More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2538 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2538  zinc/manganese transport system substrate-binding protein  100 
 
 		 297 aa  589  1e-167  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.41437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0199  periplasmic solute binding protein  59.26 
 
 		 298 aa  372  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.254854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3715  periplasmic solute binding protein  52.38 
 
 		 307 aa  309  4e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000108388  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0448  periplasmic solute binding protein  50.51 
 
 		 303 aa  301  1e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.158105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4333  periplasmic solute binding protein  49.48 
 
 		 303 aa  300  2e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0565  adhesion protein, putative  51.62 
 
 		 293 aa  298  1e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0617  periplasmic solute binding protein  50 
 
 		 304 aa  296  3e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00875081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0567  periplasmic solute binding protein  51.82 
 
 		 302 aa  295  8e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0566  periplasmic solute binding protein  51.82 
 
 		 302 aa  295  8e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3463  periplasmic solute binding protein  51.82 
 
 		 302 aa  294  2e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3310  periplasmic solute binding protein  51.26 
 
 		 302 aa  293  4e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0243618  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3141  adhesion protein, putative  50.88 
 
 		 302 aa  290  2e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.452459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0527  periplasmic solute binding protein  49.13 
 
 		 302 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000427742  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3924  periplasmic solute binding protein  49.13 
 
 		 302 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0126038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3741  periplasmic solute binding protein  49.13 
 
 		 302 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.434352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3798  periplasmic solute binding protein  49.13 
 
 		 302 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.173939  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3516  periplasmic solute binding protein  48.58 
 
 		 288 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.996617  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0528  periplasmic solute binding protein  47 
 
 		 315 aa  278  6e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000128694  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000605  zinc ABC transporter-binding protein ZnuA  40.73 
 
 		 308 aa  236  3e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000153864  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06465  hypothetical protein  41.09 
 
 		 308 aa  235  6e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1548  periplasmic solute binding protein  34.35 
 
 		 294 aa  221  8e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000077382  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0972  periplasmic solute binding protein  40.07 
 
 		 292 aa  193  2e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0180469  normal  0.0507696 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0051  periplasmic solute binding protein  31.6 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.958228  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3917  periplasmic solute binding protein  37.59 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.247464  normal  0.1329 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1530  periplasmic solute binding protein  35.93 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.311517  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1625  periplasmic solute binding protein  36.27 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.624808  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1535  periplasmic solute binding protein  41.64 
 
 		 299 aa  169  7e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.619757 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0490  periplasmic solute binding protein  37 
 
 		 300 aa  168  1e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2339  ABC metal ion transporter, periplasmic solute binding protein  37.41 
 
 		 299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.591821  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2435  periplasmic solute binding protein  36.6 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0108745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3052  periplasmic solute binding protein  36.55 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7033  periplasmic solute binding protein  31.62 
 
 		 315 aa  110  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2781  periplasmic solute binding protein  30.11 
 
 		 318 aa  105  8e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  27.62 
 
 		 309 aa  84  0.000000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2183  periplasmic solute binding protein  26.79 
 
 		 311 aa  84  0.000000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.143573 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3227  periplasmic solute binding protein  28.73 
 
 		 312 aa  82  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0202963  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2103  adhesion lipoprotein  24.14 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2136  putative adhesion lipoprotein  24.14 
 
 		 316 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4184  periplasmic solute binding protein  26.45 
 
 		 307 aa  79.7  0.00000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0757118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2025  putative adhesion lipoprotein  23.79 
 
 		 316 aa  79  0.00000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1889  adhesion lipoprotein  23.79 
 
 		 316 aa  79  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.994637  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1841  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  23.79 
 
 		 316 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.18542  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2035  adhesion lipoprotein  23.79 
 
 		 316 aa  79  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3284  putative adhesion lipoprotein  23.61 
 
 		 316 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1851  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  23.61 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.623587  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1885  periplasmic solute binding protein  22.92 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0182568  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3814  periplasmic solute binding protein  25.76 
 
 		 331 aa  75.5  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.906416  normal  0.0575455 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0816  periplasmic solute binding protein  28.22 
 
 		 300 aa  72.4  0.000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.313747  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2304  putative ABC-transporter metal-binding lipoprotein  25.8 
 
 		 311 aa  70.5  0.00000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2066  putative adhesion lipoprotein  23.05 
 
 		 265 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18350  periplasmic solute binding protein  22.68 
 
 		 308 aa  69.3  0.00000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000303257  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2047  periplasmic solute binding protein  22.03 
 
 		 311 aa  69.3  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.862803 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0754  periplasmic solute binding protein  30.3 
 
 		 310 aa  69.3  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.130073 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0602  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  30.3 
 
 		 294 aa  68.9  0.00000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1775  periplasmic solute binding protein  24.51 
 
 		 312 aa  68.9  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.176875  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  24.72 
 
 		 292 aa  68.9  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13680  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  24.69 
 
 		 320 aa  68.6  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.785587 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0461  periplasmic solute binding protein  21.98 
 
 		 313 aa  67.8  0.0000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  21.18 
 
 		 318 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03390  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  32.85 
 
 		 319 aa  67  0.0000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.563003  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  23.13 
 
 		 292 aa  66.2  0.0000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2986  adhesion lipoprotein  27.3 
 
 		 326 aa  65.1  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1999  periplasmic solute binding protein  26.18 
 
 		 292 aa  65.5  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.870733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0059  periplasmic solute binding protein  26.32 
 
 		 309 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6299  putative adhesin  27.43 
 
 		 307 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72550  putative adhesin  26.79 
 
 		 307 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0057  periplasmic solute binding protein  30.7 
 
 		 276 aa  65.1  0.000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2852  putative adhesion protein  25.37 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0333  periplasmic solute binding protein  21.07 
 
 		 302 aa  64.3  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000273282  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  29.71 
 
 		 301 aa  64.7  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33560  putative adhesion protein  25.37 
 
 		 317 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000392177  normal  0.054682 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1937  periplasmic solute binding protein  28.21 
 
 		 311 aa  64.3  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.456944  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1526  periplasmic solute binding protein  21.48 
 
 		 316 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0278  periplasmic solute binding protein  20.39 
 
 		 293 aa  63.9  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.664498  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1156  periplasmic solute binding protein  21.14 
 
 		 303 aa  63.5  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  28.44 
 
 		 292 aa  63.2  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0722  AfeA  20.74 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.738909  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0866  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  30.05 
 
 		 320 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  24.6 
 
 		 298 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  26.88 
 
 		 292 aa  62.8  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1316  Mn transporter MntC  26.04 
 
 		 345 aa  62.8  0.000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.832277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0074  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  29.53 
 
 		 312 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0870  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  29.53 
 
 		 320 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.812377  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3195  periplasmic solute binding protein  26.42 
 
 		 309 aa  62.8  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0732077 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  25.79 
 
 		 346 aa  62.8  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2460  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  29.53 
 
 		 320 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0626  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  29.53 
 
 		 320 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.695512  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0328  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  29.53 
 
 		 291 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.344237  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2115  periplasmic solute binding protein  28.05 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181464  normal  0.0892527 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1216  periplasmic solute binding protein  20 
 
 		 278 aa  62.4  0.000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1029  ABC transporter substrate binding protein  29.53 
 
 		 393 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421036  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2435  periplasmic solute binding protein  19.92 
 
 		 301 aa  62  0.00000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000148152  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1533  periplasmic solute binding protein  25.32 
 
 		 308 aa  61.6  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.411014  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3801  periplasmic solute binding protein  26.24 
 
 		 300 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142921  normal  0.42718 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1968  periplasmic solute binding protein  26.24 
 
 		 300 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0427869 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1602  periplasmic solute binding protein  27.67 
 
 		 324 aa  60.5  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.174683  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2317  periplasmic solute binding protein  25.1 
 
 		 300 aa  60.8  0.00000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1990  periplasmic solute binding protein  28.93 
 
 		 303 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.738154  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2600  periplasmic solute binding protein  28.93 
 
 		 303 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5108  periplasmic solute binding protein  25.59 
 
 		 302 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.166633 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>