More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0042 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0042  protein of unknown function DUF6 transmembrane  100 
 
 		 302 aa  560  1e-158  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0151  putative transmembrane protein  84.21 
 
 		 309 aa  351  7e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0551496  normal  0.867935 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4940  hypothetical protein  49.32 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.361149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0286  hypothetical protein  44.56 
 
 		 293 aa  208  9e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00960763  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4763  protein of unknown function DUF6 transmembrane  48.54 
 
 		 314 aa  206  6e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1589  hypothetical protein  42.71 
 
 		 324 aa  196  3e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.151328  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7502  regulator protein pecM  47.74 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0031  drug/metabolite transporter  44.29 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6822  normal  0.556158 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0154  drug/metabolite transporter  44.29 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.98831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4367  hypothetical protein  44.37 
 
 		 318 aa  187  3e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25270  predicted permease, DMT superfamily  50 
 
 		 291 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.206  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0088  protein of unknown function DUF6 transmembrane  44.73 
 
 		 290 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.529373  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5289  regulator protein PecM  45.76 
 
 		 318 aa  181  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.517421 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3501  hypothetical protein  47.08 
 
 		 291 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0070  carboxylate/amino acid/amine transporter  45.65 
 
 		 288 aa  177  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0619  hypothetical protein  44.48 
 
 		 346 aa  171  1e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3106  hypothetical protein  48.21 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0777432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2455  hypothetical protein  44.44 
 
 		 272 aa  171  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.151746 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0391  protein of unknown function DUF6 transmembrane  52.11 
 
 		 287 aa  169  6e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.598398  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4286  protein of unknown function DUF6 transmembrane  46.5 
 
 		 303 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.853408 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4244  PecM protein  44.14 
 
 		 335 aa  163  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0960699 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2560  protein of unknown function DUF6 transmembrane  40.73 
 
 		 290 aa  163  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.711408  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2255  hypothetical protein  45.02 
 
 		 290 aa  162  6e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.116056  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4094  protein of unknown function DUF6 transmembrane  40.2 
 
 		 317 aa  161  1e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.466006  normal  0.380638 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4566  hypothetical protein  47.65 
 
 		 395 aa  160  4e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.912559  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2764  hypothetical protein  50 
 
 		 310 aa  155  9e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.876324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4210  protein of unknown function DUF6 transmembrane  43.46 
 
 		 290 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4185  protein of unknown function DUF6 transmembrane  42.65 
 
 		 291 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2279  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.26 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0136903  normal  0.215844 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4124  hypothetical protein  39.27 
 
 		 285 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000621435  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3499  hypothetical protein  40.32 
 
 		 285 aa  135  9e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.290777  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0215  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.46 
 
 		 285 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000175088  normal  0.378069 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4245  hypothetical protein  38.87 
 
 		 285 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000122262  hitchhiker  0.00219233 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0213  hypothetical protein  38.06 
 
 		 285 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000223398  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3677  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.78 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3735  hypothetical protein  41.13 
 
 		 284 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.486754 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3806  hypothetical protein  41.13 
 
 		 284 aa  124  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.305382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3933  hypothetical protein  40.73 
 
 		 284 aa  123  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000367698  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4527  integral membrane domain-containing protein  40.73 
 
 		 284 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3337  hypothetical protein  36.58 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.491654 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3644  hypothetical protein  31.6 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2455  protein of unknown function DUF6 transmembrane  41.67 
 
 		 362 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02200  hypothetical protein  32.41 
 
 		 294 aa  102  7e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003645  permease  35.14 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.436376  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3565  DMT family permease  31.69 
 
 		 291 aa  100  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0682  hypothetical protein  34.36 
 
 		 299 aa  89  8e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.095942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5105  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.62 
 
 		 349 aa  80.1  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.910123  normal  0.400388 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2433  hypothetical protein  41.74 
 
 		 294 aa  79  0.00000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.21912  normal  0.079185 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3217  membrane protein  29.01 
 
 		 395 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000559917  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3202  integral membrane protein  28.57 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3163  integral membrane protein  28.57 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.08673  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1908  hypothetical protein  28.21 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.760547  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2045  hypothetical protein  28.21 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.225054  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1406  hypothetical protein  27.4 
 
 		 414 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0104528  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2702  hypothetical protein  28.67 
 
 		 316 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.475299  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0868  hypothetical protein  28.21 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000733686  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0726  hypothetical protein  28.15 
 
 		 298 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0709  hypothetical protein  28.15 
 
 		 298 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2926  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.42 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0377  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.23 
 
 		 310 aa  68.2  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1780  SMR family transporter-like protein  30.51 
 
 		 322 aa  67.4  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2911  hypothetical protein  33.45 
 
 		 299 aa  67  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.100063 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0996  hypothetical protein  24.17 
 
 		 274 aa  66.6  0.0000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.31188  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2202  membrane protein  24.25 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00337301  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3872  carboxylate/amino acid/amine transporter  28.34 
 
 		 307 aa  66.2  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_5328  DMT family transporter: drug/metabolite  28.72 
 
 		 300 aa  66.2  0.0000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.681519  normal  0.112664 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0584  SMR family transporter PecM  32.31 
 
 		 313 aa  65.9  0.0000000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2030  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.99 
 
 		 340 aa  66.2  0.0000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16531  SMR family transporter  27.49 
 
 		 316 aa  65.5  0.0000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.724697 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0798  SMR family transporter PecM  27.49 
 
 		 316 aa  65.1  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6436  hypothetical protein  29.8 
 
 		 319 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0040  carboxylate/amino acid/amine transporter  28.34 
 
 		 307 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03543  predicted inner membrane protein  28.03 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0574  hypothetical protein  36.99 
 
 		 308 aa  64.3  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.421422  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03485  hypothetical protein  28.03 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4167  carboxylate/amino acid/amine transporter  28.03 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4015  carboxylate/amino acid/amine transporter  28.03 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.972202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3922  hypothetical protein  28.15 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.939787 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2354  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.35 
 
 		 302 aa  63.5  0.000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.165015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4115  carboxylate/amino acid/amine transporter  31.65 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.210953  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2545  hypothetical protein  32.4 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281765  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0045  carboxylate/amino acid/amine transporter  27.71 
 
 		 307 aa  62  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5085  carboxylate/amino acid/amine transporter  27.71 
 
 		 307 aa  62  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.35072 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2416  hypothetical protein  32.2 
 
 		 299 aa  62  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0994864  normal  0.0254261 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3324  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.91 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2401  hypothetical protein  26.8 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3529  hypothetical protein  28.78 
 
 		 356 aa  61.6  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2796  hypothetical protein  28.12 
 
 		 293 aa  60.8  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0033  carboxylate/amino acid/amine transporter  29.97 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.777153  normal  0.606163 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2495  hypothetical protein  27.51 
 
 		 336 aa  61.6  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.939833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03890  probable transmembrane protein  27.82 
 
 		 294 aa  60.8  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2763  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.03 
 
 		 304 aa  60.5  0.00000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0392  ABC transporter membrane spanning protein  31.72 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0406  hypothetical protein  29.3 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3672  DMT family permease  27.39 
 
 		 311 aa  60.5  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.199096  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2545  hypothetical protein  26.4 
 
 		 296 aa  60.1  0.00000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0532  hypothetical protein  27.27 
 
 		 303 aa  60.1  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12661  SMR family transporter PecM  27.18 
 
 		 317 aa  60.1  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571261 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4000  protein of unknown function DUF6 transmembrane  21.82 
 
 		 321 aa  59.3  0.00000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1702  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.76 
 
 		 302 aa  59.7  0.00000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.352845  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>