More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3166 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3166  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
482 aa  975    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00363184  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2894  cyclic nucleotide-binding protein  80.5 
 
 
482 aa  808    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00660929  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2270  cyclic nucleotide-binding protein  48.75 
 
 
477 aa  413  1e-114  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00166052 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3689  cyclic nucleotide-binding protein  41.52 
 
 
454 aa  345  1e-93  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.120597  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0343  cyclic nucleotide-binding protein  32.03 
 
 
811 aa  164  4.0000000000000004e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0783507  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0590  cyclic nucleotide-binding protein  27.14 
 
 
801 aa  160  4e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120802  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0301  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  26.43 
 
 
858 aa  149  9e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5160  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.94 
 
 
739 aa  109  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.8765  normal  0.911102 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3368  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.14 
 
 
503 aa  97.8  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00879958  normal  0.135189 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3152  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.87 
 
 
487 aa  86.7  9e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.833452  normal  0.47191 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3722  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.17 
 
 
760 aa  83.6  0.000000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.44099  normal  0.232019 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5210  cyclic nucleotide-binding protein  36.97 
 
 
355 aa  83.2  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.465426  normal  0.688608 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5447  voltage-dependent potassium channel  37.8 
 
 
409 aa  79.7  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.532768  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_006670  CNA05510  cAMP-dependent protein kinase inhibitor, putative  30.86 
 
 
482 aa  79  0.0000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4712  cyclic nucleotide-binding protein  35.42 
 
 
412 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.566577  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_3120  predicted protein  26.25 
 
 
241 aa  77.8  0.0000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63653  Leucine rich repeat protein, contains F-box  22.44 
 
 
868 aa  77.8  0.0000000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.422768  normal  0.952681 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1358  Ion transport protein  33.79 
 
 
419 aa  77.4  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4601  cyclic nucleotide-binding protein  34.04 
 
 
154 aa  77  0.0000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.930738 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4597  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.13 
 
 
169 aa  77  0.0000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4277  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.36 
 
 
173 aa  76.6  0.0000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.06 
 
 
222 aa  76.3  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4038  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.71 
 
 
409 aa  74.3  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3692  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.03 
 
 
146 aa  73.9  0.000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04987  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit (PKA regulatory subunit) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O59922]  34.78 
 
 
412 aa  73.2  0.00000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.599779  normal  0.51731 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.93 
 
 
232 aa  71.6  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7131  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.6 
 
 
155 aa  70.9  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1954  putative Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.03 
 
 
141 aa  70.9  0.00000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5981  cyclic nucleotide-binding protein  33.6 
 
 
155 aa  70.5  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.35 
 
 
224 aa  70.5  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1378  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.94 
 
 
408 aa  70.1  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5417  cyclic nucleotide-binding protein  30.99 
 
 
419 aa  70.1  0.00000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0881735  normal  0.0681678 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3370  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32 
 
 
425 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  35.07 
 
 
222 aa  69.7  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2732  cyclic nucleotide-binding protein  32 
 
 
425 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.71 
 
 
225 aa  68.9  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2624  cyclic nucleotide-binding protein  26.71 
 
 
1177 aa  68.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4020  cyclic nucleotide-binding  36.45 
 
 
367 aa  68.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.109231  normal  0.727114 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.61 
 
 
231 aa  69.3  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
225 aa  68.2  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2199  cyclic nucleotide-binding protein  28.67 
 
 
357 aa  68.6  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  32.54 
 
 
226 aa  67.8  0.0000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.37 
 
 
225 aa  67.4  0.0000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  36.07 
 
 
224 aa  67  0.0000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2303  MscS Mechanosensitive ion channel  34.09 
 
 
512 aa  66.6  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.697138  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2905  cyclic nucleotide-binding protein  31.36 
 
 
157 aa  66.6  0.0000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0600936 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2440  cyclic nucleotide-regulated small mechanosensitive ion channel  30.37 
 
 
509 aa  66.6  0.0000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00769093 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30 
 
 
226 aa  66.6  0.0000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  33.58 
 
 
220 aa  66.2  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4893  cyclic nucleotide-binding protein  33.33 
 
 
237 aa  66.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.37 
 
 
239 aa  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2720  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.74 
 
 
180 aa  66.2  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0122897  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
224 aa  66.2  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2994  electron transport protein HydN  33.33 
 
 
181 aa  66.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00426754 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
224 aa  66.2  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
225 aa  66.2  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
241 aa  65.9  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  27.87 
 
 
224 aa  65.5  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.85 
 
 
236 aa  65.9  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.85 
 
 
236 aa  65.9  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4944  cyclic nucleotide-binding protein  25.58 
 
 
454 aa  65.9  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0658137  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.43 
 
 
226 aa  65.1  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
224 aa  65.1  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1037  cyclic nucleotide-binding protein  31.97 
 
 
227 aa  65.1  0.000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.272663 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
224 aa  65.1  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3152  electron transport protein HydN  32.76 
 
 
181 aa  65.1  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0528498 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
224 aa  65.1  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.69 
 
 
224 aa  64.7  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
246 aa  64.3  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2963  electron transport protein HydN  32.76 
 
 
181 aa  64.3  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0823  formate dehydrogenase beta subunit  31.58 
 
 
310 aa  64.7  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4219  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.73 
 
 
177 aa  64.3  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3045  electron transport protein HydN  32.76 
 
 
181 aa  64.3  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.062215 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2812  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.11 
 
 
159 aa  64.3  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0501046  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3029  electron transport protein HydN  32.76 
 
 
181 aa  64.3  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.135002  hitchhiker  0.0000568906 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02563  formate dehydrogenase-H, [4Fe-4S] ferredoxin subunit  33.33 
 
 
175 aa  64.3  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0976  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.33 
 
 
175 aa  64.3  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.961546  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02528  hypothetical protein  33.33 
 
 
175 aa  64.3  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3963  electron transport protein HydN  33.33 
 
 
175 aa  64.3  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2849  electron transport protein HydN  33.33 
 
 
175 aa  64.3  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3164  electron transport protein HydN  33.33 
 
 
175 aa  64.3  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0432  cyclic nucleotide-binding protein  30.67 
 
 
860 aa  64.3  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0999  electron transport protein HydN  33.33 
 
 
175 aa  64.3  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184229 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2997  electron transport protein HydN  33.33 
 
 
175 aa  64.3  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2836  electron transport protein HydN  33.33 
 
 
175 aa  64.3  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0600195 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  30.16 
 
 
225 aa  63.5  0.000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4027  cyclic nucleotide-binding protein  28.29 
 
 
413 aa  63.9  0.000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2419  cyclic nucleotide-binding protein  32.86 
 
 
563 aa  63.5  0.000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.871595  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0144  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  31.4 
 
 
227 aa  63.5  0.000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.993696  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
224 aa  63.5  0.000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  29.41 
 
 
224 aa  63.5  0.000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0929  bacteriocin-processing peptidase  26.88 
 
 
1040 aa  63.5  0.000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.247839  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3942  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  31.51 
 
 
154 aa  63.5  0.000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.644852  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.69 
 
 
224 aa  63.2  0.000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3834  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  26.39 
 
 
1018 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.823997 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3186  electron transport protein HydN  33.91 
 
 
181 aa  63.5  0.000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5607  cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit  31.2 
 
 
154 aa  63.5  0.000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0875  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.58 
 
 
310 aa  63.2  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0474  electron transport protein  34.81 
 
 
201 aa  62.8  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4011  putative oxidoreductase Fe-S binding subunit  31.65 
 
 
671 aa  62.8  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>