
 
 
611 aa  438  1e-121  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.894444  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2869  DNA mismatch repair protein MutL  40.66 
 
 
605 aa  437  1e-121  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110636 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4047  DNA mismatch repair protein  41.13 
 
 
610 aa  437  1e-121  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0701  DNA mismatch repair protein  43.08 
 
 
635 aa  439  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.138509  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0491  DNA mismatch repair protein  39.97 
 
 
594 aa  432  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0595243  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2127  DNA mismatch repair protein  40.1 
 
 
603 aa  432  1e-120  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.633502  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7371  DNA mismatch repair protein MutL  40 
 
 
621 aa  432  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0441  DNA mismatch repair protein  40.97 
 
 
620 aa  434  1e-120  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1083  DNA mismatch repair protein  40.78 
 
 
615 aa  434  1e-120  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0616  DNA mismatch repair protein  39.5 
 
 
633 aa  434  1e-120  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0800065 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3823  DNA mismatch repair protein MutL  43.83 
 
 
615 aa  429  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000414583  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1466  DNA mismatch repair protein MutL  40.78 
 
 
635 aa  429  1e-119  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.643627  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0363  DNA mismatch repair protein  39.03 
 
 
621 aa  431  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.127252  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4412  DNA mismatch repair protein  43.83 
 
 
615 aa  429  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0194282  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>