More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3927 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3927  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 309 aa  630  1e-180  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.51869  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2141  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  90.97 
 
 		 317 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1951  periplasmic solute binding protein  90.65 
 
 		 310 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0524661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2090  periplasmic solute binding protein  85.36 
 
 		 300 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.261111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2115  periplasmic solute binding protein  85 
 
 		 300 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181464  normal  0.0892527 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3801  periplasmic solute binding protein  84.29 
 
 		 300 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142921  normal  0.42718 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1968  periplasmic solute binding protein  84.29 
 
 		 300 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0427869 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2852  putative adhesion protein  84.29 
 
 		 314 aa  488  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33560  putative adhesion protein  84.29 
 
 		 317 aa  487  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000392177  normal  0.054682 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3595  periplasmic solute binding protein  61.87 
 
 		 306 aa  373  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.235856 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2390  twin-arginine translocation pathway signal  67.72 
 
 		 306 aa  369  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06745  hypothetical protein  48.2 
 
 		 311 aa  309  4e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000836  cation ABC transporter cation-binding protein  49.5 
 
 		 308 aa  306  3e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0123  periplasmic solute binding protein  50.55 
 
 		 307 aa  296  4e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1248  periplasmic solute binding protein  38.32 
 
 		 297 aa  229  5e-59  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0333  periplasmic solute binding protein  28.57 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000273282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1156  periplasmic solute binding protein  30.71 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2226  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  28.46 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118705  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4184  periplasmic solute binding protein  27.8 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0757118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4439  periplasmic solute binding protein  27.6 
 
 		 339 aa  118  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.914781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4951  periplasmic solute binding protein  27.83 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  24.28 
 
 		 311 aa  116  6e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  25.62 
 
 		 318 aa  115  6.9999999999999995e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2986  adhesion lipoprotein  28.37 
 
 		 326 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1102  periplasmic solute binding protein  28.89 
 
 		 282 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2125  ABC transporter, substrate-binding protein  24.6 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.570615  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2413  ABC transporter, substrate-binding protein  25.64 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.423087  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0278  periplasmic solute binding protein  26.22 
 
 		 293 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.664498  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  23.93 
 
 		 308 aa  112  9e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0042  periplasmic solute binding protein  27.95 
 
 		 332 aa  112  9e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000671872  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  26.95 
 
 		 301 aa  112  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0461  periplasmic solute binding protein  28.15 
 
 		 313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  23.86 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0491  periplasmic solute binding protein  27.78 
 
 		 318 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2645  periplasmic solute binding protein  30.21 
 
 		 317 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  28.3 
 
 		 368 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2846  periplasmic solute binding protein  25.66 
 
 		 335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  29.89 
 
 		 292 aa  110  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1232  periplasmic solute binding protein  28.51 
 
 		 347 aa  109  4.0000000000000004e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0904  ABC Mn+2/Fe+2 transporter, periplasmic substrate-binding protein SitA  28.12 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.785043  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1655  periplasmic solute binding protein  27.74 
 
 		 306 aa  109  6e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1128  periplasmic solute binding protein  26.74 
 
 		 296 aa  109  8.000000000000001e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.29041 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0046  periplasmic solute binding protein  27.66 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2781  periplasmic solute binding protein  30.15 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  27.1 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  26.38 
 
 		 304 aa  107  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  26.52 
 
 		 325 aa  106  4e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2563  periplasmic solute binding protein  27.34 
 
 		 297 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.97543 
 
 
-
 
NC_002936  DET0631  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  28.86 
 
 		 290 aa  106  5e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  22.88 
 
 		 311 aa  106  5e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4568  periplasmic solute-binding protein  26.84 
 
 		 322 aa  106  5e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.328746  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  22.88 
 
 		 311 aa  106  5e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0195  periplasmic solute binding protein  29.51 
 
 		 292 aa  105  7e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.591767  normal  0.474509 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  22.78 
 
 		 311 aa  105  8e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1141  periplasmic solute binding protein  27.41 
 
 		 310 aa  105  8e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  30.4 
 
 		 292 aa  105  9e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3066  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  29.21 
 
 		 305 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  0.0719754 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2983  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  30.45 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  26.98 
 
 		 322 aa  104  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3050  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  30.45 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0195762 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3171  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  29.21 
 
 		 305 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.866924 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3014  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  29.21 
 
 		 305 aa  104  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0700149 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0989  periplasmic solute binding protein  28.76 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0604  periplasmic solute binding protein  28.15 
 
 		 290 aa  103  4e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  26.62 
 
 		 311 aa  102  6e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  26.62 
 
 		 322 aa  102  6e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  27.24 
 
 		 305 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04310  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  25.59 
 
 		 349 aa  102  9e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1470  periplasmic solute binding protein  27.27 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0700113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1488  ABC transporter substrate-binding protein  31.22 
 
 		 337 aa  102  1e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.520647  normal  0.191838 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1659  metal ABC transporter substrate-binding lipoprotein  27.65 
 
 		 296 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160044 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1207  periplasmic solute binding protein  26.91 
 
 		 324 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.773922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  26.38 
 
 		 293 aa  102  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  24.91 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1526  periplasmic solute binding protein  25.36 
 
 		 316 aa  100  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18691  ABC transporter substrate-binding protein  29.33 
 
 		 287 aa  100  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.349553 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1388  periplasmic solute binding protein  27.11 
 
 		 312 aa  100  4e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal  0.503002 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1010  ABC transporter substrate-binding protein  31.22 
 
 		 310 aa  100  4e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172647  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  29.48 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2139  periplasmic solute binding protein  27.67 
 
 		 333 aa  100  4e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000485962  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  25.31 
 
 		 304 aa  99.4  7e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  27.24 
 
 		 292 aa  99.4  7e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  23.83 
 
 		 328 aa  99  8e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2914  periplasmic solute binding protein  28.25 
 
 		 301 aa  99  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3282  periplasmic solute binding protein  23.03 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  26.83 
 
 		 292 aa  98.2  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2025  putative adhesion lipoprotein  24.05 
 
 		 316 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  25.65 
 
 		 307 aa  98.6  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  26.89 
 
 		 304 aa  99  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2136  putative adhesion lipoprotein  23.73 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_572  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  28.57 
 
 		 290 aa  98.2  2e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  27.55 
 
 		 303 aa  97.4  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0370  periplasmic solute binding protein  27.41 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0249  periplasmic solute binding protein  25.32 
 
 		 299 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.746971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  25.59 
 
 		 325 aa  97.8  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  26.54 
 
 		 291 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1833  periplasmic solute binding protein  27.52 
 
 		 321 aa  98.2  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.475081  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1681  periplasmic solute binding protein  24.54 
 
 		 277 aa  97.8  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3534  periplasmic solute binding protein  25.69 
 
 		 304 aa  97.1  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2035  adhesion lipoprotein  23.73 
 
 		 316 aa  97.1  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>