More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1722 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  100 
 
 		 398 aa  811    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.31 
 
 		 300 aa  332  9e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000468714  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  50.72 
 
 		 409 aa  318  1e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1815  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.07 
 
 		 408 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  55.83 
 
 		 386 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0851  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.87 
 
 		 286 aa  311  1e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000682568  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.58 
 
 		 355 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3785  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.83 
 
 		 354 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000422758 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.79 
 
 		 355 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000006993 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  55.48 
 
 		 386 aa  310  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15730  Pseudouridine synthase  60.98 
 
 		 382 aa  310  4e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.83 
 
 		 328 aa  310  4e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.48 
 
 		 405 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.93 
 
 		 385 aa  307  3e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  57.02 
 
 		 355 aa  297  2e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  50.52 
 
 		 291 aa  293  4e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1467  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  50.52 
 
 		 291 aa  293  5e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.807732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  50.52 
 
 		 291 aa  293  5e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  50.17 
 
 		 291 aa  292  8e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0984  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.44 
 
 		 244 aa  292  9e-78  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  56.22 
 
 		 287 aa  291  1e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  50.52 
 
 		 291 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0877  RNA pseudouridine synthase family protein  58.44 
 
 		 244 aa  291  1e-77  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  50.52 
 
 		 291 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.52 
 
 		 291 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  50.52 
 
 		 291 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003093  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.3 
 
 		 312 aa  291  2e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00130129  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  55.42 
 
 		 288 aa  290  3e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2124  pseudouridine synthase, Rsu  57.44 
 
 		 295 aa  287  2e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.380507  normal  0.682206 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  58.61 
 
 		 289 aa  286  4e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  51.92 
 
 		 290 aa  286  4e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2436  pseudouridine synthase, Rsu  51.22 
 
 		 290 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  55.47 
 
 		 293 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1063  pseudouridine synthase  58.44 
 
 		 293 aa  282  7.000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1957  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.8 
 
 		 345 aa  282  8.000000000000001e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1228  pseudouridine synthase, Rsu  55.82 
 
 		 317 aa  281  1e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000379641  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02753  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  52.92 
 
 		 312 aa  280  3e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0646  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.92 
 
 		 315 aa  280  4e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.945317  normal  0.276422 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0608  pseudouridine synthase, Rsu  54.92 
 
 		 310 aa  280  4e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.543804  normal  0.283386 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  54.13 
 
 		 268 aa  279  5e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  49.83 
 
 		 294 aa  278  8e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  49.83 
 
 		 294 aa  278  1e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0800  pseudouridine synthase family 1 protein  52.17 
 
 		 321 aa  277  3e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  47.11 
 
 		 318 aa  276  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1159  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B (rRNA pseudouridylate synthase B)  54.51 
 
 		 354 aa  276  6e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.374483  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  47.02 
 
 		 344 aa  275  8e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  47.11 
 
 		 344 aa  274  2.0000000000000002e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  55.06 
 
 		 290 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.85 
 
 		 325 aa  273  3e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  51.2 
 
 		 289 aa  273  5.000000000000001e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  48.63 
 
 		 299 aa  270  2e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.4 
 
 		 290 aa  270  2.9999999999999997e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  49.83 
 
 		 291 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  49.83 
 
 		 291 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  0.0000324002 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  49.83 
 
 		 291 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000521291 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  49.83 
 
 		 291 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  49.83 
 
 		 291 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000305854 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.36 
 
 		 340 aa  268  8.999999999999999e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  56.63 
 
 		 298 aa  268  2e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1901  23S rRNA pseudouridylate synthase B  49.82 
 
 		 290 aa  267  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000316134 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1467  23S rRNA pseudouridylate synthase B  49.82 
 
 		 290 aa  267  2e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  55.14 
 
 		 301 aa  267  2e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01245  23S rRNA pseudouridylate synthase  49.82 
 
 		 291 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2380  pseudouridine synthase  49.82 
 
 		 291 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.227728  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1378  23S rRNA pseudouridylate synthase B  49.82 
 
 		 291 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2359  23S rRNA pseudouridylate synthase B  49.82 
 
 		 291 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.666226  hitchhiker  0.000000402657 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.32 
 
 		 268 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01255  hypothetical protein  49.82 
 
 		 291 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1493  23S rRNA pseudouridylate synthase B  49.48 
 
 		 290 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1864  23S rRNA pseudouridylate synthase B  49.82 
 
 		 291 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000661811 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2201  23S rRNA pseudouridylate synthase B  48.96 
 
 		 291 aa  262  6.999999999999999e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000312166 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  53.31 
 
 		 278 aa  261  2e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  47.62 
 
 		 379 aa  261  2e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.55 
 
 		 292 aa  260  3e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  54.55 
 
 		 292 aa  260  3e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.45 
 
 		 615 aa  255  8e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1594  hypothetical protein  53.56 
 
 		 248 aa  254  2.0000000000000002e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  45.49 
 
 		 594 aa  251  1e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1402  hypothetical protein  53.14 
 
 		 248 aa  252  1e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  47.95 
 
 		 587 aa  251  1e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1207  pseudouridine synthase  45.49 
 
 		 594 aa  250  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.948896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1419  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  50.79 
 
 		 483 aa  250  2e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.829241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2691  RNA-binding S4 domain protein  52.61 
 
 		 549 aa  250  3e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.74 
 
 		 631 aa  249  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.13 
 
 		 633 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.38 
 
 		 447 aa  248  1e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.41 
 
 		 586 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.41 
 
 		 588 aa  248  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  48.77 
 
 		 736 aa  248  2e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  46.27 
 
 		 626 aa  247  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  47.41 
 
 		 586 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  47.41 
 
 		 586 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  47.54 
 
 		 417 aa  247  3e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1419  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.01 
 
 		 572 aa  246  4e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0617825 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1085  pseudouridine synthase  48.97 
 
 		 435 aa  246  4e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.126004  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  47.01 
 
 		 572 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  46.51 
 
 		 597 aa  246  6e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  47.01 
 
 		 554 aa  245  9e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1286  hypothetical protein  45.1 
 
 		 598 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0722025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2312  pseudouridine synthase, Rsu  49.79 
 
 		 466 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.49516  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>