More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1429 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 		 375 aa  752    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  76.27 
 
 		 370 aa  580  1e-164  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  74.73 
 
 		 371 aa  561  1.0000000000000001e-159  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  59.52 
 
 		 372 aa  435  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  58.84 
 
 		 372 aa  420  1e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.88 
 
 		 372 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.88 
 
 		 373 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.88 
 
 		 372 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  56.08 
 
 		 373 aa  409  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.08 
 
 		 373 aa  409  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.61 
 
 		 372 aa  410  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.35 
 
 		 373 aa  410  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  57.94 
 
 		 372 aa  410  1e-113  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  56.61 
 
 		 373 aa  409  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.41 
 
 		 373 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.56 
 
 		 372 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.56 
 
 		 372 aa  404  1e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  55.82 
 
 		 373 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  56.61 
 
 		 372 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  55.17 
 
 		 371 aa  397  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  55.56 
 
 		 372 aa  395  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  56.32 
 
 		 372 aa  398  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  55.29 
 
 		 372 aa  391  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  57.14 
 
 		 372 aa  393  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.35 
 
 		 372 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.03 
 
 		 372 aa  394  1e-108  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  54.76 
 
 		 397 aa  384  1e-105  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  54.5 
 
 		 397 aa  383  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  53.17 
 
 		 372 aa  382  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  53.7 
 
 		 372 aa  382  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  53.7 
 
 		 412 aa  382  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  54.23 
 
 		 385 aa  382  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  53.97 
 
 		 372 aa  382  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  53.44 
 
 		 372 aa  381  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  52.38 
 
 		 372 aa  378  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  52.12 
 
 		 372 aa  375  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1278  DNA polymerase III subunit beta  52.91 
 
 		 373 aa  376  1e-103  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  2.76035e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  53.17 
 
 		 372 aa  367  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0002  DNA polymerase III subunit beta  53.54 
 
 		 374 aa  362  6e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0002  DNA polymerase III subunit beta  51.98 
 
 		 373 aa  358  6e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0966551  normal  0.572668 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1437  DNA polymerase III subunit beta  50.39 
 
 		 374 aa  349  5e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.31 
 
 		 376 aa  266  2.9999999999999995e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.53 
 
 		 367 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.8 
 
 		 367 aa  266  4e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.73 
 
 		 367 aa  257  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.05 
 
 		 367 aa  256  5e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  40 
 
 		 367 aa  256  5e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  39.2 
 
 		 367 aa  255  9e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.2 
 
 		 367 aa  255  9e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  40 
 
 		 367 aa  255  9e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  39.2 
 
 		 367 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  39.2 
 
 		 366 aa  251  1e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  38.87 
 
 		 371 aa  251  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.87 
 
 		 371 aa  251  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  37.83 
 
 		 366 aa  251  2e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.2 
 
 		 366 aa  251  2e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.87 
 
 		 371 aa  251  2e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1067  DNA polymerase III, beta subunit  38.13 
 
 		 365 aa  249  4e-65  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0458358  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0102  DNA polymerase III subunit beta  39.95 
 
 		 367 aa  249  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.25 
 
 		 368 aa  249  4e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0232451  hitchhiker  0.0000583688 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.13 
 
 		 367 aa  249  6e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0002  DNA polymerase III subunit beta  39.95 
 
 		 367 aa  249  8e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18752  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0300  DNA polymerase III subunit beta  39.95 
 
 		 367 aa  249  8e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.95 
 
 		 367 aa  249  8e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.645907  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0088  DNA polymerase III subunit beta  39.95 
 
 		 367 aa  249  8e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2236  DNA polymerase III subunit beta  39.95 
 
 		 367 aa  249  8e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.8 
 
 		 367 aa  249  8e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2849  DNA polymerase III subunit beta  39.95 
 
 		 367 aa  249  8e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3183  DNA polymerase III subunit beta  39.41 
 
 		 368 aa  248  9e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00267181  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.41 
 
 		 368 aa  248  9e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.011531  normal  0.38726 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.41 
 
 		 368 aa  248  9e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0645593  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  38.83 
 
 		 367 aa  248  1e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2554  DNA polymerase III subunit beta  39.41 
 
 		 368 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.376427  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.41 
 
 		 368 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.481367  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.41 
 
 		 368 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0846842  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.87 
 
 		 367 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201514  hitchhiker  0.00206466 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.74 
 
 		 372 aa  247  2e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.32 
 
 		 367 aa  247  2e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000146926  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.67 
 
 		 366 aa  248  2e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.4 
 
 		 367 aa  246  3e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  35.83 
 
 		 375 aa  247  3e-64  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3240  DNA polymerase III subunit beta  39.68 
 
 		 367 aa  246  3e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551286  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  39.47 
 
 		 366 aa  247  3e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.73 
 
 		 365 aa  246  4e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.4 
 
 		 367 aa  246  4e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.93 
 
 		 367 aa  246  4.9999999999999997e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  39.2 
 
 		 367 aa  246  4.9999999999999997e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.04 
 
 		 366 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.52 
 
 		 368 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000008266  decreased coverage  0.00275233 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  36.6 
 
 		 366 aa  244  1.9999999999999999e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  36.6 
 
 		 366 aa  243  3e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.6 
 
 		 366 aa  243  3e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  36.6 
 
 		 366 aa  243  3e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.6 
 
 		 366 aa  243  3e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  36.6 
 
 		 366 aa  243  3e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  36.6 
 
 		 366 aa  243  3e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  36.6 
 
 		 366 aa  243  3e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  36.6 
 
 		 366 aa  243  3e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  36.6 
 
 		 366 aa  243  3e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.3 
 
 		 366 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>