More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2141 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2141  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  100 
 
 		 317 aa  642    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1951  periplasmic solute binding protein  95.16 
 
 		 310 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0524661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3927  periplasmic solute binding protein  90.97 
 
 		 309 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.51869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2090  periplasmic solute binding protein  86.43 
 
 		 300 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.261111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33560  putative adhesion protein  87.41 
 
 		 317 aa  497  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000392177  normal  0.054682 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2852  putative adhesion protein  87.41 
 
 		 314 aa  497  1e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3801  periplasmic solute binding protein  85 
 
 		 300 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142921  normal  0.42718 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1968  periplasmic solute binding protein  85 
 
 		 300 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0427869 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2115  periplasmic solute binding protein  85.36 
 
 		 300 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181464  normal  0.0892527 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2390  twin-arginine translocation pathway signal  69.26 
 
 		 306 aa  379  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3595  periplasmic solute binding protein  62.75 
 
 		 306 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.235856 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000836  cation ABC transporter cation-binding protein  50.33 
 
 		 308 aa  313  2.9999999999999996e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06745  hypothetical protein  48.69 
 
 		 311 aa  312  4.999999999999999e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0123  periplasmic solute binding protein  51.82 
 
 		 307 aa  301  1e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1248  periplasmic solute binding protein  36.15 
 
 		 297 aa  223  2e-57  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0333  periplasmic solute binding protein  29.02 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000273282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1156  periplasmic solute binding protein  30.36 
 
 		 303 aa  134  3e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2226  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  28.52 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118705  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4184  periplasmic solute binding protein  28.16 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0757118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4439  periplasmic solute binding protein  27.54 
 
 		 339 aa  118  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.914781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2125  ABC transporter, substrate-binding protein  26.48 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.570615  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2413  ABC transporter, substrate-binding protein  26.48 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.423087  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  25.62 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4951  periplasmic solute binding protein  26.05 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  23.96 
 
 		 311 aa  113  5e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1232  periplasmic solute binding protein  29.12 
 
 		 347 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0042  periplasmic solute binding protein  27.7 
 
 		 332 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000671872  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1128  periplasmic solute binding protein  28.04 
 
 		 296 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.29041 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0491  periplasmic solute binding protein  27.41 
 
 		 318 aa  109  6e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2986  adhesion lipoprotein  28.29 
 
 		 326 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1655  periplasmic solute binding protein  27.3 
 
 		 306 aa  108  9.000000000000001e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  24.29 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4568  periplasmic solute-binding protein  27.21 
 
 		 322 aa  108  1e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.328746  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  24.59 
 
 		 308 aa  108  2e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1102  periplasmic solute binding protein  26.94 
 
 		 282 aa  107  2e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0904  ABC Mn+2/Fe+2 transporter, periplasmic substrate-binding protein SitA  28.03 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.785043  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0461  periplasmic solute binding protein  28.15 
 
 		 313 aa  107  4e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0278  periplasmic solute binding protein  25.75 
 
 		 293 aa  107  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.664498  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  26.26 
 
 		 325 aa  106  5e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  25.98 
 
 		 322 aa  105  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2563  periplasmic solute binding protein  27.62 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.581296  normal  0.97543 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0989  periplasmic solute binding protein  29.65 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2781  periplasmic solute binding protein  29.5 
 
 		 318 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2964  adhesion lipoprotein  23.3 
 
 		 311 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00274739  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  23.3 
 
 		 311 aa  103  3e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  25.62 
 
 		 322 aa  103  3e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  27.14 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2846  periplasmic solute binding protein  26.28 
 
 		 335 aa  103  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  25.62 
 
 		 311 aa  103  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0631  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  26.8 
 
 		 290 aa  103  5e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  23.62 
 
 		 311 aa  103  5e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  25.87 
 
 		 304 aa  102  6e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2645  periplasmic solute binding protein  28.82 
 
 		 317 aa  102  7e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  26.51 
 
 		 368 aa  102  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1141  periplasmic solute binding protein  27.04 
 
 		 310 aa  102  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  25.97 
 
 		 309 aa  102  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0195  periplasmic solute binding protein  30.25 
 
 		 292 aa  101  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.591767  normal  0.474509 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0604  periplasmic solute binding protein  27.14 
 
 		 290 aa  101  2e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0535  zinc ABC transporter, zinc-binding adhesion liprotein  27.04 
 
 		 506 aa  99.8  6e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0968782  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_572  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  28.85 
 
 		 290 aa  99.8  6e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  24.14 
 
 		 328 aa  99.8  6e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0046  periplasmic solute binding protein  27.21 
 
 		 316 aa  99.8  6e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3050  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  29.1 
 
 		 305 aa  99.4  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0195762 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  26.82 
 
 		 292 aa  99.4  7e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2983  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  29.1 
 
 		 305 aa  99.4  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3282  periplasmic solute binding protein  23.05 
 
 		 311 aa  99  9e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2435  periplasmic solute binding protein  27.02 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000148152  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3171  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  28.73 
 
 		 305 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.866924 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3066  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  28.73 
 
 		 305 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  0.0719754 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  26.47 
 
 		 291 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1488  ABC transporter substrate-binding protein  30.32 
 
 		 337 aa  98.6  1e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.520647  normal  0.191838 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  27.24 
 
 		 305 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  25.47 
 
 		 313 aa  99  1e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3014  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  28.73 
 
 		 305 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0700149 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1659  metal ABC transporter substrate-binding lipoprotein  25.41 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160044 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  25.32 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0249  periplasmic solute binding protein  25.32 
 
 		 299 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.746971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1010  ABC transporter substrate-binding protein  29.89 
 
 		 310 aa  98.2  2e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172647  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0930  periplasmic solute binding protein  27.56 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.933909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  29.48 
 
 		 298 aa  98.2  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  24.68 
 
 		 293 aa  97.4  3e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1526  periplasmic solute binding protein  25.27 
 
 		 316 aa  97.4  3e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  25.73 
 
 		 304 aa  96.7  4e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2914  periplasmic solute binding protein  28.97 
 
 		 301 aa  97.1  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0139  adhesion protein, putative  27.27 
 
 		 294 aa  96.3  5e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0377699  normal  0.42131 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  27.63 
 
 		 292 aa  96.3  6e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  25.89 
 
 		 292 aa  96.3  6e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  25.94 
 
 		 304 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  27.18 
 
 		 292 aa  96.3  7e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2139  periplasmic solute binding protein  26.88 
 
 		 333 aa  95.9  8e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000485962  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18691  ABC transporter substrate-binding protein  27.95 
 
 		 287 aa  95.9  9e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.349553 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1388  periplasmic solute binding protein  26.67 
 
 		 312 aa  95.1  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal  0.503002 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  27.57 
 
 		 346 aa  95.1  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1833  periplasmic solute binding protein  27.41 
 
 		 321 aa  95.5  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.475081  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1008  periplasmic solute binding protein  28.27 
 
 		 358 aa  95.5  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1234  laminin-binding surface protein  25.4 
 
 		 306 aa  94.4  2e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000444188  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1207  periplasmic solute binding protein  26.56 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.773922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04310  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  24.92 
 
 		 349 aa  94.7  2e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0328  chelated iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  26.34 
 
 		 286 aa  94.7  2e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000651268  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3452  periplasmic solute binding protein  26.91 
 
 		 310 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593558  normal  0.669669 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>