More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_572 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013552  DhcVS_572  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  100 
 
 		 290 aa  595  1e-169  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0631  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  91.03 
 
 		 290 aa  546  1e-154  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0604  periplasmic solute binding protein  91.03 
 
 		 290 aa  546  1e-154  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0816  periplasmic solute binding protein  45.26 
 
 		 300 aa  264  1e-69  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.313747  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1015  solute binding protein  42 
 
 		 310 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0993  zinc ABC transporter, zinc-binding protein  42.55 
 
 		 323 aa  250  2e-65  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.27598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1102  periplasmic solute binding protein  42.55 
 
 		 282 aa  225  5.0000000000000005e-58  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0195  periplasmic solute binding protein  39.71 
 
 		 292 aa  223  3e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.591767  normal  0.474509 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3888  periplasmic solute binding protein  37.75 
 
 		 310 aa  222  4.9999999999999996e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1891  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  42.47 
 
 		 288 aa  222  6e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2317  periplasmic solute binding protein  40.37 
 
 		 300 aa  221  8e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3938  periplasmic solute binding protein  37.42 
 
 		 310 aa  219  3e-56  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.165215 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2088  periplasmic solute binding protein  36.62 
 
 		 323 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.245809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0205  periplasmic solute binding protein  38.55 
 
 		 300 aa  215  7e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.767408  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2476  periplasmic solute binding protein  37.41 
 
 		 313 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00202006  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0139  adhesion protein, putative  38.21 
 
 		 294 aa  212  4.9999999999999996e-54  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0377699  normal  0.42131 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0185  periplasmic solute binding protein  39.73 
 
 		 307 aa  212  4.9999999999999996e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0119  periplasmic solute binding protein  39.85 
 
 		 344 aa  208  7e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.527461 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0131  periplasmic solute binding protein  40.86 
 
 		 285 aa  208  9e-53  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1674  adhesion protein, putative  33.92 
 
 		 311 aa  203  3e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0484174  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0400  periplasmic solute binding protein  39.11 
 
 		 302 aa  202  4e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1725  periplasmic solute binding protein  37.88 
 
 		 335 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.432414 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3026  ABC-type transport system, periplasmic component  35.56 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2423  periplasmic solute binding protein  37.85 
 
 		 296 aa  196  5.000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.890095  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1015  periplasmic solute binding protein  38.52 
 
 		 293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0624  periplasmic solute binding protein  35.79 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.17894  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0024  periplasmic solute binding protein  35.53 
 
 		 312 aa  184  1.0000000000000001e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.229432  normal  0.178577 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1793  putative carbon storage regulator-like protein  33.58 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.265514  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0094  periplasmic solute binding protein  33.58 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000753569  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0516  periplasmic solute binding protein  34.19 
 
 		 299 aa  168  9e-41  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0025  periplasmic solute binding protein  34.03 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0930  periplasmic solute binding protein  33.33 
 
 		 292 aa  159  4e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.933909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1655  periplasmic solute binding protein  34.52 
 
 		 306 aa  156  3e-37  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2413  ABC transporter, substrate-binding protein  32.48 
 
 		 298 aa  152  4e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.423087  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2125  ABC transporter, substrate-binding protein  32.48 
 
 		 298 aa  152  5e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.570615  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  30.8 
 
 		 318 aa  152  7e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0138  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  30.63 
 
 		 296 aa  152  8e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0179  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  31.16 
 
 		 296 aa  152  8e-36  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0156  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  30.99 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  32.29 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1128  periplasmic solute binding protein  33.47 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.29041 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04310  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  30.72 
 
 		 349 aa  149  4e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2645  periplasmic solute binding protein  31.8 
 
 		 317 aa  149  7e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0833  periplasmic solute binding protein  28.1 
 
 		 345 aa  146  4.0000000000000006e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0491  periplasmic solute binding protein  31.6 
 
 		 318 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1058  periplasmic solute binding protein  31.89 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.985578  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4184  periplasmic solute binding protein  29.33 
 
 		 307 aa  142  6e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0757118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0333  periplasmic solute binding protein  31.67 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000273282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1156  periplasmic solute binding protein  33.21 
 
 		 303 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  29.32 
 
 		 368 aa  139  6e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2435  periplasmic solute binding protein  31.03 
 
 		 301 aa  139  7.999999999999999e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000148152  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0046  periplasmic solute binding protein  31.72 
 
 		 316 aa  138  8.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1915  periplasmic solute binding protein  31.15 
 
 		 365 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.163703  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0039  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  31.84 
 
 		 278 aa  136  3.0000000000000003e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0278  periplasmic solute binding protein  31.54 
 
 		 293 aa  135  7.000000000000001e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.664498  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2208  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  42.67 
 
 		 345 aa  135  8e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.353615  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3600  periplasmic solute binding protein  29.12 
 
 		 304 aa  135  8e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0042  periplasmic solute binding protein  28.43 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000671872  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0895  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  28.94 
 
 		 514 aa  135  9.999999999999999e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00479451  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3534  periplasmic solute binding protein  29.12 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_11141  hypothetical protein  32.42 
 
 		 324 aa  132  6.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.201387 
 
 
-
 
NC_002950  PG1759  adhesion protein, putative  28.17 
 
 		 315 aa  130  3e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2190  periplasmic solute binding protein  32.32 
 
 		 287 aa  129  4.0000000000000003e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000321353  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4951  periplasmic solute binding protein  29.94 
 
 		 317 aa  129  4.0000000000000003e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1731  periplasmic solute binding protein  40.13 
 
 		 469 aa  129  6e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4439  periplasmic solute binding protein  30.2 
 
 		 339 aa  129  8.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.914781  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2986  adhesion lipoprotein  28.75 
 
 		 326 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2226  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  29.39 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118705  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4568  periplasmic solute-binding protein  27.92 
 
 		 322 aa  128  1.0000000000000001e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.328746  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1578  periplasmic solute binding protein  28.37 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0184  laminin-binding surface protein  30.47 
 
 		 317 aa  126  5e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.570136  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0278  laminin-binding surface protein  30.47 
 
 		 317 aa  126  5e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  29.08 
 
 		 304 aa  123  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3805  periplasmic solute binding protein  29.6 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0163421  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  28.32 
 
 		 311 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2183  periplasmic solute binding protein  28.24 
 
 		 311 aa  121  9.999999999999999e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.143573 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1526  periplasmic solute binding protein  27.36 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2139  periplasmic solute binding protein  29.01 
 
 		 333 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000485962  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  30.51 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  26.83 
 
 		 311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0461  periplasmic solute binding protein  30.67 
 
 		 313 aa  119  7e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2025  putative adhesion lipoprotein  27.03 
 
 		 316 aa  119  7e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2103  adhesion lipoprotein  26.33 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  27.18 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2136  putative adhesion lipoprotein  26.35 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0989  periplasmic solute binding protein  29.14 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  30.8 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  28.85 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0535  zinc ABC transporter, zinc-binding adhesion liprotein  25.61 
 
 		 506 aa  116  3.9999999999999997e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0968782  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  26.64 
 
 		 311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  26.64 
 
 		 311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2600  periplasmic solute binding protein  29.48 
 
 		 316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1681  periplasmic solute binding protein  29.63 
 
 		 277 aa  116  5e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1889  adhesion lipoprotein  26.35 
 
 		 316 aa  115  6e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.994637  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1841  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  26.35 
 
 		 316 aa  115  6e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.18542  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2035  adhesion lipoprotein  26.35 
 
 		 316 aa  115  6e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3284  putative adhesion lipoprotein  26.35 
 
 		 316 aa  115  6e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  30.43 
 
 		 305 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1885  periplasmic solute binding protein  26.35 
 
 		 316 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0182568  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1612  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  29.69 
 
 		 294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0432091  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>