More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1827 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1827  high-affinity zinc transporter periplasmic component  100 
 
 		 339 aa  696    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0735941  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2111  high-affinity zinc transporter periplasmic component  95.56 
 
 		 339 aa  607  9.999999999999999e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0209857  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2773  high-affinity zinc transporter periplasmic component  69.85 
 
 		 321 aa  464  9.999999999999999e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000694266  hitchhiker  0.00715956 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2142  high-affinity zinc transporter periplasmic component  66.57 
 
 		 340 aa  451  1.0000000000000001e-126  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000717331  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2140  high-affinity zinc transporter periplasmic component  72.09 
 
 		 318 aa  448  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000251275  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2027  high-affinity zinc transporter periplasmic component  72.39 
 
 		 318 aa  449  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000130529  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2251  high-affinity zinc transporter periplasmic component  67.16 
 
 		 340 aa  439  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000558415  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2105  high-affinity zinc transporter periplasmic component  63.19 
 
 		 314 aa  404  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.060713  normal  0.639588 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2045  high-affinity zinc transporter periplasmic component  63.19 
 
 		 314 aa  404  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.279295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1357  high-affinity zinc transporter periplasmic component  63.19 
 
 		 314 aa  404  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00461561 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2050  high-affinity zinc transporter periplasmic component  63.19 
 
 		 314 aa  404  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153419  normal  0.0811015 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1233  high-affinity zinc transporter periplasmic component  63.19 
 
 		 314 aa  404  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00176582  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2593  high-affinity zinc transporter periplasmic component  62.54 
 
 		 310 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00016843  normal  0.856449 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01828  high-affinity zinc transporter periplasmic component  61.56 
 
 		 310 aa  391  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0190601  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1783  periplasmic solute binding protein  61.56 
 
 		 328 aa  391  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000935054  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2087  high-affinity zinc transporter periplasmic component  61.56 
 
 		 310 aa  392  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000165105  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1951  high-affinity zinc transporter periplasmic component  61.56 
 
 		 310 aa  391  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00866903  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1329  high-affinity zinc transporter periplasmic component  61.56 
 
 		 352 aa  391  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00390701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1775  high-affinity zinc transporter periplasmic component  61.56 
 
 		 310 aa  391  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000650264  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01816  hypothetical protein  61.56 
 
 		 310 aa  391  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0117492  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0953  high-affinity zinc transporter periplasmic component  61.24 
 
 		 310 aa  389  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0035869  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2426  high-affinity zinc transporter periplasmic component  60.26 
 
 		 314 aa  383  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000208109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0852  high-affinity zinc uptake system protein ZnuA precursor  40.31 
 
 		 297 aa  242  6e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0338292  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2184  ABC transporter substrate binding protein (zinc)  41.46 
 
 		 308 aa  230  3e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.2291  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01361  hypothetical protein  40.13 
 
 		 293 aa  224  1e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2718  periplasmic solute binding protein  40.06 
 
 		 344 aa  223  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11219  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004106  zinc ABC transporter-binding protein ZnuA  40.31 
 
 		 295 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2751  periplasmic solute binding protein  37.24 
 
 		 332 aa  219  7e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1667  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  41.45 
 
 		 297 aa  216  5e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6299  putative adhesin  38.08 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1194  periplasmic solute binding protein  38.93 
 
 		 329 aa  213  5.999999999999999e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.170646 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0059  periplasmic solute binding protein  38.99 
 
 		 309 aa  211  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1122  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  37.46 
 
 		 334 aa  208  1e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.124728  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72550  putative adhesin  37.38 
 
 		 307 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1027  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  37.46 
 
 		 334 aa  208  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4176  periplasmic solute binding protein  35.24 
 
 		 346 aa  206  4e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1697  periplasmic solute binding protein  34.8 
 
 		 347 aa  204  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.668207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1122  periplasmic solute binding protein  37.16 
 
 		 328 aa  201  9.999999999999999e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1730  periplasmic solute binding protein  37.75 
 
 		 313 aa  200  3.9999999999999996e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2384  periplasmic solute binding protein  35.38 
 
 		 351 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691591  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00830  ABC transporter, periplasmic binding protein  38.22 
 
 		 297 aa  197  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3183  periplasmic solute binding protein  33.71 
 
 		 371 aa  196  3e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0392805  normal  0.124808 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0275  periplasmic solute binding protein  36.56 
 
 		 313 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4006  periplasmic solute binding protein  36.63 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129807  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5108  periplasmic solute binding protein  39.07 
 
 		 302 aa  189  8e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0120  periplasmic solute binding protein  36.94 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.463624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0137  periplasmic solute binding protein  37.26 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0135  periplasmic solute binding protein  36.94 
 
 		 318 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.972392 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5268  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  35.42 
 
 		 311 aa  175  8e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0312  periplasmic solute binding protein  30.03 
 
 		 362 aa  158  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1892  periplasmic solute binding protein  29.18 
 
 		 321 aa  155  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00897518  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1704  putative high-affinity zinc uptake system protein  27.4 
 
 		 356 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0200273  normal  0.0153509 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3616  periplasmic solute binding protein  29.13 
 
 		 378 aa  145  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0144381 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4140  periplasmic solute binding protein  36.75 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0842  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  27.69 
 
 		 282 aa  142  8e-33  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.290902  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0577  periplasmic solute binding protein  29.5 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.289421  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0248  periplasmic solute binding protein  28.34 
 
 		 287 aa  132  6e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3253  periplasmic solute binding protein  30.52 
 
 		 347 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0556768 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3571  ABC zinc transporter, periplasmic binding protein ZnuA  30.41 
 
 		 345 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0937  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  27.1 
 
 		 293 aa  125  7e-28  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.388709  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  27.04 
 
 		 368 aa  120  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3151  hypothetical protein  30.57 
 
 		 336 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.506548 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0188  periplasmic solute binding protein  29.33 
 
 		 334 aa  112  9e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.494723  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0624  periplasmic solute binding protein  27.47 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.17894  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1256  high-affinity zinc transporter periplasmic component  48.65 
 
 		 372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000280798  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  26.25 
 
 		 328 aa  107  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13680  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  26.42 
 
 		 320 aa  108  2e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.785587 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0833  periplasmic solute binding protein  27.53 
 
 		 345 aa  106  5e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1915  periplasmic solute binding protein  27.44 
 
 		 365 aa  106  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.163703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4495  periplasmic solute binding protein  35.64 
 
 		 350 aa  103  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  27.59 
 
 		 318 aa  103  4e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1775  periplasmic solute binding protein  27.41 
 
 		 312 aa  102  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.176875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0989  periplasmic solute binding protein  25 
 
 		 295 aa  99.4  8e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2103  adhesion lipoprotein  25.31 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1889  adhesion lipoprotein  24.84 
 
 		 316 aa  99  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.994637  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1851  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  24.84 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.623587  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2035  adhesion lipoprotein  24.84 
 
 		 316 aa  99  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2183  periplasmic solute binding protein  26.71 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.143573 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2136  putative adhesion lipoprotein  25.31 
 
 		 316 aa  99  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1885  periplasmic solute binding protein  26.92 
 
 		 316 aa  98.2  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0182568  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0516  periplasmic solute binding protein  25.51 
 
 		 299 aa  97.1  3e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1841  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  24.53 
 
 		 316 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.18542  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2025  putative adhesion lipoprotein  25.91 
 
 		 316 aa  96.7  5e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1578  periplasmic solute binding protein  23.86 
 
 		 314 aa  96.3  6e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3284  putative adhesion lipoprotein  25.61 
 
 		 316 aa  96.3  7e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3437  periplasmic solute binding protein  26.85 
 
 		 358 aa  95.5  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.18946 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0042  periplasmic solute binding protein  27.21 
 
 		 332 aa  91.7  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000671872  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2047  periplasmic solute binding protein  25.3 
 
 		 311 aa  91.3  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.862803 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0184  laminin-binding surface protein  24.32 
 
 		 317 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.570136  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0278  laminin-binding surface protein  24.32 
 
 		 317 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4568  periplasmic solute-binding protein  24.39 
 
 		 322 aa  90.9  3e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.328746  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1891  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  27.31 
 
 		 288 aa  90.1  5e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2317  periplasmic solute binding protein  25.81 
 
 		 300 aa  89.7  7e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1526  periplasmic solute binding protein  26.06 
 
 		 316 aa  89.4  8e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0139  adhesion protein, putative  26.26 
 
 		 294 aa  89  1e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0377699  normal  0.42131 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0060  XRE family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 326 aa  89  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.741905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3227  periplasmic solute binding protein  24.17 
 
 		 312 aa  89  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0202963  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2476  periplasmic solute binding protein  27.84 
 
 		 313 aa  89  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00202006  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1156  periplasmic solute binding protein  25.17 
 
 		 303 aa  88.2  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4184  periplasmic solute binding protein  23.62 
 
 		 307 aa  88.6  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0757118  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>