234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0448 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0448  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 303 aa  623  1e-177  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.158105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4333  periplasmic solute binding protein  75.25 
 
 		 303 aa  479  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0617  periplasmic solute binding protein  74.17 
 
 		 304 aa  480  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00875081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0567  periplasmic solute binding protein  76.57 
 
 		 302 aa  474  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3463  periplasmic solute binding protein  76.9 
 
 		 302 aa  476  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0566  periplasmic solute binding protein  76.57 
 
 		 302 aa  474  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3741  periplasmic solute binding protein  74.17 
 
 		 302 aa  474  1e-133  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.434352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0527  periplasmic solute binding protein  73.84 
 
 		 302 aa  473  1e-132  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000427742  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3798  periplasmic solute binding protein  73.84 
 
 		 302 aa  473  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.173939  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0565  adhesion protein, putative  76.11 
 
 		 293 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3924  periplasmic solute binding protein  73.51 
 
 		 302 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0126038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3310  periplasmic solute binding protein  73.18 
 
 		 302 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0243618  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3715  periplasmic solute binding protein  71.8 
 
 		 307 aa  461  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000108388  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3516  periplasmic solute binding protein  71.88 
 
 		 288 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.996617  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3141  adhesion protein, putative  73.5 
 
 		 302 aa  441  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.452459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0528  periplasmic solute binding protein  66.23 
 
 		 315 aa  430  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000128694  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06465  hypothetical protein  50.18 
 
 		 308 aa  300  2e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2538  zinc/manganese transport system substrate-binding protein  51.43 
 
 		 297 aa  295  5e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.41437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000605  zinc ABC transporter-binding protein ZnuA  50.72 
 
 		 308 aa  295  8e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000153864  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0199  periplasmic solute binding protein  47.48 
 
 		 298 aa  285  9e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.254854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1548  periplasmic solute binding protein  36.52 
 
 		 294 aa  215  5.9999999999999996e-55  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000077382  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1530  periplasmic solute binding protein  41.3 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.311517  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0051  periplasmic solute binding protein  33.46 
 
 		 292 aa  183  3e-45  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.958228  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1625  periplasmic solute binding protein  42.11 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.624808  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2339  ABC metal ion transporter, periplasmic solute binding protein  40.98 
 
 		 299 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.591821  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1535  periplasmic solute binding protein  41.97 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.619757 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3917  periplasmic solute binding protein  36.86 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.247464  normal  0.1329 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0972  periplasmic solute binding protein  33.45 
 
 		 292 aa  162  4.0000000000000004e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0180469  normal  0.0507696 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2435  periplasmic solute binding protein  35.77 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0108745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0490  periplasmic solute binding protein  30.45 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3052  periplasmic solute binding protein  34.96 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2781  periplasmic solute binding protein  25.99 
 
 		 318 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0852  high-affinity zinc uptake system protein ZnuA precursor  26.2 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0338292  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2836  periplasmic solute binding protein  30.77 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1681  periplasmic solute binding protein  21.74 
 
 		 277 aa  73.2  0.000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18350  periplasmic solute binding protein  23.6 
 
 		 308 aa  72.8  0.000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000303257  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7033  periplasmic solute binding protein  25.75 
 
 		 315 aa  68.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1216  periplasmic solute binding protein  23.48 
 
 		 278 aa  67  0.0000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01361  hypothetical protein  25.74 
 
 		 293 aa  65.5  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2050  high-affinity zinc transporter periplasmic component  26.74 
 
 		 314 aa  65.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153419  normal  0.0811015 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2045  high-affinity zinc transporter periplasmic component  26.74 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.279295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4006  periplasmic solute binding protein  24.81 
 
 		 303 aa  64.3  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129807  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1233  high-affinity zinc transporter periplasmic component  26.74 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00176582  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1357  high-affinity zinc transporter periplasmic component  26.74 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00461561 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2105  high-affinity zinc transporter periplasmic component  26.74 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.060713  normal  0.639588 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1915  periplasmic solute binding protein  25.85 
 
 		 365 aa  63.5  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.163703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3227  periplasmic solute binding protein  25.1 
 
 		 312 aa  63.2  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0202963  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1889  adhesion lipoprotein  21.77 
 
 		 316 aa  62.4  0.000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.994637  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1841  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  21.68 
 
 		 316 aa  62.8  0.000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.18542  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2035  adhesion lipoprotein  21.77 
 
 		 316 aa  62.4  0.000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2025  putative adhesion lipoprotein  21.95 
 
 		 316 aa  62.4  0.000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1851  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  21.68 
 
 		 316 aa  62  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.623587  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2304  putative ABC-transporter metal-binding lipoprotein  27.17 
 
 		 311 aa  62  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004106  zinc ABC transporter-binding protein ZnuA  23.96 
 
 		 295 aa  61.6  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2103  adhesion lipoprotein  20.98 
 
 		 316 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2593  high-affinity zinc transporter periplasmic component  25.65 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00016843  normal  0.856449 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0717  ABC Mn2+/Zn2+ transporter, periplasmic ligand binding protein  27.75 
 
 		 330 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2136  putative adhesion lipoprotein  20.83 
 
 		 316 aa  61.6  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1783  periplasmic solute binding protein  25.65 
 
 		 328 aa  60.5  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000935054  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2846  periplasmic solute binding protein  24.34 
 
 		 335 aa  60.8  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2087  high-affinity zinc transporter periplasmic component  26.49 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000165105  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  24.14 
 
 		 368 aa  60.5  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3249  periplasmic solute binding protein  27.57 
 
 		 322 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.284399  normal  0.365665 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1329  high-affinity zinc transporter periplasmic component  25.95 
 
 		 352 aa  60.8  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00390701  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0131  periplasmic solute binding protein  23.55 
 
 		 285 aa  60.5  0.00000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01828  high-affinity zinc transporter periplasmic component  25.65 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0190601  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1775  high-affinity zinc transporter periplasmic component  25.65 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000650264  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01816  hypothetical protein  25.65 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0117492  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1951  high-affinity zinc transporter periplasmic component  25.65 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00866903  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0094  periplasmic solute binding protein  23.35 
 
 		 296 aa  60.5  0.00000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000753569  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0860  periplasmic solute binding protein  26.01 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00530614  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4951  periplasmic solute binding protein  22.95 
 
 		 317 aa  59.3  0.00000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1730  periplasmic solute binding protein  23.79 
 
 		 313 aa  59.3  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0953  high-affinity zinc transporter periplasmic component  26.09 
 
 		 310 aa  58.9  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0035869  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2066  putative adhesion lipoprotein  21.2 
 
 		 265 aa  59.3  0.00000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1793  putative carbon storage regulator-like protein  21.65 
 
 		 302 aa  58.9  0.0000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.265514  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0690  ABC transporter solute-binding protein  29.7 
 
 		 333 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0328  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  29.8 
 
 		 291 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.344237  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1029  ABC transporter substrate binding protein  29.8 
 
 		 393 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421036  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0626  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  29.8 
 
 		 320 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.695512  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2460  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  29.8 
 
 		 320 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0870  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  29.8 
 
 		 320 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.812377  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0074  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  29.8 
 
 		 312 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1470  periplasmic solute binding protein  26.22 
 
 		 298 aa  56.6  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0700113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1674  adhesion protein, putative  23.85 
 
 		 311 aa  56.6  0.0000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0484174  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_11141  hypothetical protein  24.37 
 
 		 324 aa  56.6  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.201387 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0866  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  29.29 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0843  periplasmic solute-binding protein  24.31 
 
 		 344 aa  56.6  0.0000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.620273  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3284  putative adhesion lipoprotein  21.25 
 
 		 316 aa  56.2  0.0000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1731  periplasmic solute binding protein  26.45 
 
 		 469 aa  56.2  0.0000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0059  periplasmic solute binding protein  25.93 
 
 		 309 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0516  periplasmic solute binding protein  21.51 
 
 		 299 aa  56.2  0.0000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1526  periplasmic solute binding protein  21.2 
 
 		 316 aa  56.2  0.0000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1533  manganese ABC transporter, manganese-binding adhesion liprotein  21.35 
 
 		 308 aa  55.8  0.0000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000021133  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5108  periplasmic solute binding protein  25 
 
 		 302 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1885  periplasmic solute binding protein  20.87 
 
 		 316 aa  55.5  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0182568  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  25.22 
 
 		 353 aa  55.5  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72550  putative adhesin  22.83 
 
 		 307 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0333  periplasmic solute binding protein  19.22 
 
 		 302 aa  54.7  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000273282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0487  periplasmic solute binding protein  28.57 
 
 		 309 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0440527  hitchhiker  0.00169017 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>