More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1308 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1308  NusA antitermination factor  100 
 
 		 421 aa  823    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17701  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3421  transcription elongation factor NusA  52.26 
 
 		 418 aa  434  1e-120  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0652  transcription elongation factor NusA  51.44 
 
 		 415 aa  428  1e-119  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.020983  normal  0.100842 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0140  transcription elongation factor NusA  51.69 
 
 		 411 aa  427  1e-118  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1214  NusA antitermination factor  49.88 
 
 		 414 aa  421  1e-116  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.75759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0033  transcription elongation factor NusA  51.67 
 
 		 413 aa  415  9.999999999999999e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.122242  normal  0.232116 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01340  transcription elongation factor NusA  49.88 
 
 		 410 aa  413  1e-114  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1262  transcription elongation factor NusA  50.24 
 
 		 410 aa  408  1e-113  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0138  transcription elongation factor NusA  50 
 
 		 411 aa  402  1e-111  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1629  transcription elongation factor NusA  47.26 
 
 		 417 aa  394  1e-108  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0254  transcription elongation factor NusA  43.72 
 
 		 444 aa  355  1e-96  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0061  transcription elongation factor NusA  43.27 
 
 		 449 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.941395  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0366  transcription elongation factor NusA  38.77 
 
 		 517 aa  280  3e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000647313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1665  NusA antitermination factor  44.19 
 
 		 365 aa  280  4e-74  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000721447  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2412  transcription elongation factor NusA  38.75 
 
 		 441 aa  276  4e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.659924  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0368  transcription elongation factor NusA  38.35 
 
 		 518 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00190694  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0299  transcription elongation factor NusA  37.83 
 
 		 513 aa  273  4.0000000000000004e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000558254  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1463  transcription elongation factor NusA  37.68 
 
 		 527 aa  273  5.000000000000001e-72  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0965243  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1047  transcription elongation factor NusA  41.94 
 
 		 344 aa  273  5.000000000000001e-72  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000699393  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3729  NusA antitermination factor  40.88 
 
 		 506 aa  273  5.000000000000001e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3036  transcription elongation factor NusA  39.25 
 
 		 475 aa  273  6e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00201036  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0401  transcription elongation factor NusA  37.68 
 
 		 521 aa  272  7e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000166  normal  0.293714 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2075  transcription elongation factor NusA  43.57 
 
 		 537 aa  272  1e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2163  transcription elongation factor NusA  43.57 
 
 		 537 aa  272  1e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1899  transcription elongation factor NusA  40.78 
 
 		 383 aa  271  1e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368219  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0749  transcription elongation factor NusA  43.57 
 
 		 535 aa  272  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3626  NusA antitermination factor  39.36 
 
 		 536 aa  271  2e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475474 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1780  transcription elongation factor NusA  37.56 
 
 		 553 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0199707  normal  0.0564295 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1584  transcription elongation factor NusA  41.4 
 
 		 381 aa  270  2.9999999999999997e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0994  NusA antitermination factor  41.86 
 
 		 404 aa  270  4e-71  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000558995  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1065  transcription elongation factor NusA  41.35 
 
 		 344 aa  270  4e-71  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000123432  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4069  transcription elongation factor NusA  38.77 
 
 		 535 aa  269  5e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1300  transcription elongation factor NusA  41.13 
 
 		 383 aa  269  7e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000861889  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4389  transcription elongation factor NusA  38.77 
 
 		 533 aa  269  7e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1227  transcription elongation factor NusA  37.53 
 
 		 449 aa  269  7e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000158035  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2983  transcription elongation factor NusA  41.13 
 
 		 382 aa  268  8.999999999999999e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0049800000000001e-28 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3439  transcription elongation factor NusA  38.44 
 
 		 552 aa  268  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1932  NusA antitermination factor  41.48 
 
 		 392 aa  268  2e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.00000000167668  decreased coverage  0.000000000752271 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1049  NusA antitermination factor  40.15 
 
 		 538 aa  268  2e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3928  transcription elongation factor NusA  41.23 
 
 		 534 aa  266  5.999999999999999e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0397  transcription elongation factor NusA  38.15 
 
 		 514 aa  265  1e-69  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00167375  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2297  NusA antitermination factor  38.37 
 
 		 532 aa  264  3e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358902 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0166  transcription elongation factor NusA  38.3 
 
 		 538 aa  264  3e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1441  NusA antitermination factor  42.98 
 
 		 380 aa  263  4e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0429547  normal  0.129125 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2515  transcription elongation factor NusA  40.92 
 
 		 443 aa  263  4.999999999999999e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3161  transcription elongation factor NusA  38.73 
 
 		 429 aa  263  4.999999999999999e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00111335  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1047  NusA antitermination factor  40.88 
 
 		 362 aa  263  6e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000154988  unclonable  0.0000000137146 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0497  transcription elongation factor NusA  37.84 
 
 		 440 aa  262  8.999999999999999e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1586  transcription elongation factor NusA  39.65 
 
 		 385 aa  261  1e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00876176  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1648  transcription elongation factor NusA  40.12 
 
 		 346 aa  261  1e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000247005  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1475  transcription termination factor NusA  40.57 
 
 		 393 aa  261  1e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.0000477736  unclonable  0.00000325116 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2431  transcription elongation factor NusA  40.69 
 
 		 428 aa  260  3e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.786529  normal  0.585225 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1667  transcription elongation factor NusA  41.41 
 
 		 385 aa  258  1e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1960  transcription elongation factor NusA  41.57 
 
 		 384 aa  258  1e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0055359  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0735  transcription elongation factor NusA  41.57 
 
 		 344 aa  257  2e-67  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000302084  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4616  NusA antitermination factor  40.15 
 
 		 536 aa  256  4e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0831604  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0055  transcription elongation factor NusA  37.79 
 
 		 537 aa  256  5e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3779  transcription elongation factor NusA  38.24 
 
 		 516 aa  256  7e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530973  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2821  NusA antitermination factor  38.73 
 
 		 560 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.143768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0295  transcription elongation factor NusA  37.56 
 
 		 531 aa  254  2.0000000000000002e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0917388  normal  0.0106159 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0442  transcription elongation factor NusA  37.62 
 
 		 537 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0478  transcription elongation factor NusA  37.56 
 
 		 541 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.779193  normal  0.288054 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0961  transcription elongation factor NusA  40.79 
 
 		 401 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.462921  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2755  transcription elongation factor NusA  37.71 
 
 		 534 aa  253  3e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0382786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0029  transcription elongation factor NusA  37.47 
 
 		 536 aa  253  3e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2613  NusA antitermination factor  41.81 
 
 		 544 aa  254  3e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109477  normal  0.215578 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1252  transcription elongation factor NusA  36.87 
 
 		 537 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07820  NusA antitermination factor  41.29 
 
 		 377 aa  253  5.000000000000001e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2044  transcription elongation factor NusA  38.29 
 
 		 383 aa  252  8.000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0022  transcription elongation factor NusA  37.18 
 
 		 538 aa  252  8.000000000000001e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0361846 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1163  transcription elongation factor NusA  37.71 
 
 		 535 aa  252  8.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.605286  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2824  transcription elongation factor NusA  37.71 
 
 		 535 aa  252  8.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2925  NusA antitermination factor  38.26 
 
 		 545 aa  252  1e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  0.0501763 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0724  NusA antitermination factor  39.77 
 
 		 495 aa  252  1e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.188433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2699  transcription termination factor NusA  38.26 
 
 		 545 aa  252  1e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.311383  normal  0.577361 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2121  transcription elongation factor NusA  40.62 
 
 		 506 aa  251  2e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.274581  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1152  transcription elongation factor NusA  38.55 
 
 		 382 aa  251  2e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162475  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1865  transcription elongation factor NusA  37.72 
 
 		 495 aa  251  2e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.253606  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3191  transcription elongation factor NusA  40.41 
 
 		 381 aa  251  2e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000141994  normal  0.115207 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0454  NusA antitermination factor  40.38 
 
 		 382 aa  250  3e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3729  NusA antitermination factor  38.12 
 
 		 545 aa  250  3e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0217708 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1601  transcription elongation factor NusA  35.38 
 
 		 503 aa  248  1e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.468238  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1553  transcription elongation factor NusA  39.71 
 
 		 406 aa  248  1e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.02973e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0390  transcription termination factor NusA  36.95 
 
 		 493 aa  247  2e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0598  transcription elongation factor NusA  37.68 
 
 		 539 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3041  transcription elongation factor NusA  39.47 
 
 		 572 aa  248  2e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0554  NusA antitermination factor  36.95 
 
 		 493 aa  247  2e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557873  normal  0.218927 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0957  NusA antitermination factor  42.3 
 
 		 431 aa  247  4e-64  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0562  transcription elongation factor NusA  35.38 
 
 		 503 aa  246  4e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0223  transcription elongation factor NusA  41 
 
 		 506 aa  247  4e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0233  transcription elongation factor NusA  36.47 
 
 		 540 aa  246  6e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.157572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42830  transcription elongation factor NusA  39.7 
 
 		 493 aa  246  6e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1949  transcription elongation factor NusA  37.74 
 
 		 498 aa  246  6e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.0311483 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0923  transcription elongation factor NusA  39.24 
 
 		 359 aa  246  6.999999999999999e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000194155  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1412  transcription elongation factor NusA  40.18 
 
 		 344 aa  245  8e-64  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00000474551  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3609  transcription elongation factor NusA  35.86 
 
 		 493 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1206  NusA antitermination factor  40.66 
 
 		 360 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000876177  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1002  transcription elongation factor NusA  37.79 
 
 		 501 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1160  NusA antitermination factor  37.44 
 
 		 557 aa  241  1e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1100  NusA antitermination factor  37.44 
 
 		 557 aa  241  1e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>