More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3434 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_3434  ribosomal protein L4/L1e  100 
 
 		 217 aa  442  1e-123  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1014  50S ribosomal protein L4  72.43 
 
 		 219 aa  316  2e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1041  50S ribosomal protein L4  72.43 
 
 		 219 aa  316  2e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1031  50S ribosomal protein L4  72.43 
 
 		 219 aa  316  2e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.658773 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5048  50S ribosomal protein L4  71.03 
 
 		 218 aa  315  3e-85  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.5122  normal  0.277146 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10716  50S ribosomal protein L4  71.09 
 
 		 223 aa  310  2e-83  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.311364 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1306  50S ribosomal protein L4  69.81 
 
 		 219 aa  310  2e-83  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.265076  normal  0.163333 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3757  ribosomal protein L4/L1e  76.33 
 
 		 221 aa  308  5e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.221063  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0689  ribosomal protein L4/L1e  64.95 
 
 		 234 aa  282  3.0000000000000004e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.443511 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3142  ribosomal protein L4/L1e  66.99 
 
 		 221 aa  280  1e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.083105  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03990  LSU ribosomal protein L4P  63.38 
 
 		 228 aa  273  2.0000000000000002e-72  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3922  ribosomal protein L4/L1e  63.81 
 
 		 216 aa  269  2e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20860  LSU ribosomal protein L4P  63.29 
 
 		 223 aa  269  2e-71  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.699759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0628  ribosomal protein L4/L1e  63.13 
 
 		 232 aa  269  2e-71  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4314  ribosomal protein L4/L1e  63.81 
 
 		 216 aa  268  7e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0116181 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2658  ribosomal protein L4/L1e  62.62 
 
 		 228 aa  265  2.9999999999999995e-70  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29730  LSU ribosomal protein L4P  64.71 
 
 		 234 aa  262  3e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.379343 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4506  ribosomal protein L4/L1e  60.77 
 
 		 292 aa  261  6e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6613  ribosomal protein L4/L1e  63.85 
 
 		 231 aa  260  8.999999999999999e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0583  50S ribosomal protein L4  61.58 
 
 		 245 aa  256  1e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4320  ribosomal protein L4/L1e  63.73 
 
 		 204 aa  256  2e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6048  50S ribosomal protein L4  61.35 
 
 		 247 aa  255  3e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.239817 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2974  50S ribosomal protein L4P  63.78 
 
 		 205 aa  255  3e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.601617  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23800  50S ribosomal protein L4  62.09 
 
 		 312 aa  250  1e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2686  ribosomal protein L4/L1e  62.94 
 
 		 206 aa  249  2e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.751145 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17150  LSU ribosomal protein L4P  61.5 
 
 		 211 aa  249  3e-65  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0563  50S ribosomal protein L4/L1e  59.62 
 
 		 216 aa  248  6e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0307  50S ribosomal protein L4P  60.68 
 
 		 220 aa  248  6e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00224676 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0932  ribosomal protein L4/L1e  61.5 
 
 		 217 aa  247  1e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1124  ribosomal protein L4/L1e  60.4 
 
 		 248 aa  244  6e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2645  50S ribosomal protein L4  59.62 
 
 		 222 aa  243  9.999999999999999e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.264538  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5125  ribosomal protein L4/L1e  59.61 
 
 		 223 aa  242  3e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3904  50S ribosomal protein L4P  66.49 
 
 		 259 aa  242  3e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1087  50S ribosomal protein L4  57.75 
 
 		 215 aa  241  7e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.10489 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1186  50S ribosomal protein L4/L1e  62.93 
 
 		 217 aa  238  4e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.107255 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1708  50S ribosomal protein L4  54.55 
 
 		 218 aa  226  2e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00274066  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0588  ribosomal protein L4/L1e  56.76 
 
 		 228 aa  218  3.9999999999999997e-56  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.290054  normal  0.451966 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0256  ribosomal protein L4/L1 family protein  52.75 
 
 		 221 aa  212  3.9999999999999995e-54  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  46.27 
 
 		 206 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000685593  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0399  ribosomal protein L4/L1e  50.75 
 
 		 214 aa  178  4e-44  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  46.6 
 
 		 208 aa  177  2e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000599505  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  45.81 
 
 		 223 aa  175  4e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  46.46 
 
 		 207 aa  172  5e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000403747  hitchhiker  0.0000000000267396 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  44.44 
 
 		 207 aa  172  5e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  0.0000000146284 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  47.94 
 
 		 209 aa  171  7.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  44.5 
 
 		 207 aa  169  2e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  45.96 
 
 		 207 aa  169  3e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  45.55 
 
 		 207 aa  167  8e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  44.55 
 
 		 207 aa  167  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  44.55 
 
 		 207 aa  167  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  44.55 
 
 		 207 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  44.55 
 
 		 207 aa  167  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  44.55 
 
 		 207 aa  167  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  44.55 
 
 		 207 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  44.55 
 
 		 207 aa  167  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  44.55 
 
 		 207 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  44.55 
 
 		 207 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  42.86 
 
 		 214 aa  166  2e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  44.55 
 
 		 207 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  43.78 
 
 		 206 aa  166  2e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  42.79 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  42.79 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  42.92 
 
 		 207 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  44.5 
 
 		 207 aa  163  2.0000000000000002e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  46.46 
 
 		 206 aa  163  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  44.74 
 
 		 207 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  43.56 
 
 		 207 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10010  LSU ribosomal protein L4P  45.45 
 
 		 207 aa  161  6e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000045126  hitchhiker  0.00000000148432 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2064  50S ribosomal protein L4  46.24 
 
 		 206 aa  160  1e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000384651  normal  0.231159 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3994  ribosomal protein L4/L1e  42.23 
 
 		 212 aa  160  1e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  44.83 
 
 		 207 aa  160  2e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000335339  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  42.86 
 
 		 207 aa  159  3e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  43.68 
 
 		 207 aa  159  4e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  41.54 
 
 		 208 aa  158  5e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000318286  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1160  ribosomal protein L4/L1e  43.6 
 
 		 208 aa  158  8e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000738717  hitchhiker  0.000000590673 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  41.92 
 
 		 207 aa  157  9e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000984788  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  43.35 
 
 		 207 aa  156  2e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4004  ribosomal protein L4/L1e  44.1 
 
 		 215 aa  156  3e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.070535  normal  0.716068 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  43.3 
 
 		 206 aa  156  3e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  44.09 
 
 		 207 aa  156  3e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000847375  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  43.68 
 
 		 221 aa  154  9e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000717748 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1912  50S ribosomal protein L4  43.9 
 
 		 206 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.224726 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  42.63 
 
 		 207 aa  153  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1184  ribosomal protein L4/L1e  43.16 
 
 		 223 aa  152  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  42.72 
 
 		 221 aa  152  4e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000111144  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  42.27 
 
 		 204 aa  152  4e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  41.87 
 
 		 206 aa  152  5e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  42.27 
 
 		 204 aa  152  5e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  40.5 
 
 		 207 aa  151  7e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000791532  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  41.36 
 
 		 207 aa  151  7e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  40.1 
 
 		 207 aa  151  8e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000566858  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3023  ribosomal protein L4/L1e  42.05 
 
 		 222 aa  151  8e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.443321  normal  0.0189884 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2019  50S ribosomal protein L4  42.44 
 
 		 206 aa  150  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  37.56 
 
 		 208 aa  150  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  40.1 
 
 		 208 aa  149  5e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000036372  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2422  50S ribosomal protein L4  41.03 
 
 		 208 aa  148  5e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00578828  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  40.4 
 
 		 205 aa  147  8e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000472593  unclonable  1.9716100000000001e-28 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  43.16 
 
 		 209 aa  147  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1945  50S ribosomal protein L4  42.44 
 
 		 206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1934  50S ribosomal protein L4  42.44 
 
 		 206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>