254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0528 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0528  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 315 aa  650    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000128694  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3516  periplasmic solute binding protein  73.33 
 
 		 288 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.996617  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3310  periplasmic solute binding protein  68.09 
 
 		 302 aa  441  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0243618  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3798  periplasmic solute binding protein  66.78 
 
 		 302 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.173939  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0565  adhesion protein, putative  69.66 
 
 		 293 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0527  periplasmic solute binding protein  66.78 
 
 		 302 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000427742  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3924  periplasmic solute binding protein  66.45 
 
 		 302 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0126038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3741  periplasmic solute binding protein  66.78 
 
 		 302 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.434352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0617  periplasmic solute binding protein  68.21 
 
 		 304 aa  432  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00875081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3715  periplasmic solute binding protein  65.36 
 
 		 307 aa  427  1e-119  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000108388  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0567  periplasmic solute binding protein  66.78 
 
 		 302 aa  429  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3463  periplasmic solute binding protein  66.78 
 
 		 302 aa  430  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4333  periplasmic solute binding protein  65.46 
 
 		 303 aa  429  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0566  periplasmic solute binding protein  66.78 
 
 		 302 aa  429  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0448  periplasmic solute binding protein  66.23 
 
 		 303 aa  430  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.158105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3141  adhesion protein, putative  66.08 
 
 		 302 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.452459  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000605  zinc ABC transporter-binding protein ZnuA  48.63 
 
 		 308 aa  291  7e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000153864  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06465  hypothetical protein  48.7 
 
 		 308 aa  285  7e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2538  zinc/manganese transport system substrate-binding protein  47.5 
 
 		 297 aa  277  2e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.41437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0199  periplasmic solute binding protein  43.62 
 
 		 298 aa  269  4e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.254854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1548  periplasmic solute binding protein  34.67 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000077382  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3917  periplasmic solute binding protein  36.82 
 
 		 309 aa  179  7e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.247464  normal  0.1329 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1530  periplasmic solute binding protein  40.49 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.311517  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0051  periplasmic solute binding protein  31.25 
 
 		 292 aa  174  9.999999999999999e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.958228  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1625  periplasmic solute binding protein  40.08 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.624808  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2339  ABC metal ion transporter, periplasmic solute binding protein  39.84 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.591821  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1535  periplasmic solute binding protein  37.87 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.619757 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0972  periplasmic solute binding protein  33.22 
 
 		 292 aa  155  8e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0180469  normal  0.0507696 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2435  periplasmic solute binding protein  32.85 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0108745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0490  periplasmic solute binding protein  31.98 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3052  periplasmic solute binding protein  34.96 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2781  periplasmic solute binding protein  25.8 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0852  high-affinity zinc uptake system protein ZnuA precursor  27.42 
 
 		 297 aa  78.6  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0338292  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18350  periplasmic solute binding protein  24.52 
 
 		 308 aa  75.5  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000303257  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0333  periplasmic solute binding protein  22.61 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000273282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1915  periplasmic solute binding protein  28.1 
 
 		 365 aa  68.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.163703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0860  periplasmic solute binding protein  23.89 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00530614  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0131  periplasmic solute binding protein  21.9 
 
 		 285 aa  65.5  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004106  zinc ABC transporter-binding protein ZnuA  25.51 
 
 		 295 aa  65.5  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01361  hypothetical protein  25.5 
 
 		 293 aa  65.1  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2304  putative ABC-transporter metal-binding lipoprotein  25.29 
 
 		 311 aa  63.9  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3888  periplasmic solute binding protein  24.11 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3938  periplasmic solute binding protein  25.13 
 
 		 310 aa  63.5  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.165215 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4439  periplasmic solute binding protein  27.53 
 
 		 339 aa  63.5  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.914781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0195  periplasmic solute binding protein  24.88 
 
 		 292 aa  63.2  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.591767  normal  0.474509 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1681  periplasmic solute binding protein  21.91 
 
 		 277 aa  62.8  0.000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1216  periplasmic solute binding protein  22.05 
 
 		 278 aa  62.4  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4951  periplasmic solute binding protein  26.78 
 
 		 317 aa  61.2  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  25.43 
 
 		 368 aa  60.8  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2836  periplasmic solute binding protein  27.98 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2317  periplasmic solute binding protein  21.32 
 
 		 300 aa  59.7  0.00000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_11141  hypothetical protein  24.37 
 
 		 324 aa  59.7  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.201387 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3249  periplasmic solute binding protein  25.76 
 
 		 322 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.284399  normal  0.365665 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  26.04 
 
 		 346 aa  57.8  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0717  ABC Mn2+/Zn2+ transporter, periplasmic ligand binding protein  25.76 
 
 		 330 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06745  hypothetical protein  23.05 
 
 		 311 aa  56.6  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3227  periplasmic solute binding protein  24.51 
 
 		 312 aa  56.2  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0202963  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0123  periplasmic solute binding protein  21.92 
 
 		 307 aa  56.2  0.0000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2553  periplasmic solute binding protein  25.31 
 
 		 319 aa  55.8  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03390  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  29.52 
 
 		 319 aa  55.8  0.0000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.563003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2105  high-affinity zinc transporter periplasmic component  24.5 
 
 		 314 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.060713  normal  0.639588 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4184  periplasmic solute binding protein  22.74 
 
 		 307 aa  55.5  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0757118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2423  periplasmic solute binding protein  23.47 
 
 		 296 aa  55.8  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.890095  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2050  high-affinity zinc transporter periplasmic component  24.5 
 
 		 314 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153419  normal  0.0811015 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1357  high-affinity zinc transporter periplasmic component  24.5 
 
 		 314 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00461561 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0989  periplasmic solute binding protein  24.15 
 
 		 295 aa  55.5  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2045  high-affinity zinc transporter periplasmic component  24.5 
 
 		 314 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.279295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1233  high-affinity zinc transporter periplasmic component  24.5 
 
 		 314 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00176582  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1578  periplasmic solute binding protein  23.23 
 
 		 314 aa  54.7  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2773  high-affinity zinc transporter periplasmic component  26.44 
 
 		 321 aa  55.1  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000694266  hitchhiker  0.00715956 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0139  adhesion protein, putative  25.81 
 
 		 294 aa  54.3  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0377699  normal  0.42131 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7033  periplasmic solute binding protein  24.41 
 
 		 315 aa  54.3  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  23.98 
 
 		 309 aa  53.9  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1029  ABC transporter substrate binding protein  30.91 
 
 		 393 aa  53.9  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421036  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3491  periplasmic solute binding protein  22.11 
 
 		 323 aa  54.3  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.171763  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0626  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  30.91 
 
 		 320 aa  54.3  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.695512  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2460  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  30.91 
 
 		 320 aa  54.3  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0866  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  30.91 
 
 		 320 aa  54.3  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0870  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  30.91 
 
 		 320 aa  54.3  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.812377  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0074  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  30.91 
 
 		 312 aa  53.9  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  19.7 
 
 		 308 aa  53.5  0.000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0328  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  30.91 
 
 		 291 aa  53.5  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.344237  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0930  periplasmic solute binding protein  23.03 
 
 		 292 aa  53.5  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.933909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2047  periplasmic solute binding protein  22.54 
 
 		 311 aa  53.5  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.862803 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3046  periplasmic solute binding protein  24.58 
 
 		 336 aa  53.9  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0205239  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0604  periplasmic solute binding protein  21.89 
 
 		 290 aa  53.5  0.000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0119  periplasmic solute binding protein  23.36 
 
 		 344 aa  53.5  0.000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.527461 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0843  periplasmic solute-binding protein  24.11 
 
 		 344 aa  53.1  0.000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.620273  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0801  periplasmic solute binding protein  26.18 
 
 		 267 aa  53.1  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0602  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  25.79 
 
 		 294 aa  53.1  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0754  periplasmic solute binding protein  25.79 
 
 		 310 aa  53.1  0.000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.130073 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0184  laminin-binding surface protein  19.61 
 
 		 317 aa  52.8  0.000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.570136  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0278  laminin-binding surface protein  19.61 
 
 		 317 aa  52.8  0.000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0824  periplasmic solute binding protein  26.18 
 
 		 267 aa  52.8  0.000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1827  high-affinity zinc transporter periplasmic component  23.26 
 
 		 339 aa  52.8  0.000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0735941  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0690  ABC transporter solute-binding protein  29.38 
 
 		 333 aa  52.8  0.000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2483  periplasmic solute binding protein  24.12 
 
 		 317 aa  52.8  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0697  periplasmic solute binding protein  28.5 
 
 		 313 aa  52.8  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.669096 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0222  periplasmic solute binding protein  27.43 
 
 		 306 aa  52.8  0.000009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1232  periplasmic solute binding protein  24.56 
 
 		 347 aa  52.4  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>