More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3500 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  100 
 
 		 358 aa  709    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  79.89 
 
 		 358 aa  561  1.0000000000000001e-159  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  81.56 
 
 		 358 aa  551  1e-156  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  46.15 
 
 		 381 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  40.41 
 
 		 346 aa  241  2e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  39.88 
 
 		 349 aa  236  5.0000000000000005e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  39.36 
 
 		 348 aa  236  6e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  44.48 
 
 		 373 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  40.99 
 
 		 357 aa  228  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  42.63 
 
 		 349 aa  227  2e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  40.7 
 
 		 357 aa  224  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  39.53 
 
 		 345 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  38.64 
 
 		 345 aa  219  7e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 356 aa  216  5.9999999999999996e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  35.5 
 
 		 350 aa  212  1e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  35.21 
 
 		 350 aa  211  2e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  38.66 
 
 		 357 aa  211  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  35.21 
 
 		 350 aa  210  3e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  40.5 
 
 		 357 aa  209  7e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.68 
 
 		 357 aa  207  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  38.08 
 
 		 357 aa  204  3e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  38.6 
 
 		 355 aa  203  4e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  40.13 
 
 		 357 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3011  inner-membrane translocator  39.89 
 
 		 370 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152809  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  37.79 
 
 		 357 aa  199  7e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  36.81 
 
 		 352 aa  199  9e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.58 
 
 		 325 aa  197  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  39.42 
 
 		 321 aa  195  1e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  40.52 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  42.18 
 
 		 336 aa  192  5e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  42.18 
 
 		 340 aa  193  5e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  38.97 
 
 		 358 aa  192  7e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  36.81 
 
 		 352 aa  192  1e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  42.25 
 
 		 330 aa  188  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  36.23 
 
 		 352 aa  188  1e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  38.33 
 
 		 357 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  37.07 
 
 		 358 aa  186  7e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  38.53 
 
 		 358 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0351  inner-membrane translocator  39.18 
 
 		 345 aa  184  3e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0132915  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 358 aa  181  1e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  37.21 
 
 		 415 aa  181  1e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 358 aa  181  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  37.71 
 
 		 357 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  38.29 
 
 		 357 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1741  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 336 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0493356  normal  0.156459 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3055  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 324 aa  180  4e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  33.24 
 
 		 357 aa  179  4.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  38.74 
 
 		 407 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  38.01 
 
 		 341 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3558  inner-membrane translocator  41.73 
 
 		 336 aa  179  9e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.288511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4243  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 339 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  36.25 
 
 		 562 aa  176  6e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 335 aa  176  7e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1386  inner-membrane translocator  39 
 
 		 312 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  40.92 
 
 		 317 aa  175  9.999999999999999e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7079  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  40.07 
 
 		 338 aa  174  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.867419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  34.88 
 
 		 354 aa  175  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  38.21 
 
 		 593 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 357 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  36.12 
 
 		 356 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  36.62 
 
 		 360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  36.72 
 
 		 356 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  37.08 
 
 		 950 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  38.21 
 
 		 593 aa  173  5e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.88 
 
 		 339 aa  172  7.999999999999999e-42  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 571 aa  172  7.999999999999999e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  37.58 
 
 		 358 aa  172  1e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  37.32 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  39.41 
 
 		 326 aa  170  3e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1836  ABC transporter related  39.26 
 
 		 648 aa  169  5e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0483035  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  37.79 
 
 		 332 aa  169  6e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 324 aa  169  8e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  39.02 
 
 		 646 aa  169  9e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  36.81 
 
 		 606 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 360 aa  168  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 328 aa  168  1e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3362  inner-membrane translocator  31.9 
 
 		 358 aa  167  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  37.84 
 
 		 337 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4551  inner-membrane translocator  39.18 
 
 		 314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  36.72 
 
 		 299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  36.61 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.41 
 
 		 307 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0678  inner-membrane translocator  41.34 
 
 		 314 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.297461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  39.2 
 
 		 646 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1004  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 333 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  38.38 
 
 		 328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5009  inner-membrane translocator  35.19 
 
 		 354 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0448  inner-membrane translocator  42.31 
 
 		 324 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  39.14 
 
 		 354 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43520  amino acid ABC transporter-like protein  38.58 
 
 		 355 aa  165  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00847282  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  37.25 
 
 		 321 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3835  ABC transporter related  38.18 
 
 		 830 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2083  inner-membrane translocator ABC transporter  39.02 
 
 		 832 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27241 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  37.4 
 
 		 643 aa  163  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4795  inner-membrane translocator  40.7 
 
 		 319 aa  163  4.0000000000000004e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341671  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  37.15 
 
 		 300 aa  163  5.0000000000000005e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0989  ABC transporter-related protein  33.13 
 
 		 593 aa  162  6e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 317 aa  162  6e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  37.09 
 
 		 293 aa  162  6e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  33.61 
 
 		 368 aa  161  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>