More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_0055 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1388  DNA-binding protein HU, form N  100 
 
 		 95 aa  189  2e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.082303  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0055  histone family protein DNA-binding protein  100 
 
 		 95 aa  189  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0808808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2795  histone family protein DNA-binding protein  98.95 
 
 		 95 aa  187  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2801  histone-like DNA-binding protein  75.79 
 
 		 97 aa  149  8.999999999999999e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0405  histone family protein DNA-binding protein  79.79 
 
 		 99 aa  135  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.479786 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0336  histone-like DNA-binding protein  77.42 
 
 		 96 aa  135  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.810596 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3288  DNA-binding protein HU  73.12 
 
 		 96 aa  134  4e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.36981  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0984  histone-like DNA-binding protein  45.56 
 
 		 93 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0975  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 93 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1013  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 93 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4242  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 93 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0981  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 93 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1266  DNA-binding protein HU family  45.56 
 
 		 93 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1084  histone-like DNA-binding protein  44.44 
 
 		 93 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.66671 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12900  putative DNA binding protein  43.33 
 
 		 93 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2752  histone-like DNA-binding protein  46.67 
 
 		 91 aa  72.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1168  putative DNA binding protein  42.22 
 
 		 93 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0082  histone-like DNA-binding protein  43.01 
 
 		 98 aa  72.8  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2651  histone family protein DNA-binding protein  44.44 
 
 		 92 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.532078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2724  histone-like DNA-binding protein  46.67 
 
 		 90 aa  72  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.032856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_16074  predicted protein  42.7 
 
 		 90 aa  72  0.000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.73937  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0293  histone family protein DNA-binding protein  45.05 
 
 		 94 aa  70.9  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.416752  normal  0.0238993 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2320  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 91 aa  70.5  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313993 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4266  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 		 93 aa  69.7  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.598481  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0201  histone family protein DNA-binding protein  45.05 
 
 		 91 aa  69.3  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000429798  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1035  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  68.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.00000557803  hitchhiker  0.00000000462139 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2424  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 91 aa  69.3  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000394497  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0914  DNA-binding protein HU  40 
 
 		 90 aa  68.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.196839  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0860  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  69.3  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0124999  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2799  histone family protein DNA-binding protein  45.56 
 
 		 91 aa  67  0.00000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0532  DNA-binding protein HU-beta  41.11 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00043104  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0324  histone family protein DNA-binding protein  42.7 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.064189  normal  0.0110025 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02474  DNA-binding protein HU  43.33 
 
 		 90 aa  65.9  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6198  histone family protein DNA-binding protein  41.76 
 
 		 92 aa  66.2  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0309609  normal  0.013935 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0022  DNA-binding protein HU  41.11 
 
 		 90 aa  65.5  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00102315  hitchhiker  0.000567997 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0238  histone family protein DNA-binding protein  43.82 
 
 		 91 aa  65.1  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0875  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  64.7  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.757232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0125  histone-like DNA-binding protein  41.94 
 
 		 95 aa  64.7  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2657  nucleoid protein Hbs  40 
 
 		 91 aa  64.7  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000194133  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3067  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 92 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0353619 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0576  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 		 90 aa  64.3  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0418926 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4504  DNA-binding protein HU-alpha  38.89 
 
 		 92 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.806931 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7326  histone family protein DNA-binding protein  41.76 
 
 		 92 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.076405 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3933  histone family protein DNA-binding protein  38.89 
 
 		 92 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2207  histone family protein DNA-binding protein  43.33 
 
 		 91 aa  63.5  0.0000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.976216  normal  0.483194 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8047  histone family protein DNA-binding protein  38.89 
 
 		 232 aa  63.5  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.278826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0390  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  62.8  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000165854  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0066  histone family protein DNA-binding protein  38.89 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8123  HNS-type DNA binding protein  39.56 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.029087  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3247  histone-like DNA-binding protein  38.89 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1180  histone-like DNA-binding protein  41.11 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  2.95654e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0065  histone family protein DNA-binding protein  38.89 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0016  nucleoid protein HU beta subunit  41.11 
 
 		 90 aa  63.5  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0005  histone-like DNA-binding protein  38.89 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.129264  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1172  histone-like DNA-binding protein  37.78 
 
 		 90 aa  62.8  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.856335  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0055  histone family protein DNA-binding protein  38.89 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0065  histone family protein DNA-binding protein  38.89 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0084  histone family protein DNA-binding protein  38.89 
 
 		 92 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1743  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 106 aa  62.4  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1317  histone family protein DNA-binding protein  42.86 
 
 		 91 aa  62.4  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2026  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 106 aa  62.4  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000760647  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0362  histone-like DNA-binding protein  41.76 
 
 		 91 aa  62.8  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0822  DNA-binding protein HU-beta  41.11 
 
 		 98 aa  62.4  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.172487  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1584  histone family protein DNA-binding protein  38.89 
 
 		 91 aa  62.8  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.532726  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0799  histone-like DNA-binding protein  41.11 
 
 		 90 aa  62.4  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0173855 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1538  DNA-binding protein HU  42.86 
 
 		 91 aa  62.8  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000676058  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0133  histone family protein DNA-binding protein  41.11 
 
 		 91 aa  62.4  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116647  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1175  histone-like DNA-binding protein  43.18 
 
 		 91 aa  62.4  0.000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000000211181  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2029  histone family protein DNA-binding protein  40.86 
 
 		 95 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2793  histone family protein DNA-binding protein  40.45 
 
 		 94 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3231  histone family protein DNA-binding protein  41.3 
 
 		 92 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2521  DNA-binding protein HU-beta  40.45 
 
 		 94 aa  62  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0944475  normal  0.0105947 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0009  histone-like DNA-binding protein  36.17 
 
 		 130 aa  62  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.101373 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3555  histone family protein DNA-binding protein  41.3 
 
 		 92 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1797  HU family DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  61.6  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0765  nucleoid protein Hbs  42.05 
 
 		 91 aa  61.6  0.000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000296782  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2913  DNA-binding protein HU, form B  37.78 
 
 		 92 aa  62  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.5361  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1596  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  61.6  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000169185  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1629  DNA-binding protein HU, form B  37.78 
 
 		 92 aa  62  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3397  DNA-binding protein HU, form B  37.78 
 
 		 92 aa  62  0.000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.218557  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1630  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  61.6  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000159632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0004  DNA-binding protein HU-alpha  37.78 
 
 		 92 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0687  histone family protein DNA-binding protein  42.86 
 
 		 91 aa  62  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.105584  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0004  DNA-binding protein HU-alpha  37.78 
 
 		 126 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2747  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  61.6  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000276504  normal  0.581764 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2972  DNA-binding protein HU-alpha  37.78 
 
 		 92 aa  62  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1607  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  61.6  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022491  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2492  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  61.6  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000348442  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2560  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  61.6  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000135506  normal  0.0536414 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0004  DNA-binding protein HU-alpha  37.78 
 
 		 92 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2386  histone family protein DNA-binding protein  40.45 
 
 		 94 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1493  histone family protein DNA-binding protein  40 
 
 		 90 aa  61.6  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000388309  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0510  transcriptional regulator HU subunit beta  42.22 
 
 		 90 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0507646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0491  transcriptional regulator HU subunit beta  42.22 
 
 		 90 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0126716  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0554  transcriptional regulator HU subunit beta  42.22 
 
 		 90 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00736621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7042  HNS-type DNA binding protein  38.46 
 
 		 92 aa  61.2  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.815664  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4761  histone family protein DNA-binding protein  38.37 
 
 		 92 aa  61.2  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00588654  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0500  transcriptional regulator HU subunit beta  42.22 
 
 		 90 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.332585  normal  0.0268714 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0493  transcriptional regulator HU subunit beta  42.22 
 
 		 90 aa  61.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.107938  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3065  transcriptional regulator HU subunit beta  42.22 
 
 		 90 aa  61.6  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>