More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_4025 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  100 
 
 
221 aa  451  1e-126  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  7.17748e-06 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1184  ribosomal protein L4/L1e  93.87 
 
 
223 aa  412  1e-114  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3023  ribosomal protein L4/L1e  70.81 
 
 
222 aa  300  1e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.443321  normal  0.0189884 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  64.42 
 
 
209 aa  280  1e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  52.74 
 
 
207 aa  216  2e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  1.23482e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  52.24 
 
 
207 aa  214  6e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  52.91 
 
 
223 aa  214  9e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  49.49 
 
 
206 aa  202  3e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  6.85593e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0452  50S ribosomal protein L4  48.99 
 
 
210 aa  201  9e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000515236  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_418  ribosomal protein L4  48.48 
 
 
210 aa  200  1e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00538527  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  48.26 
 
 
207 aa  199  2e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  48.26 
 
 
207 aa  199  2e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  2.56275e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  48.26 
 
 
207 aa  199  2e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.36863e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  48.26 
 
 
207 aa  199  2e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  6.90155e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  48.26 
 
 
207 aa  199  2e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  9.00585e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  48.26 
 
 
207 aa  199  2e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  8.34057e-10  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  48.26 
 
 
207 aa  199  2e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  5.72324e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  48.26 
 
 
207 aa  200  2e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  5.44936e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  48.26 
 
 
207 aa  199  2e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  1.63463e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  48.26 
 
 
207 aa  199  2e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  49.23 
 
 
207 aa  199  2e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  1.04823e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0475  50S ribosomal protein L4  48.48 
 
 
210 aa  199  3e-50  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00700158  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  48.73 
 
 
207 aa  192  2e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.03712e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  50.52 
 
 
206 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  3.20704e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  48.02 
 
 
206 aa  186  3e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  48.4 
 
 
207 aa  185  4e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  1.34967e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  48.4 
 
 
207 aa  185  4e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  9.811e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  48.76 
 
 
207 aa  185  5e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  46.15 
 
 
205 aa  184  9e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  4.72593e-05  unclonable  1.97161e-28 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  47.42 
 
 
207 aa  183  1e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  8.47375e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  42.08 
 
 
207 aa  183  2e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  47.34 
 
 
207 aa  183  2e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  47.18 
 
 
208 aa  181  5e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  5.99505e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  47.12 
 
 
221 aa  181  6e-45  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  1.11144e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  48.72 
 
 
206 aa  181  7e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  2.54915e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  45.13 
 
 
207 aa  180  2e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  5.66858e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  43.81 
 
 
207 aa  179  2e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  9.84788e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  44.95 
 
 
207 aa  177  9e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  46.94 
 
 
207 aa  177  1e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  45.13 
 
 
206 aa  176  3e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  3.05367e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  45.88 
 
 
207 aa  174  7e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  4.75036e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  40.82 
 
 
207 aa  172  4e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  3.35339e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  43.59 
 
 
208 aa  172  5e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  3.18286e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0982  ribosomal protein L4/L1e  41.87 
 
 
209 aa  171  6e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.532922  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03990  LSU ribosomal protein L4P  48.73 
 
 
228 aa  170  1e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1137  50S ribosomal protein L4  42.99 
 
 
223 aa  169  3e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  8.24266e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  42.29 
 
 
207 aa  169  4e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  45.64 
 
 
208 aa  169  4e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  8.79055e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  41.54 
 
 
208 aa  167  2e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  3.6372e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  44.74 
 
 
207 aa  166  2e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  1.46284e-08 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1124  ribosomal protein L4/L1e  44.16 
 
 
248 aa  166  2e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  47.94 
 
 
209 aa  166  3e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0695  50S ribosomal protein L4  42.03 
 
 
208 aa  166  4e-40  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10010  LSU ribosomal protein L4P  46.6 
 
 
207 aa  165  4e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  4.5126e-06  hitchhiker  1.48432e-09 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  45.64 
 
 
207 aa  164  9e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  4.03747e-05  hitchhiker  2.67396e-11 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17150  LSU ribosomal protein L4P  50.54 
 
 
211 aa  164  1e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0709  50S ribosomal protein L4  39.3 
 
 
205 aa  164  1e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0382078  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0932  ribosomal protein L4/L1e  43.54 
 
 
217 aa  163  2e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106023  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  43.08 
 
 
204 aa  162  3e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1293  50S ribosomal protein L4  44.91 
 
 
235 aa  162  3e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  8.03665e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1393  50S ribosomal protein L4  44.91 
 
 
235 aa  162  3e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000162338  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0563  50S ribosomal protein L4/L1e  43.37 
 
 
216 aa  162  5e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  43.3 
 
 
207 aa  161  6e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl124  50S ribosomal protein L4  41.46 
 
 
208 aa  161  7e-39  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  6.04234e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  42.56 
 
 
204 aa  160  1e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0789  50S ribosomal protein L4  39.71 
 
 
221 aa  160  1e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1148  50S ribosomal protein L4  41.63 
 
 
209 aa  160  2e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  6.71055e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  42.5 
 
 
214 aa  160  2e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0290  ribosomal protein L4/L1e  40.39 
 
 
208 aa  159  3e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00437959  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2856  50S ribosomal protein L4  41.29 
 
 
207 aa  159  5e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.400345  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  43.65 
 
 
207 aa  158  6e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2658  ribosomal protein L4/L1e  40.54 
 
 
228 aa  157  8e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0628  ribosomal protein L4/L1e  41.74 
 
 
232 aa  157  9e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2645  50S ribosomal protein L4  39.63 
 
 
222 aa  157  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.264538  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10716  50S ribosomal protein L4  46.77 
 
 
223 aa  156  3e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.311364 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  41.24 
 
 
207 aa  156  3e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  7.91532e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29730  LSU ribosomal protein L4P  42.5 
 
 
234 aa  155  4e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.379343 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0603  ribosomal protein L4/L1e  42.23 
 
 
209 aa  155  5e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1041  50S ribosomal protein L4  42.52 
 
 
219 aa  154  9e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1014  50S ribosomal protein L4  42.52 
 
 
219 aa  154  9e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1031  50S ribosomal protein L4  42.52 
 
 
219 aa  154  9e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.658773 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3434  ribosomal protein L4/L1e  43.68 
 
 
217 aa  154  9e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0307  50S ribosomal protein L4P  46.52 
 
 
220 aa  154  1e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00224676 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3447  50S ribosomal protein L4  39.2 
 
 
206 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.628566 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3142  ribosomal protein L4/L1e  40.7 
 
 
221 aa  153  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.083105  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5125  ribosomal protein L4/L1e  42.93 
 
 
223 aa  153  2e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4506  ribosomal protein L4/L1e  44.85 
 
 
292 aa  153  2e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17391  50S ribosomal protein L4  44.62 
 
 
210 aa  153  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17641  50S ribosomal protein L4  44.62 
 
 
210 aa  153  2e-36  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17481  50S ribosomal protein L4  44.62 
 
 
210 aa  153  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.533381  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4320  ribosomal protein L4/L1e  44.86 
 
 
204 aa  153  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20860  LSU ribosomal protein L4P  43.88 
 
 
223 aa  153  2e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.699759  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1649  50S ribosomal protein L4  44.79 
 
 
210 aa  153  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6048  50S ribosomal protein L4  42.23 
 
 
247 aa  152  3e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.239817 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2974  50S ribosomal protein L4P  45.25 
 
 
205 aa  152  4e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.601617  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1160  ribosomal protein L4/L1e  44.28 
 
 
208 aa  152  4e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  7.38717e-07  hitchhiker  5.90673e-07 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5069  50S ribosomal protein L4  38.81 
 
 
206 aa  152  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.312873  normal  0.444752 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4344  50S ribosomal protein L4  39.71 
 
 
209 aa  151  6e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000409516  normal  0.126717 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0689  ribosomal protein L4/L1e  42.99 
 
 
234 aa  151  6e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.443511 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0396  50S ribosomal protein L4  38.76 
 
 
209 aa  151  7e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>