More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3801 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3801  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 300 aa  607  1e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142921  normal  0.42718 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1968  periplasmic solute binding protein  99 
 
 		 300 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0427869 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2115  periplasmic solute binding protein  97.86 
 
 		 300 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181464  normal  0.0892527 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2090  periplasmic solute binding protein  95 
 
 		 300 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.261111  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2141  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  82.37 
 
 		 317 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3927  periplasmic solute binding protein  81 
 
 		 309 aa  499  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.51869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1951  periplasmic solute binding protein  81.63 
 
 		 310 aa  495  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0524661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2852  putative adhesion protein  84.64 
 
 		 314 aa  487  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33560  putative adhesion protein  84.64 
 
 		 317 aa  487  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000392177  normal  0.054682 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3595  periplasmic solute binding protein  62.13 
 
 		 306 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.235856 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2390  twin-arginine translocation pathway signal  66.32 
 
 		 306 aa  366  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06745  hypothetical protein  47.59 
 
 		 311 aa  299  3e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0123  periplasmic solute binding protein  49.27 
 
 		 307 aa  298  9e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000836  cation ABC transporter cation-binding protein  49.82 
 
 		 308 aa  296  3e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1248  periplasmic solute binding protein  36.63 
 
 		 297 aa  220  1.9999999999999999e-56  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1156  periplasmic solute binding protein  29.5 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0333  periplasmic solute binding protein  28.52 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000273282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0278  periplasmic solute binding protein  27.97 
 
 		 293 aa  125  7e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.664498  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2226  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  28.3 
 
 		 323 aa  125  9e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118705  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4439  periplasmic solute binding protein  29.45 
 
 		 339 aa  121  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.914781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  25.4 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4951  periplasmic solute binding protein  27.65 
 
 		 317 aa  118  1.9999999999999998e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2413  ABC transporter, substrate-binding protein  26.92 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.423087  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2125  ABC transporter, substrate-binding protein  26.92 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.570615  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  26.37 
 
 		 318 aa  115  6.9999999999999995e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2986  adhesion lipoprotein  28.62 
 
 		 326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  25.81 
 
 		 311 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0491  periplasmic solute binding protein  27.21 
 
 		 318 aa  113  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1102  periplasmic solute binding protein  28.36 
 
 		 282 aa  112  8.000000000000001e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4184  periplasmic solute binding protein  28.45 
 
 		 307 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0757118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0904  ABC Mn+2/Fe+2 transporter, periplasmic substrate-binding protein SitA  29.02 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.785043  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  28.23 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  29.44 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  24.6 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  24.27 
 
 		 311 aa  109  5e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  24.27 
 
 		 311 aa  109  5e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0042  periplasmic solute binding protein  27.95 
 
 		 332 aa  109  6e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000671872  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2563  periplasmic solute binding protein  28.85 
 
 		 297 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.97543 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2781  periplasmic solute binding protein  30.86 
 
 		 318 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1655  periplasmic solute binding protein  26.55 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1128  periplasmic solute binding protein  26.85 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.29041 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0989  periplasmic solute binding protein  29.82 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4568  periplasmic solute-binding protein  27.34 
 
 		 322 aa  107  2e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.328746  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1141  periplasmic solute binding protein  27.68 
 
 		 310 aa  106  5e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2645  periplasmic solute binding protein  28.16 
 
 		 317 aa  105  7e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0631  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  29.43 
 
 		 290 aa  105  9e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0461  periplasmic solute binding protein  29.67 
 
 		 313 aa  104  1e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  30.19 
 
 		 292 aa  104  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  27.69 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  26.2 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  25.7 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  26.28 
 
 		 309 aa  102  6e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2419  zinc ABC transporter substrate-binding protein  27.61 
 
 		 280 aa  102  6e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0902077  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1232  periplasmic solute binding protein  28.34 
 
 		 347 aa  102  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1659  metal ABC transporter substrate-binding lipoprotein  28.44 
 
 		 296 aa  101  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160044 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  32.39 
 
 		 309 aa  101  2e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  25.95 
 
 		 368 aa  100  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0930  periplasmic solute binding protein  27.92 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.933909  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  29.55 
 
 		 292 aa  100  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0249  periplasmic solute binding protein  25.42 
 
 		 299 aa  99.8  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.746971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_572  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  28.05 
 
 		 290 aa  99.4  6e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1526  periplasmic solute binding protein  26.86 
 
 		 316 aa  99  9e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0046  periplasmic solute binding protein  27.89 
 
 		 316 aa  99  9e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0195  periplasmic solute binding protein  27.92 
 
 		 292 aa  99  9e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.591767  normal  0.474509 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0184  laminin-binding surface protein  25.89 
 
 		 317 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.570136  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0604  periplasmic solute binding protein  29.24 
 
 		 290 aa  98.2  1e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1488  ABC transporter substrate-binding protein  28.4 
 
 		 337 aa  98.6  1e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.520647  normal  0.191838 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0278  laminin-binding surface protein  25.89 
 
 		 317 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18691  ABC transporter substrate-binding protein  28.16 
 
 		 287 aa  97.8  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.349553 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3280  periplasmic solute binding protein  26.22 
 
 		 326 aa  97.8  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.956978  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  26.3 
 
 		 307 aa  97.1  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0993  zinc ABC transporter, zinc-binding protein  28.3 
 
 		 323 aa  96.3  5e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.27598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2846  periplasmic solute binding protein  24.58 
 
 		 335 aa  96.7  5e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04310  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  25.56 
 
 		 349 aa  96.3  6e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  26.77 
 
 		 304 aa  95.9  6e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2914  periplasmic solute binding protein  29.6 
 
 		 301 aa  96.3  6e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  25.77 
 
 		 322 aa  96.3  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0535  zinc ABC transporter, zinc-binding adhesion liprotein  25.97 
 
 		 506 aa  95.9  7e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0968782  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0722  AfeA  26.91 
 
 		 290 aa  95.9  8e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.738909  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_11141  hypothetical protein  23.57 
 
 		 324 aa  95.1  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.201387 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  25.89 
 
 		 292 aa  94.7  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1891  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  26.98 
 
 		 288 aa  95.1  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3282  periplasmic solute binding protein  23.91 
 
 		 311 aa  95.1  1e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3534  periplasmic solute binding protein  24.8 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  27.94 
 
 		 346 aa  95.1  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  25.38 
 
 		 322 aa  94  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  27.76 
 
 		 292 aa  94.4  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  25.59 
 
 		 301 aa  94.4  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3600  periplasmic solute binding protein  25.31 
 
 		 304 aa  94.4  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1311  iron chelate ABC transporter, periplasmic iron chelate-binding protein  24.63 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  25.38 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0139  adhesion protein, putative  27.73 
 
 		 294 aa  94  3e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0377699  normal  0.42131 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2895  twin-arginine translocation pathway signal  28.7 
 
 		 310 aa  94  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3171  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  27.73 
 
 		 305 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.866924 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0216  periplasmic solute binding protein  27.62 
 
 		 303 aa  93.6  4e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000799126  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  26.22 
 
 		 298 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3066  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  27.73 
 
 		 305 aa  93.2  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  0.0719754 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2983  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  27.76 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3050  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  27.76 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0195762 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  26.35 
 
 		 303 aa  93.6  4e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>