More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0320 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2680  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like protein  68.98 
 
 		 609 aa  752    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0432  hypothetical protein  71.53 
 
 		 580 aa  768    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744258  normal  0.621474 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6091  Acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like  69.04 
 
 		 584 aa  757    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316945  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0320  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  100 
 
 		 565 aa  1133    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0308  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  93.98 
 
 		 565 aa  1057    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2147  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like  68.89 
 
 		 590 aa  774    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2813  Acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  68.1 
 
 		 609 aa  757    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2761  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  68.89 
 
 		 590 aa  774    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.054979  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3932  AMP-dependent synthetase and ligase  58.47 
 
 		 570 aa  616  1e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.297166  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0802  AMP-binding protein  51.29 
 
 		 453 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2746  CoA ligase (AMP forming)  55.16 
 
 		 443 aa  434  1e-120  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.913246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0065  AMP-dependent synthetase and ligase  45.76 
 
 		 593 aa  432  1e-119  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4173  AMP-dependent synthetase and ligase  51.71 
 
 		 458 aa  411  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2671  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  43.99 
 
 		 569 aa  397  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1318  putative CoA ligase (AMP forming)  48.7 
 
 		 466 aa  344  2.9999999999999997e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3987  hypothetical protein  43.14 
 
 		 448 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0480  AMP-dependent synthetase and ligase  44.04 
 
 		 446 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.872653 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0350  peptide synthase  42.28 
 
 		 450 aa  307  3e-82  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.693872  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0315  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  42.28 
 
 		 435 aa  307  4.0000000000000004e-82  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.529021  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03741  AMP-ligase  43.74 
 
 		 501 aa  304  3.0000000000000004e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0694  AMP-dependent synthetase and ligase  30.3 
 
 		 562 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0938067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  30.21 
 
 		 557 aa  130  6e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3688  AMP-dependent synthetase and ligase  30.21 
 
 		 557 aa  130  6e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.458035 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3920  AMP-dependent synthetase and ligase  33.26 
 
 		 561 aa  129  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3060  AMP-dependent synthetase and ligase  29.98 
 
 		 568 aa  127  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36768  normal  0.993674 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3878  AMP-dependent synthetase and ligase  26.21 
 
 		 565 aa  126  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.680679 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1491  AMP-dependent synthetase and ligase  29.47 
 
 		 551 aa  122  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.969337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0931  putative AMP-dependent synthetase and ligase  30.13 
 
 		 615 aa  122  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0893  putative AMP-binding protein  28.48 
 
 		 457 aa  117  6.9999999999999995e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.639204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 		 451 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00787  hypothetical protein  27.93 
 
 		 563 aa  114  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4077  AMP-dependent synthetase and ligase  31.36 
 
 		 563 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2751  AMP-binding enzyme family protein  27.96 
 
 		 591 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.859274  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  31.47 
 
 		 563 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3382  hypothetical protein  31.42 
 
 		 459 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4381  AMP-dependent synthetase and ligase  28.17 
 
 		 557 aa  107  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.432872  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4599  hypothetical protein  29.24 
 
 		 454 aa  105  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000326637 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004067  putative surfactin synthetase  27.25 
 
 		 466 aa  103  9e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2100  hypothetical protein  25.68 
 
 		 457 aa  99.4  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0339  aconitate hydratase  28.68 
 
 		 454 aa  98.2  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53194  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0437  AMP-binding enzyme  22.32 
 
 		 448 aa  97.8  5e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.219492  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0344  aconitate hydratase  28.68 
 
 		 454 aa  97.4  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0347  hypothetical protein  28.61 
 
 		 454 aa  97.1  7e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166165 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5096  AMP-binding enzyme family protein  26.53 
 
 		 524 aa  97.1  8e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0443  hypothetical protein  29.44 
 
 		 454 aa  96.3  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0337  aconitate hydratase  28.37 
 
 		 454 aa  95.9  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  27.91 
 
 		 559 aa  94  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.595328 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0347  hypothetical protein  28.85 
 
 		 454 aa  94  7e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3679  hypothetical protein  28.85 
 
 		 454 aa  94  7e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.824748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0349  hypothetical protein  29.85 
 
 		 455 aa  93.6  8e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0338  aconitate hydratase  28.61 
 
 		 454 aa  92.8  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4174  hypothetical protein  47.92 
 
 		 99 aa  92  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2176  trigger factor (TF)  27.86 
 
 		 518 aa  91.3  5e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.437953  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2105  aconitate hydratase  25.15 
 
 		 393 aa  91.3  5e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4371  hypothetical protein  28.71 
 
 		 454 aa  89.7  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2747  hypothetical protein  56.96 
 
 		 105 aa  89.4  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.168123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3889  AMP-dependent synthetase and ligase  26.29 
 
 		 453 aa  88.2  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.329532 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0971  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  24.8 
 
 		 518 aa  88.6  3e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00727606  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3514  hypothetical protein  28.29 
 
 		 453 aa  88.2  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3298  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase, FabA/FabZ  49.49 
 
 		 109 aa  87.8  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.609016 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0322  hypothetical protein  29.48 
 
 		 454 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0434  AMP-dependent synthetase and ligase  26.83 
 
 		 563 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3891  hypothetical protein  28.16 
 
 		 459 aa  84.3  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0115  acyl-coenzyme A synthetase-related protein  27.93 
 
 		 427 aa  83.2  0.00000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3988  hypothetical protein  53.41 
 
 		 100 aa  82  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1890  putative acid-CoA ligase  26.72 
 
 		 515 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.367051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7294  AMP-dependent synthetase and ligase  26.7 
 
 		 498 aa  80.5  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555041  normal  0.661427 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1719  malonyl-CoA synthase  27.58 
 
 		 503 aa  79.7  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.982236 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7251  malonyl-CoA synthase  27.25 
 
 		 507 aa  77.4  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0329  malonyl-CoA synthase  26.1 
 
 		 511 aa  75.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0483  malonyl-CoA synthase  26.52 
 
 		 503 aa  75.1  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3119  malonyl-CoA synthase  25.49 
 
 		 485 aa  74.7  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.646837  normal  0.278949 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6034  malonyl-CoA synthase  26.97 
 
 		 507 aa  74.3  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.224104  normal  0.165563 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1819  4-coumarate--CoA ligase  29.5 
 
 		 394 aa  73.6  0.000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0064272  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0220  malonyl-CoA synthase  25.46 
 
 		 503 aa  72.8  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601636  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0616  malonyl-CoA synthase  26.54 
 
 		 504 aa  72.8  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.562715  normal  0.268093 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0574  malonyl-CoA synthase  24.89 
 
 		 504 aa  71.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3536  AMP-dependent synthetase and ligase  24.89 
 
 		 530 aa  72  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0518  malonyl-CoA synthase  27.47 
 
 		 509 aa  71.6  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3600  malonyl-CoA synthase  26.04 
 
 		 505 aa  71.6  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2870  malonyl-CoA synthase  26.02 
 
 		 506 aa  72  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.689672  normal  0.236454 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2790  malonyl-CoA synthase  24.72 
 
 		 512 aa  70.9  0.00000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000139685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0876  malonyl-CoA synthase  26.63 
 
 		 510 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768548 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2797  malonyl-CoA synthase  25.48 
 
 		 518 aa  68.9  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.676577 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0802  malonyl-CoA synthase  26.63 
 
 		 510 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.756606  normal  0.0286315 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0836  malonyl-CoA synthase  26.36 
 
 		 510 aa  67.8  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.141452  normal  0.0577882 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2538  malonyl-CoA synthase  24.59 
 
 		 511 aa  67.8  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0422  malonyl-CoA synthase  28.02 
 
 		 526 aa  67.4  0.0000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.149212  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4723  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  30.36 
 
 		 370 aa  66.2  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0226  malonyl-CoA synthase  26.26 
 
 		 508 aa  65.9  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0526846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1480  malonyl-CoA synthase  27.86 
 
 		 509 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000189244 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5371  malonyl-CoA synthase  25.27 
 
 		 504 aa  65.5  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3252  AMP-dependent synthetase and ligase  21.02 
 
 		 474 aa  65.9  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1101  malonyl-CoA synthase  26.54 
 
 		 530 aa  65.1  0.000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0245  malonyl-CoA synthase  24.12 
 
 		 504 aa  64.3  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0395238 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2492  malonyl-CoA synthase  27.78 
 
 		 504 aa  63.2  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.318474  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0728  AMP-dependent synthetase and ligase  26.46 
 
 		 507 aa  62.8  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1847  amino acid adenylation  27.68 
 
 		 1070 aa  62  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2384  long chain acyl-CoA synthetase  22.73 
 
 		 522 aa  61.6  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.838987  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0996  malonyl-CoA synthase  24.73 
 
 		 519 aa  61.2  0.00000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>