More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0874 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0874  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 226 aa  463  9.999999999999999e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.366821  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3515  GntR family transcriptional regulator  83.1 
 
 		 226 aa  374  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.715745  normal  0.6161 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2173  hypothetical protein  77.36 
 
 		 222 aa  353  7.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0421026  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2447  GntR family transcriptional regulator  79.15 
 
 		 222 aa  348  4e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5735  GntR family transcriptional regulator  68.06 
 
 		 224 aa  315  5e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.419462 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3295  transcriptional regulator, GntR family  65.22 
 
 		 232 aa  283  2.0000000000000002e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5027  transcriptional regulator, GntR family  58.48 
 
 		 224 aa  270  9e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0495  transcriptional regulator GntR  59.62 
 
 		 249 aa  261  4e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5376  transcriptional regulator, GntR family  58.45 
 
 		 221 aa  261  6e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0423654  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5853  transcriptional regulator GntR family  62.25 
 
 		 221 aa  250  2e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.110749  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0318  GntR family transcriptional regulator  57 
 
 		 218 aa  234  8e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3518  transcriptional regulator, GntR family  50.51 
 
 		 219 aa  192  3e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0537  transcriptional regulator, GntR family  53.73 
 
 		 245 aa  188  5.999999999999999e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0745569  normal  0.0258493 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2681  transcriptional regulator, GntR family  46.31 
 
 		 231 aa  171  5.999999999999999e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6997  transcriptional regulator, GntR family  44.16 
 
 		 232 aa  160  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3560  transcriptional regulator, GntR family  40.78 
 
 		 236 aa  152  4e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.798269  normal  0.770006 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4799  transcriptional regulator, GntR family  43.72 
 
 		 233 aa  148  7e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.197176 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0048  GntR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 194 aa  144  1e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4225  transcriptional regulator, GntR family  40.3 
 
 		 215 aa  140  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.625874  normal  0.700845 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6353  transcriptional regulator, GntR family  37.62 
 
 		 232 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00430  transcriptional regulator  37.74 
 
 		 227 aa  131  6.999999999999999e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.298541 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0092  GntR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 236 aa  126  3e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0178  transcriptional regulator, GntR family  40.1 
 
 		 225 aa  118  9e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3314  transcriptional regulator, GntR family  34.8 
 
 		 236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19230  transcriptional regulator  35.12 
 
 		 235 aa  113  3e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2798  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 216 aa  107  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3986  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 224 aa  107  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.963053  normal  0.126753 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4450  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 224 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4086  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 224 aa  105  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.297751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6333  transcriptional regulator, GntR family  31.82 
 
 		 245 aa  97.8  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5069  GntR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 247 aa  94  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.046054  normal  0.249885 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  30.39 
 
 		 218 aa  91.7  9e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1313  regulatory protein GntR, HTH  32.7 
 
 		 227 aa  84  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.568761  hitchhiker  0.00841206 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 239 aa  82.8  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 217 aa  82.8  0.000000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 267 aa  79.7  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3051  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 231 aa  79.3  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.487001  normal  0.14634 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  28.82 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  36.25 
 
 		 223 aa  79  0.00000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 223 aa  79  0.00000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 229 aa  77  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 265 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5625  transcriptional regulator, GntR family  37.18 
 
 		 240 aa  77.4  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.489538  decreased coverage  0.00304331 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  31.74 
 
 		 233 aa  76.6  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 235 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0665  transcriptional regulator, GntR family  32.69 
 
 		 249 aa  76.6  0.0000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0305272 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  32.31 
 
 		 229 aa  76.3  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  34.3 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  33.78 
 
 		 244 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4083  GntR domain protein  33.95 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 223 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 222 aa  75.1  0.0000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  27.31 
 
 		 238 aa  75.1  0.0000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 235 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2392  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1511  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 232 aa  74.3  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1282  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.932176  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2435  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.303116  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2536  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.184129  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3141  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 229 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.167888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  74.7  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2010  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4995  GntR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 254 aa  74.7  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3300  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  29.17 
 
 		 227 aa  74.7  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  74.3  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0551  transcriptional regulator, GntR family  34.81 
 
 		 219 aa  74.3  0.000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 242 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 242 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 222 aa  73.9  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 229 aa  73.9  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2145  transcriptional regulator, GntR family  30.82 
 
 		 254 aa  73.9  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1979  transcriptional regulator, GntR family  28.86 
 
 		 220 aa  73.6  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.053401  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  32.79 
 
 		 225 aa  73.2  0.000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4143  GntR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 230 aa  73.6  0.000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 243 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 230 aa  72.4  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 241 aa  72  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0568  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 396 aa  72.4  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 233 aa  72  0.000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 223 aa  72  0.000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 233 aa  71.6  0.000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2458  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 235 aa  71.6  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 231 aa  71.6  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 233 aa  72  0.000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1713  transcriptional regulator, GntR family  30.5 
 
 		 219 aa  71.6  0.000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.725183  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 242 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 241 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2064  GntR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 231 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2531  GntR family transcriptional regulator  27 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  32.03 
 
 		 231 aa  70.9  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2569  GntR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 227 aa  71.2  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 223 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3144  GntR family transcriptional regulator  27 
 
 		 242 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 226 aa  71.2  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>