168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3141 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3141  adhesion protein, putative  100 
 
 		 302 aa  617  1e-176  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.452459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0448  periplasmic solute binding protein  71.85 
 
 		 303 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.158105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0617  periplasmic solute binding protein  72.33 
 
 		 304 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00875081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3715  periplasmic solute binding protein  72.31 
 
 		 307 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000108388  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4333  periplasmic solute binding protein  71.81 
 
 		 303 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3741  periplasmic solute binding protein  70 
 
 		 302 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.434352  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0565  adhesion protein, putative  72.47 
 
 		 293 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0527  periplasmic solute binding protein  70 
 
 		 302 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000427742  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3310  periplasmic solute binding protein  70.33 
 
 		 302 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0243618  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3798  periplasmic solute binding protein  70 
 
 		 302 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.173939  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3924  periplasmic solute binding protein  69.67 
 
 		 302 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0126038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0567  periplasmic solute binding protein  70.33 
 
 		 302 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3463  periplasmic solute binding protein  70.67 
 
 		 302 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0566  periplasmic solute binding protein  70.33 
 
 		 302 aa  436  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3516  periplasmic solute binding protein  69.23 
 
 		 288 aa  426  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.996617  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0528  periplasmic solute binding protein  64.57 
 
 		 315 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000128694  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000605  zinc ABC transporter-binding protein ZnuA  51.8 
 
 		 308 aa  308  5.9999999999999995e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000153864  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06465  hypothetical protein  49.64 
 
 		 308 aa  305  6e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2538  zinc/manganese transport system substrate-binding protein  51.07 
 
 		 297 aa  289  5.0000000000000004e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.41437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0199  periplasmic solute binding protein  47.81 
 
 		 298 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.254854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1548  periplasmic solute binding protein  37.19 
 
 		 294 aa  218  1e-55  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000077382  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1530  periplasmic solute binding protein  39.15 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.311517  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2339  ABC metal ion transporter, periplasmic solute binding protein  37.67 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.591821  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1625  periplasmic solute binding protein  41 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.624808  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3917  periplasmic solute binding protein  36.17 
 
 		 309 aa  176  6e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.247464  normal  0.1329 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0051  periplasmic solute binding protein  33.09 
 
 		 292 aa  175  9e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.958228  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1535  periplasmic solute binding protein  43.75 
 
 		 299 aa  169  4e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.619757 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0972  periplasmic solute binding protein  34.69 
 
 		 292 aa  166  4e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0180469  normal  0.0507696 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2435  periplasmic solute binding protein  34.35 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0108745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0490  periplasmic solute binding protein  29.2 
 
 		 300 aa  132  6e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3052  periplasmic solute binding protein  32.59 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2781  periplasmic solute binding protein  26.07 
 
 		 318 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18350  periplasmic solute binding protein  22.78 
 
 		 308 aa  72  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000303257  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2304  putative ABC-transporter metal-binding lipoprotein  24.51 
 
 		 311 aa  65.9  0.0000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7033  periplasmic solute binding protein  23.47 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0333  periplasmic solute binding protein  21.49 
 
 		 302 aa  63.9  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000273282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0123  periplasmic solute binding protein  22.54 
 
 		 307 aa  62.8  0.000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3227  periplasmic solute binding protein  25.3 
 
 		 312 aa  62  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0202963  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1156  periplasmic solute binding protein  22.03 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000836  cation ABC transporter cation-binding protein  22.18 
 
 		 308 aa  60.1  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4951  periplasmic solute binding protein  23.21 
 
 		 317 aa  59.3  0.00000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1681  periplasmic solute binding protein  22.73 
 
 		 277 aa  58.9  0.00000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4184  periplasmic solute binding protein  23.46 
 
 		 307 aa  58.9  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0757118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2846  periplasmic solute binding protein  26.04 
 
 		 335 aa  58.9  0.00000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1216  periplasmic solute binding protein  23.08 
 
 		 278 aa  57.8  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_11141  hypothetical protein  24 
 
 		 324 aa  57.8  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.201387 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0860  periplasmic solute binding protein  23.27 
 
 		 298 aa  57.8  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00530614  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06745  hypothetical protein  22.98 
 
 		 311 aa  58.2  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0131  periplasmic solute binding protein  22.73 
 
 		 285 aa  57.8  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3888  periplasmic solute binding protein  22.37 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2317  periplasmic solute binding protein  23.27 
 
 		 300 aa  57  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1891  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  26.13 
 
 		 288 aa  56.6  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2183  periplasmic solute binding protein  24.33 
 
 		 311 aa  56.2  0.0000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.143573 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0833  periplasmic solute binding protein  29.75 
 
 		 345 aa  56.2  0.0000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0487  periplasmic solute binding protein  27.39 
 
 		 309 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0440527  hitchhiker  0.00169017 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0119  periplasmic solute binding protein  24.66 
 
 		 344 aa  55.8  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.527461 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  23.5 
 
 		 368 aa  55.5  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3026  ABC-type transport system, periplasmic component  23.98 
 
 		 302 aa  55.1  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3938  periplasmic solute binding protein  21.92 
 
 		 310 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.165215 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5324  periplasmic solute binding protein  27.12 
 
 		 302 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0816  periplasmic solute binding protein  27.23 
 
 		 300 aa  55.5  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.313747  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3249  periplasmic solute binding protein  28.57 
 
 		 322 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.284399  normal  0.365665 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2047  periplasmic solute binding protein  20.39 
 
 		 311 aa  55.1  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.862803 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0094  periplasmic solute binding protein  23.21 
 
 		 296 aa  54.3  0.000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000753569  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0400  periplasmic solute binding protein  24.54 
 
 		 302 aa  54.3  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1851  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  20 
 
 		 316 aa  54.3  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.623587  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2423  periplasmic solute binding protein  25.55 
 
 		 296 aa  53.9  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.890095  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1915  periplasmic solute binding protein  27.7 
 
 		 365 aa  53.9  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.163703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2836  periplasmic solute binding protein  27.15 
 
 		 299 aa  54.3  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1841  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  20 
 
 		 316 aa  53.5  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.18542  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2413  ABC transporter, substrate-binding protein  21.6 
 
 		 298 aa  53.9  0.000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.423087  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1889  adhesion lipoprotein  20 
 
 		 316 aa  53.5  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.994637  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2035  adhesion lipoprotein  20 
 
 		 316 aa  53.5  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0717  ABC Mn2+/Zn2+ transporter, periplasmic ligand binding protein  27.62 
 
 		 330 aa  53.5  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0454927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2125  ABC transporter, substrate-binding protein  21.6 
 
 		 298 aa  53.1  0.000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.570615  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0852  high-affinity zinc uptake system protein ZnuA precursor  20.97 
 
 		 297 aa  52.8  0.000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0338292  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1793  putative carbon storage regulator-like protein  20.6 
 
 		 302 aa  52.8  0.000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.265514  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1655  periplasmic solute binding protein  21.33 
 
 		 306 aa  52.8  0.000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2136  putative adhesion lipoprotein  19.22 
 
 		 316 aa  52.8  0.000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2103  adhesion lipoprotein  19.22 
 
 		 316 aa  52.4  0.000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3814  periplasmic solute binding protein  22.89 
 
 		 331 aa  52.4  0.000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.906416  normal  0.0575455 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3437  periplasmic solute binding protein  23.49 
 
 		 358 aa  51.6  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.18946 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3491  periplasmic solute binding protein  22.22 
 
 		 323 aa  51.6  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.171763  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2066  putative adhesion lipoprotein  19.61 
 
 		 265 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1258  periplasmic solute binding protein  25.69 
 
 		 494 aa  51.2  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00438687  decreased coverage  0.000164305 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  25.55 
 
 		 346 aa  51.2  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2435  periplasmic solute binding protein  19.8 
 
 		 301 aa  50.4  0.00003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000148152  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0998  periplasmic solute binding protein  25.3 
 
 		 331 aa  50.8  0.00003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0851489 
 
 
-
 
NC_002936  DET0631  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  22.63 
 
 		 290 aa  50.1  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1102  periplasmic solute binding protein  24.31 
 
 		 282 aa  50.1  0.00004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1602  periplasmic solute binding protein  28.39 
 
 		 324 aa  50.4  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.174683  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0059  periplasmic solute binding protein  26.24 
 
 		 309 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0042  periplasmic solute binding protein  22.82 
 
 		 332 aa  50.1  0.00005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000671872  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2483  periplasmic solute binding protein  21.58 
 
 		 317 aa  49.7  0.00006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2645  periplasmic solute binding protein  21.15 
 
 		 317 aa  49.7  0.00006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1951  periplasmic solute binding protein  24.8 
 
 		 310 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0524661  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72550  putative adhesin  22.54 
 
 		 307 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6299  putative adhesin  22.13 
 
 		 307 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4723  periplasmic solute binding protein  25.45 
 
 		 208 aa  49.3  0.00008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.796516  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004106  zinc ABC transporter-binding protein ZnuA  24.17 
 
 		 295 aa  49.3  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>