More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0583 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0583  50S ribosomal protein L4  100 
 
 		 245 aa  487  1e-137  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6048  50S ribosomal protein L4  82.33 
 
 		 247 aa  374  1e-103  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.239817 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2658  ribosomal protein L4/L1e  68.47 
 
 		 228 aa  298  7e-80  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0563  50S ribosomal protein L4/L1e  70.1 
 
 		 216 aa  295  5e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4506  ribosomal protein L4/L1e  70.87 
 
 		 292 aa  292  4e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0628  ribosomal protein L4/L1e  68.58 
 
 		 232 aa  289  3e-77  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4320  ribosomal protein L4/L1e  72.54 
 
 		 204 aa  289  3e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3922  ribosomal protein L4/L1e  69.31 
 
 		 216 aa  288  4e-77  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4314  ribosomal protein L4/L1e  69.8 
 
 		 216 aa  288  4e-77  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0116181 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1087  50S ribosomal protein L4  69.61 
 
 		 215 aa  288  5.0000000000000004e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.10489 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03990  LSU ribosomal protein L4P  71.43 
 
 		 228 aa  286  2e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0307  50S ribosomal protein L4P  74.09 
 
 		 220 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00224676 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29730  LSU ribosomal protein L4P  66.52 
 
 		 234 aa  286  2.9999999999999996e-76  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.379343 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3142  ribosomal protein L4/L1e  70.94 
 
 		 221 aa  283  1.0000000000000001e-75  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.083105  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0932  ribosomal protein L4/L1e  68.9 
 
 		 217 aa  283  2.0000000000000002e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1041  50S ribosomal protein L4  67.65 
 
 		 219 aa  282  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1014  50S ribosomal protein L4  67.65 
 
 		 219 aa  282  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1031  50S ribosomal protein L4  67.65 
 
 		 219 aa  282  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.658773 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1124  ribosomal protein L4/L1e  69.31 
 
 		 248 aa  280  2e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10716  50S ribosomal protein L4  66.83 
 
 		 223 aa  277  1e-73  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.311364 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1306  50S ribosomal protein L4  64.9 
 
 		 219 aa  276  2e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.265076  normal  0.163333 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20860  LSU ribosomal protein L4P  64.62 
 
 		 223 aa  275  7e-73  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.699759  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5125  ribosomal protein L4/L1e  67 
 
 		 223 aa  273  2.0000000000000002e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0689  ribosomal protein L4/L1e  63.56 
 
 		 234 aa  271  9e-72  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.443511 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6613  ribosomal protein L4/L1e  63.04 
 
 		 231 aa  270  1e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5048  50S ribosomal protein L4  62.98 
 
 		 218 aa  268  4e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.5122  normal  0.277146 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2645  50S ribosomal protein L4  64.88 
 
 		 222 aa  265  5e-70  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.264538  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2686  ribosomal protein L4/L1e  67.2 
 
 		 206 aa  264  8.999999999999999e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.751145 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3904  50S ribosomal protein L4P  71.28 
 
 		 259 aa  263  1e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2974  50S ribosomal protein L4P  66.67 
 
 		 205 aa  262  3e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.601617  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17150  LSU ribosomal protein L4P  66.5 
 
 		 211 aa  260  1e-68  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3757  ribosomal protein L4/L1e  64.52 
 
 		 221 aa  259  3e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.221063  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23800  50S ribosomal protein L4  66.99 
 
 		 312 aa  257  1e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3434  ribosomal protein L4/L1e  61.58 
 
 		 217 aa  256  2e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1186  50S ribosomal protein L4/L1e  64.36 
 
 		 217 aa  241  9e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.107255 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0588  ribosomal protein L4/L1e  63.33 
 
 		 228 aa  241  9e-63  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.290054  normal  0.451966 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1708  50S ribosomal protein L4  57.28 
 
 		 218 aa  221  6e-57  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00274066  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0256  ribosomal protein L4/L1 family protein  53.81 
 
 		 221 aa  221  9.999999999999999e-57  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0399  ribosomal protein L4/L1e  54.45 
 
 		 214 aa  184  9e-46  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  47.21 
 
 		 206 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000685593  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  45.96 
 
 		 206 aa  170  2e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  47.47 
 
 		 207 aa  168  6e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000403747  hitchhiker  0.0000000000267396 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  44.16 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  45.03 
 
 		 208 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000599505  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  44.85 
 
 		 207 aa  163  2.0000000000000002e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  0.0000000146284 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  42.65 
 
 		 214 aa  164  2.0000000000000002e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  43.44 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  46.23 
 
 		 207 aa  163  3e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  42.42 
 
 		 208 aa  162  5.0000000000000005e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000318286  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  44.22 
 
 		 206 aa  162  6e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  43.15 
 
 		 207 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  41.62 
 
 		 207 aa  159  4e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  41.12 
 
 		 207 aa  158  9e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  41.12 
 
 		 207 aa  158  9e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  41.12 
 
 		 207 aa  158  9e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  41.12 
 
 		 207 aa  158  9e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  41.12 
 
 		 207 aa  158  9e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  41.12 
 
 		 207 aa  158  9e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  41.12 
 
 		 207 aa  158  9e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  41.12 
 
 		 207 aa  158  9e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  41.12 
 
 		 207 aa  158  9e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  44.74 
 
 		 207 aa  157  1e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  41.62 
 
 		 207 aa  157  2e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  41.62 
 
 		 204 aa  156  3e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  41.62 
 
 		 204 aa  156  3e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  44.21 
 
 		 207 aa  155  7e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  44.21 
 
 		 207 aa  155  7e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  43.92 
 
 		 209 aa  154  1e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  39 
 
 		 207 aa  153  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  43.56 
 
 		 208 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  41.71 
 
 		 206 aa  152  2.9999999999999998e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  40.41 
 
 		 207 aa  152  2.9999999999999998e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000791532  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  44.5 
 
 		 206 aa  151  8e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1160  ribosomal protein L4/L1e  47.43 
 
 		 208 aa  151  8.999999999999999e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000738717  hitchhiker  0.000000590673 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  40.09 
 
 		 221 aa  151  1e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000717748 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1184  ribosomal protein L4/L1e  41.54 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  40.91 
 
 		 207 aa  149  5e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000566858  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10010  LSU ribosomal protein L4P  47.28 
 
 		 207 aa  149  5e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000045126  hitchhiker  0.00000000148432 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  45.45 
 
 		 207 aa  148  7e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  43.43 
 
 		 209 aa  148  7e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  40.1 
 
 		 207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  39.2 
 
 		 207 aa  147  2.0000000000000003e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000984788  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  41.62 
 
 		 207 aa  146  3e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl124  50S ribosomal protein L4  40.72 
 
 		 208 aa  146  3e-34  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000604234  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3023  ribosomal protein L4/L1e  42.27 
 
 		 222 aa  144  9e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.443321  normal  0.0189884 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0695  50S ribosomal protein L4  40.21 
 
 		 208 aa  144  1e-33  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  40.4 
 
 		 207 aa  144  1e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000847375  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1764  50S ribosomal protein L4  40.89 
 
 		 206 aa  142  4e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00135584  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  40.4 
 
 		 207 aa  142  5e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1837  ribosomal protein L4/L1e  37.44 
 
 		 215 aa  142  7e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00300997  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2064  50S ribosomal protein L4  44.2 
 
 		 206 aa  141  8e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000384651  normal  0.231159 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0181  50S ribosomal protein L4  42.19 
 
 		 208 aa  140  9.999999999999999e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000196789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  37 
 
 		 207 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000335339  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1347  50S ribosomal protein L4  40.91 
 
 		 206 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3994  ribosomal protein L4/L1e  37.31 
 
 		 212 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  38.07 
 
 		 207 aa  140  1.9999999999999998e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000475036  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2422  50S ribosomal protein L4  39.89 
 
 		 208 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00578828  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2228  50S ribosomal protein L4  42.02 
 
 		 208 aa  139  4.999999999999999e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169782  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0681  50S ribosomal protein L4  38 
 
 		 207 aa  139  4.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.486374  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1616  ribosomal protein L4/L1e  39.38 
 
 		 212 aa  139  6e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>