More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4687 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_4896  DNA mismatch repair protein  95.89 
 
 
632 aa  1231    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1692  DNA mismatch repair protein  56.37 
 
 
611 aa  686    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4687  DNA mismatch repair protein  100 
 
 
633 aa  1288    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427145  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4944  DNA mismatch repair protein MutL  83.78 
 
 
645 aa  1065    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4772  DNA mismatch repair protein  96.05 
 
 
633 aa  1234    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.209994  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2634  DNA mismatch repair protein  56.44 
 
 
641 aa  733    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00330895  unclonable  0.0000000000120627 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0570  DNA mismatch repair protein  84.34 
 
 
648 aa  1079    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.963062 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00410  DNA mismatch repair protein  54.93 
 
 
625 aa  640    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0521  DNA mismatch repair protein  85.44 
 
 
635 aa  1080    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0525121  normal  0.511532 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2771  DNA mismatch repair protein  62.64 
 
 
629 aa  792    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0633  DNA mismatch repair protein  82.99 
 
 
623 aa  1050    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2669  DNA mismatch repair protein  58.32 
 
 
630 aa  750    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.680786  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1275  DNA mismatch repair protein  57.43 
 
 
644 aa  711    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0895  DNA mismatch repair protein MutL  59.05 
 
 
611 aa  704    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.347619  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4948  DNA mismatch repair protein  95.73 
 
 
632 aa  1234    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.167425  normal  0.037125 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07520  DNA mismatch repair protein  78.43 
 
 
641 aa  983    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65350  DNA mismatch repair protein  81.42 
 
 
633 aa  1026    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5675  DNA mismatch repair protein  81.57 
 
 
633 aa  1027    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0571  DNA mismatch repair protein MutL  51 
 
 
636 aa  616  1e-175  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.707368  hitchhiker  0.00000000963067 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0494  DNA mismatch repair protein MutL  54.25 
 
 
626 aa  608  9.999999999999999e-173  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.220055  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1144  DNA mismatch repair protein MutL  52.19 
 
 
616 aa  602  1.0000000000000001e-171  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.513301  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2081  DNA mismatch repair protein  52.38 
 
 
621 aa  582  1.0000000000000001e-165  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2002  DNA mismatch repair protein  52.28 
 
 
619 aa  578  1e-164  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2908  DNA mismatch repair protein  50.15 
 
 
655 aa  577  1.0000000000000001e-163  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1084  DNA mismatch repair protein MutL  47.2 
 
 
630 aa  569  1e-161  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.967595  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2621  DNA mismatch repair protein  50.08 
 
 
662 aa  571  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3853  DNA mismatch repair protein  48.94 
 
 
661 aa  566  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.558268  normal  0.998912 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0685  DNA mismatch repair protein  50 
 
 
661 aa  567  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0660  DNA mismatch repair protein  49.69 
 
 
661 aa  567  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2192  DNA mismatch repair protein  48.8 
 
 
684 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2563  DNA mismatch repair protein  50.08 
 
 
636 aa  565  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1823  DNA mismatch repair protein MutL  50.23 
 
 
628 aa  564  1.0000000000000001e-159  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000270616  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2314  DNA mismatch repair protein  48.8 
 
 
684 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2769  DNA mismatch repair protein  49.85 
 
 
652 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286219  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3297  DNA mismatch repair protein  48.8 
 
 
684 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365803  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1085  DNA mismatch repair protein  48.8 
 
 
684 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0281  DNA mismatch repair protein  49.17 
 
 
667 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0514  DNA mismatch repair protein  48.8 
 
 
684 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0765  DNA mismatch repair protein  49.17 
 
 
667 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3308  DNA mismatch repair protein  48.94 
 
 
681 aa  561  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.554472  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2836  DNA mismatch repair protein  49.61 
 
 
647 aa  559  1e-158  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1384  DNA mismatch repair protein MutL  49.06 
 
 
613 aa  561  1e-158  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.664684 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0845  DNA mismatch repair protein  47.29 
 
 
574 aa  559  1e-158  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00243998  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1186  DNA mismatch repair protein  47.13 
 
 
575 aa  558  1e-158  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00913008  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1320  DNA mismatch repair protein  47.83 
 
 
705 aa  557  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2430  DNA mismatch repair protein  49.61 
 
 
635 aa  558  1e-157  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3264  DNA mismatch repair protein  48.94 
 
 
681 aa  558  1e-157  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.815986  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0750  DNA mismatch repair protein  48.28 
 
 
687 aa  550  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.536316  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2485  DNA mismatch repair protein  47.85 
 
 
691 aa  547  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.933999  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1517  DNA mismatch repair protein MutL  49.28 
 
 
598 aa  546  1e-154  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.249931 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3164  DNA mismatch repair protein MutL  48.31 
 
 
615 aa  545  1e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0668  DNA mismatch repair protein MutL  46.96 
 
 
620 aa  524  1e-147  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.422126  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3209  DNA mismatch repair protein MutL  47.72 
 
 
660 aa  520  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230102  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1157  DNA mismatch repair protein MutL  46.58 
 
 
644 aa  517  1.0000000000000001e-145  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.299575  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3466  DNA mismatch repair protein MutL  46.99 
 
 
622 aa  511  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.52693  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2031  DNA mismatch repair protein MutL  48.01 
 
 
604 aa  509  1e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.440642  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2015  DNA mismatch repair protein MutL  45.23 
 
 
617 aa  502  1e-141  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1125  DNA mismatch repair protein MutL  45.89 
 
 
651 aa  496  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.279862 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3308  DNA mismatch repair protein MutL  43.59 
 
 
664 aa  489  1e-137  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4225  DNA mismatch repair protein MutL  45.21 
 
 
687 aa  491  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.724774  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1466  DNA mismatch repair protein MutL  45.43 
 
 
635 aa  488  1e-136  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.643627  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0293  DNA mismatch repair protein  44.36 
 
 
602 aa  481  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1040  DNA mismatch repair protein MutL  44.2 
 
 
632 aa  474  1e-132  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1927  mismatch repair protein MutL  43.99 
 
 
595 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1599  DNA mismatch repair protein MutL  43.99 
 
 
595 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.907039  normal  0.222038 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2713  DNA mismatch repair protein  44.41 
 
 
606 aa  466  9.999999999999999e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3054  DNA mismatch repair protein  43.94 
 
 
643 aa  464  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0230443  normal  0.222547 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0533  DNA mismatch repair protein  45.78 
 
 
629 aa  461  9.999999999999999e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000857622  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2933  DNA mismatch repair protein  45.25 
 
 
612 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.169061 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0428  DNA mismatch repair protein  42.97 
 
 
605 aa  461  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329312  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1095  DNA mismatch repair protein  45.5 
 
 
632 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.045837  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0429  DNA mismatch repair protein  45.03 
 
 
624 aa  457  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000237281  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3921  DNA mismatch repair protein  42.56 
 
 
661 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0286731  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3723  DNA mismatch repair protein  42.42 
 
 
669 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0150049  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3049  DNA mismatch repair protein  43.12 
 
 
626 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2758  DNA mismatch repair protein  44.65 
 
 
616 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3655  DNA mismatch repair protein  43.81 
 
 
635 aa  450  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0128216  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3801  DNA mismatch repair protein  43.81 
 
 
635 aa  450  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2756  DNA mismatch repair protein  45.1 
 
 
653 aa  449  1e-125  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.25704  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002257  DNA mismatch repair protein MutL  43.09 
 
 
670 aa  451  1e-125  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.558957  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2946  DNA mismatch repair protein  43.59 
 
 
629 aa  449  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0701  DNA mismatch repair protein  43.81 
 
 
635 aa  451  1e-125  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.138509  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0441  DNA mismatch repair protein  42.04 
 
 
620 aa  449  1e-125  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0616  DNA mismatch repair protein  43.61 
 
 
633 aa  451  1e-125  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0800065 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4062  DNA mismatch repair protein  42.84 
 
 
643 aa  448  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00096  DNA mismatch repair protein  42.03 
 
 
681 aa  446  1.0000000000000001e-124  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0490  DNA mismatch repair protein  43.88 
 
 
649 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00424491  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1083  DNA mismatch repair protein  43.24 
 
 
615 aa  448  1.0000000000000001e-124  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0218  DNA mismatch repair protein  42.61 
 
 
623 aa  444  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0787206  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4047  DNA mismatch repair protein  42.68 
 
 
610 aa  444  1e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0102  DNA mismatch repair protein  41.51 
 
 
644 aa  442  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0198  DNA mismatch repair protein  42.61 
 
 
623 aa  444  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0363  DNA mismatch repair protein  43.92 
 
 
621 aa  441  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.127252  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0491  DNA mismatch repair protein  41.92 
 
 
594 aa  438  1e-121  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0595243  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0539  DNA mismatch repair protein  41.07 
 
 
600 aa  437  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111991  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0895  DNA mismatch repair protein  40.49 
 
 
617 aa  437  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.380086  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4641  DNA mismatch repair protein  45.26 
 
 
615 aa  436  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.231193  normal  0.0766044 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4720  DNA mismatch repair protein  44.92 
 
 
618 aa  438  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2127  DNA mismatch repair protein  41.95 
 
 
603 aa  433  1e-120  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.633502  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4777  DNA mismatch repair protein  44.74 
 
 
618 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00171491  normal  0.0289843 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>