More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_2882 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
300 aa  590  1e-167  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  60 
 
 
301 aa  320  1.9999999999999998e-86  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  49.67 
 
 
303 aa  287  2e-76  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  48.81 
 
 
306 aa  278  7e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  48.81 
 
 
306 aa  278  7e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  47.02 
 
 
308 aa  278  7e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27171  pseudouridine synthase  43.29 
 
 
338 aa  211  1e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  40.92 
 
 
315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2106  pseudouridine synthase  39.45 
 
 
315 aa  175  9e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  34.3 
 
 
323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  34.3 
 
 
323 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.63 
 
 
301 aa  139  6e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  33.33 
 
 
318 aa  135  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  34 
 
 
331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  31.56 
 
 
306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.4 
 
 
296 aa  133  3e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  31.7 
 
 
305 aa  132  7.999999999999999e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  33.89 
 
 
304 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  28.81 
 
 
306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  28.47 
 
 
306 aa  129  7.000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.26 
 
 
296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  29.14 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  35.46 
 
 
326 aa  127  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  30.3 
 
 
302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.8 
 
 
325 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  29.33 
 
 
302 aa  126  5e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  30.41 
 
 
304 aa  126  5e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  33.11 
 
 
350 aa  125  7e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29 
 
 
302 aa  125  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  29 
 
 
302 aa  125  1e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  29 
 
 
302 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  29 
 
 
302 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  30.3 
 
 
304 aa  125  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  29.33 
 
 
302 aa  124  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29 
 
 
302 aa  124  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.15 
 
 
320 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  34.32 
 
 
322 aa  124  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  35.79 
 
 
325 aa  123  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  35.16 
 
 
300 aa  124  3e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.68 
 
 
324 aa  123  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.21 
 
 
325 aa  122  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.46 
 
 
303 aa  122  6e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  28.67 
 
 
302 aa  122  6e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  34.46 
 
 
318 aa  122  6e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  29.53 
 
 
302 aa  122  6e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11940  Pseudouridine synthase  32.14 
 
 
336 aa  122  7e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  34.75 
 
 
326 aa  122  8e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  34.75 
 
 
326 aa  122  8e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  35.02 
 
 
310 aa  122  8e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  34.75 
 
 
326 aa  122  8e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  34.75 
 
 
326 aa  122  8e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  34.75 
 
 
326 aa  122  8e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  0.000000284548 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.48 
 
 
326 aa  122  8e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000664381  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  34.75 
 
 
326 aa  122  8e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000325368  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  37.55 
 
 
327 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3074  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.05 
 
 
326 aa  121  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.273549  normal  0.0295932 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.16 
 
 
323 aa  121  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  34.56 
 
 
320 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  34.4 
 
 
326 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  29.59 
 
 
305 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.77 
 
 
318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  31.33 
 
 
326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  37.55 
 
 
352 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.27 
 
 
303 aa  121  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  28.76 
 
 
303 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.81 
 
 
304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.28 
 
 
333 aa  120  3e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  32.19 
 
 
325 aa  120  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.08 
 
 
308 aa  120  3e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  35.68 
 
 
325 aa  120  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  31.39 
 
 
323 aa  120  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  35.31 
 
 
309 aa  120  3e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.83 
 
 
312 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  36.49 
 
 
313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.75 
 
 
323 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000261033  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3143  23S rRNA pseudouridine synthase D  34.32 
 
 
325 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0193  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.08 
 
 
319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.341047  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.49 
 
 
323 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000045802  normal  0.354843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3074  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.49 
 
 
323 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000195279  normal  0.766873 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  36.03 
 
 
329 aa  119  7e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.25 
 
 
334 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0884  23S rRNA pseudouridine synthase D  35.19 
 
 
325 aa  119  7.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0692792  normal  0.0818759 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.39 
 
 
312 aa  119  7.999999999999999e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2858  23S rRNA pseudouridine synthase D  35.62 
 
 
326 aa  119  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0524542 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2877  23S rRNA pseudouridine synthase D  35.62 
 
 
326 aa  119  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.673786 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2879  23S rRNA pseudouridine synthase D  35.62 
 
 
326 aa  119  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.206538 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  28.11 
 
 
306 aa  118  9e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2774  23S rRNA pseudouridine synthase D  35.62 
 
 
326 aa  119  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00023272  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2991  23S rRNA pseudouridine synthase D  35.62 
 
 
326 aa  119  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.99 
 
 
334 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  31.23 
 
 
329 aa  117  1.9999999999999998e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1002  pseudouridine synthase, RluA family  34.19 
 
 
325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.550845  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.34 
 
 
318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1136  23S rRNA pseudouridine synthase D  33.47 
 
 
325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.339776  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  33.82 
 
 
320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.13 
 
 
323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.87 
 
 
300 aa  117  3e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  33.56 
 
 
313 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.77 
 
 
320 aa  117  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  30.89 
 
 
323 aa  117  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>