More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_5125 on replicon NC_014211
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014211  Ndas_5125  ribosomal protein L4/L1e  100 
 
 
223 aa  453  1.0000000000000001e-126  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2645  50S ribosomal protein L4  80.27 
 
 
222 aa  370  1e-102  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.264538  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4506  ribosomal protein L4/L1e  64.98 
 
 
292 aa  281  7.000000000000001e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0563  50S ribosomal protein L4/L1e  64.93 
 
 
216 aa  278  4e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4320  ribosomal protein L4/L1e  69.04 
 
 
204 aa  278  4e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6048  50S ribosomal protein L4  66.67 
 
 
247 aa  277  8e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.239817 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0583  50S ribosomal protein L4  67.16 
 
 
245 aa  275  4e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3142  ribosomal protein L4/L1e  66.35 
 
 
221 aa  271  8.000000000000001e-72  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.083105  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03990  LSU ribosomal protein L4P  62.79 
 
 
228 aa  270  2e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2658  ribosomal protein L4/L1e  62.39 
 
 
228 aa  266  2e-70  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0307  50S ribosomal protein L4P  65.42 
 
 
220 aa  266  2e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00224676 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1014  50S ribosomal protein L4  67.18 
 
 
219 aa  265  4e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1041  50S ribosomal protein L4  67.18 
 
 
219 aa  265  4e-70  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1031  50S ribosomal protein L4  67.18 
 
 
219 aa  265  4e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.658773 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0689  ribosomal protein L4/L1e  60.91 
 
 
234 aa  265  5e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.443511 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0628  ribosomal protein L4/L1e  62.84 
 
 
232 aa  265  5e-70  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4314  ribosomal protein L4/L1e  62.62 
 
 
216 aa  265  5.999999999999999e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0116181 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20860  LSU ribosomal protein L4P  62.96 
 
 
223 aa  264  1e-69  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.699759  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3922  ribosomal protein L4/L1e  64.08 
 
 
216 aa  262  3e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29730  LSU ribosomal protein L4P  64.71 
 
 
234 aa  259  3e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.379343 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1087  50S ribosomal protein L4  61.21 
 
 
215 aa  259  3e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.10489 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1124  ribosomal protein L4/L1e  62.14 
 
 
248 aa  258  7e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0932  ribosomal protein L4/L1e  65.13 
 
 
217 aa  251  8.000000000000001e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106023  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10716  50S ribosomal protein L4  60 
 
 
223 aa  250  9.000000000000001e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.311364 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2686  ribosomal protein L4/L1e  61.95 
 
 
206 aa  248  6e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.751145 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23800  50S ribosomal protein L4  62.14 
 
 
312 aa  248  6e-65  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6613  ribosomal protein L4/L1e  59.21 
 
 
231 aa  247  1e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2974  50S ribosomal protein L4P  61.46 
 
 
205 aa  246  1e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.601617  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1306  50S ribosomal protein L4  59.02 
 
 
219 aa  246  2e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.265076  normal  0.163333 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3434  ribosomal protein L4/L1e  58.49 
 
 
217 aa  246  2e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5048  50S ribosomal protein L4  59.71 
 
 
218 aa  244  9.999999999999999e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.5122  normal  0.277146 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3904  50S ribosomal protein L4P  62.25 
 
 
259 aa  239  2.9999999999999997e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17150  LSU ribosomal protein L4P  61.81 
 
 
211 aa  238  6.999999999999999e-62  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3757  ribosomal protein L4/L1e  61.27 
 
 
221 aa  235  4e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.221063  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1186  50S ribosomal protein L4/L1e  59.81 
 
 
217 aa  234  6e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.107255 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0588  ribosomal protein L4/L1e  58.74 
 
 
228 aa  226  1e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.290054  normal  0.451966 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1708  50S ribosomal protein L4  56.46 
 
 
218 aa  224  8e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00274066  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0256  ribosomal protein L4/L1 family protein  54.07 
 
 
221 aa  215  5e-55  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0399  ribosomal protein L4/L1e  52.88 
 
 
214 aa  185  5e-46  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  45.73 
 
 
206 aa  180  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000685593  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  42.93 
 
 
207 aa  173  1.9999999999999998e-42  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000791532  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  45 
 
 
207 aa  169  4e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  43.94 
 
 
207 aa  167  1e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  0.0000000146284 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  45.45 
 
 
207 aa  167  1e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000403747  hitchhiker  0.0000000000267396 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  43.43 
 
 
208 aa  166  2e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000599505  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  41.5 
 
 
208 aa  165  5.9999999999999996e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000318286  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  44 
 
 
207 aa  165  5.9999999999999996e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  44 
 
 
207 aa  165  5.9999999999999996e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  40.49 
 
 
206 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  42 
 
 
207 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  42 
 
 
207 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  42 
 
 
207 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  42 
 
 
207 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  42 
 
 
207 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  45.45 
 
 
207 aa  163  2.0000000000000002e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  42 
 
 
207 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  42 
 
 
207 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  42 
 
 
207 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  42 
 
 
207 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  39.7 
 
 
207 aa  162  3e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  43 
 
 
207 aa  161  6e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  41.5 
 
 
207 aa  161  6e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  42.79 
 
 
204 aa  161  6e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  42.79 
 
 
204 aa  162  6e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  45.5 
 
 
206 aa  160  1e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000569503  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1837  ribosomal protein L4/L1e  37.21 
 
 
215 aa  160  2e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00300997  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3704  50S ribosomal protein L4  41.55 
 
 
210 aa  160  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  42.5 
 
 
207 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  41.7 
 
 
223 aa  159  4e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  41.38 
 
 
207 aa  158  6e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4004  ribosomal protein L4/L1e  43 
 
 
215 aa  158  7e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.070535  normal  0.716068 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  42.52 
 
 
221 aa  157  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000717748 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  42.71 
 
 
206 aa  157  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  43.72 
 
 
206 aa  157  1e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  43.41 
 
 
206 aa  156  3e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2422  50S ribosomal protein L4  43.88 
 
 
208 aa  155  6e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00578828  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1341  ribosomal protein L4/L1e  42.42 
 
 
210 aa  154  7e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  40 
 
 
207 aa  154  1e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  41.92 
 
 
207 aa  154  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2064  50S ribosomal protein L4  38.86 
 
 
206 aa  153  2e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000384651  normal  0.231159 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  42.36 
 
 
207 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10010  LSU ribosomal protein L4P  44.44 
 
 
207 aa  152  4e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000045126  hitchhiker  0.00000000148432 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  41.38 
 
 
207 aa  151  8.999999999999999e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2323  ribosomal protein L4/L1e  42.86 
 
 
206 aa  150  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0012561  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1850  50S ribosomal protein L4  43.08 
 
 
208 aa  150  2e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.264817  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1160  ribosomal protein L4/L1e  43.01 
 
 
208 aa  150  2e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000738717  hitchhiker  0.000000590673 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1137  50S ribosomal protein L4  41.31 
 
 
223 aa  149  2e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000824266  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  38.46 
 
 
214 aa  149  3e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2228  50S ribosomal protein L4  43.22 
 
 
208 aa  149  3e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169782  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  38.24 
 
 
208 aa  149  4e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1184  ribosomal protein L4/L1e  42.49 
 
 
223 aa  149  4e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  40.7 
 
 
209 aa  148  5e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0181  50S ribosomal protein L4  41.84 
 
 
208 aa  148  7e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000196789  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2856  50S ribosomal protein L4  39 
 
 
207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.400345  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1912  50S ribosomal protein L4  44.44 
 
 
206 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.224726 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  38.19 
 
 
207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000566858  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1347  50S ribosomal protein L4  41.71 
 
 
206 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  41.21 
 
 
209 aa  146  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2063  50S ribosomal protein L4  43.72 
 
 
208 aa  146  2.0000000000000003e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000340203  normal  0.385687 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2560  50S ribosomal protein L4/L1e  38.73 
 
 
210 aa  146  3e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0559575  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>