More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3304 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 306 aa  609  1e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  93.46 
 
 		 306 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 309 aa  266  2e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  46.02 
 
 		 305 aa  252  4.0000000000000004e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 296 aa  246  4e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 298 aa  245  9e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 335 aa  241  7.999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 295 aa  240  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 298 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 303 aa  236  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 313 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  235  6e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 299 aa  232  5e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  39.66 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 298 aa  229  3e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 298 aa  229  6e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  43.6 
 
 		 293 aa  228  7e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 298 aa  226  4e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 298 aa  225  8e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.36 
 
 		 302 aa  221  9e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 306 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  42.09 
 
 		 309 aa  219  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 304 aa  219  5e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 301 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  42.52 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.71 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.673893  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  39.1 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  42.91 
 
 		 297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 310 aa  216  4e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.45 
 
 		 299 aa  216  4e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 299 aa  215  7e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 306 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2617  transcriptional regulator, LysR family  43.05 
 
 		 301 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000166311  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 307 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  42.66 
 
 		 306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  42.43 
 
 		 305 aa  213  3.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  42.43 
 
 		 306 aa  212  4.9999999999999996e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  37.42 
 
 		 309 aa  212  7e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 300 aa  211  9e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  41.45 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  40.8 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 316 aa  210  3e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 		 309 aa  209  3e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0928  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 291 aa  209  6e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0490463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 319 aa  209  6e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 295 aa  209  6e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4131  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.8 
 
 		 304 aa  208  8e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 299 aa  208  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 299 aa  208  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 320 aa  208  8e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 290 aa  208  9e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 297 aa  208  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4637  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.416318  normal  0.0807289 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 299 aa  207  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 299 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 399 aa  208  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  40.79 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 343 aa  207  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 322 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 351 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.61 
 
 		 293 aa  206  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 351 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 351 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 351 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 351 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 351 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  41.16 
 
 		 351 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 309 aa  206  4e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 294 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 294 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 294 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2760  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 319 aa  206  5e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 		 301 aa  205  6e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 295 aa  205  7e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1244  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 293 aa  205  8e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3048  helix-turn-helix, Fis-type  39.86 
 
 		 303 aa  205  8e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0203224 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 305 aa  205  8e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 314 aa  205  8e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 294 aa  205  9e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>