More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2856 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2856  50S ribosomal protein L4  100 
 
 
207 aa  419  1e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.400345  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0627  50S ribosomal protein L4  84.54 
 
 
220 aa  362  2e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000530014  hitchhiker  0.00000000000031805 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3327  50S ribosomal protein L4  68.12 
 
 
207 aa  296  1e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.78315e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0934  50S ribosomal protein L4  68.12 
 
 
207 aa  296  1e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000521211  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1068  50S ribosomal protein L4  68.12 
 
 
207 aa  295  5e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000351414  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1347  50S ribosomal protein L4  58.74 
 
 
206 aa  260  1e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  58.54 
 
 
206 aa  251  4.0000000000000004e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000569503  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0681  50S ribosomal protein L4  56.1 
 
 
207 aa  251  4.0000000000000004e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.486374  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  48.04 
 
 
206 aa  202  3e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1556  ribosomal protein L4/L1e  44.44 
 
 
207 aa  196  2.0000000000000003e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0427554  normal  0.977876 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2019  50S ribosomal protein L4  46.83 
 
 
206 aa  192  3e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  46.6 
 
 
207 aa  189  2.9999999999999997e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  46.6 
 
 
207 aa  189  2.9999999999999997e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  46.08 
 
 
206 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000685593  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  46.6 
 
 
207 aa  189  2.9999999999999997e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1934  50S ribosomal protein L4  46.83 
 
 
206 aa  185  5e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1945  50S ribosomal protein L4  46.83 
 
 
206 aa  185  5e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  45.37 
 
 
206 aa  184  6e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1744  50S ribosomal protein L4  43.69 
 
 
208 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000318286  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0709  50S ribosomal protein L4  45.37 
 
 
205 aa  182  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0382078  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  45.89 
 
 
208 aa  182  4.0000000000000006e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4004  ribosomal protein L4/L1e  45.24 
 
 
215 aa  181  7e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.070535  normal  0.716068 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  44.17 
 
 
207 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  44.66 
 
 
207 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  42.44 
 
 
206 aa  177  1e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  43.2 
 
 
207 aa  176  3e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  41.75 
 
 
207 aa  175  5e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1912  50S ribosomal protein L4  45.37 
 
 
206 aa  174  7e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.224726 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  42.72 
 
 
207 aa  174  8e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000791532  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  44.17 
 
 
205 aa  174  9.999999999999999e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000472593  unclonable  1.9716100000000001e-28 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2064  50S ribosomal protein L4  39.6 
 
 
206 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000384651  normal  0.231159 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  43.48 
 
 
209 aa  172  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2332  ribosomal protein L4/L1e  44.17 
 
 
207 aa  173  1.9999999999999998e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000847375  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  42.93 
 
 
207 aa  172  3.9999999999999995e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000566858  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  43.14 
 
 
204 aa  172  3.9999999999999995e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  44.55 
 
 
209 aa  171  6.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  42.72 
 
 
207 aa  171  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  40.98 
 
 
206 aa  170  2e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  42.72 
 
 
207 aa  170  2e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000984788  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1764  50S ribosomal protein L4  40.29 
 
 
206 aa  169  2e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00135584  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  42.65 
 
 
204 aa  169  2e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2256  50S ribosomal protein L4  42.08 
 
 
206 aa  169  3e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000129639  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  41.75 
 
 
207 aa  169  3e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  40.38 
 
 
214 aa  168  4e-41  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  41.75 
 
 
207 aa  168  6e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  41.26 
 
 
207 aa  167  7e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  41.26 
 
 
207 aa  167  7e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  41.26 
 
 
207 aa  167  7e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  41.26 
 
 
207 aa  167  7e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  41.26 
 
 
207 aa  167  7e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  41.26 
 
 
207 aa  167  7e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  41.26 
 
 
207 aa  167  7e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  41.26 
 
 
207 aa  167  7e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  41.26 
 
 
207 aa  167  7e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  44.56 
 
 
208 aa  167  9e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000599505  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3023  ribosomal protein L4/L1e  43.9 
 
 
222 aa  167  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.443321  normal  0.0189884 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  42.72 
 
 
207 aa  167  1e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  41.75 
 
 
207 aa  167  1e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000335339  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0848  50S ribosomal protein L4P  42.86 
 
 
207 aa  167  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000392239  decreased coverage  0.0000122182 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0789  50S ribosomal protein L4  40.45 
 
 
221 aa  166  2e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  41.26 
 
 
207 aa  165  4e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000475036  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  37.38 
 
 
207 aa  165  5e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2773  50S ribosomal protein L4  40.78 
 
 
206 aa  164  6.9999999999999995e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0187174  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  41.82 
 
 
221 aa  164  9e-40  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000111144  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1184  ribosomal protein L4/L1e  42.79 
 
 
223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0423  50S ribosomal protein L4  41.26 
 
 
207 aa  162  3e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000203712  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1087  50S ribosomal protein L4  43.72 
 
 
215 aa  162  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.10489 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0080  50S ribosomal protein L4  39.81 
 
 
206 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.186923 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl124  50S ribosomal protein L4  43.96 
 
 
208 aa  161  6e-39  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000604234  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1293  50S ribosomal protein L4  42.22 
 
 
235 aa  161  8.000000000000001e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000803665  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1393  50S ribosomal protein L4  42.22 
 
 
235 aa  161  8.000000000000001e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000162338  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0695  50S ribosomal protein L4  43.63 
 
 
208 aa  159  2e-38  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4025  ribosomal protein L4/L1e  41.29 
 
 
221 aa  159  4e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000717748 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  41.06 
 
 
208 aa  157  9e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000036372  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0661  50S ribosomal protein L4  38.61 
 
 
210 aa  156  3e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00000586581  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  38.83 
 
 
207 aa  155  4e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  38.73 
 
 
223 aa  154  6e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17391  50S ribosomal protein L4  40.57 
 
 
210 aa  154  6e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2228  50S ribosomal protein L4  40.62 
 
 
208 aa  154  7e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169782  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0982  ribosomal protein L4/L1e  41.18 
 
 
209 aa  154  8e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.532922  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  42.23 
 
 
207 aa  154  8e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000403747  hitchhiker  0.0000000000267396 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1649  50S ribosomal protein L4  40.57 
 
 
210 aa  154  9e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17641  50S ribosomal protein L4  40.09 
 
 
210 aa  153  1e-36  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1850  50S ribosomal protein L4  41.67 
 
 
208 aa  154  1e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.264817  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17481  50S ribosomal protein L4  40.09 
 
 
210 aa  153  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.533381  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2063  50S ribosomal protein L4  42.19 
 
 
208 aa  153  2e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000340203  normal  0.385687 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3994  ribosomal protein L4/L1e  40.76 
 
 
212 aa  152  4e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1137  50S ribosomal protein L4  40.72 
 
 
223 aa  151  5.9999999999999996e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000824266  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3142  ribosomal protein L4/L1e  40.61 
 
 
221 aa  151  5.9999999999999996e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.083105  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0961  50S ribosomal protein L4  39.79 
 
 
204 aa  151  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000392469  hitchhiker  0.00000164794 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2323  ribosomal protein L4/L1e  38.66 
 
 
206 aa  150  8.999999999999999e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0012561  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0563  50S ribosomal protein L4/L1e  41.79 
 
 
216 aa  150  8.999999999999999e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2645  50S ribosomal protein L4  40.5 
 
 
222 aa  150  1e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.264538  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2560  50S ribosomal protein L4/L1e  39.39 
 
 
210 aa  149  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0559575  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0857  50S ribosomal protein L4  37.7 
 
 
205 aa  149  2e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5048  50S ribosomal protein L4  40 
 
 
218 aa  148  4e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.5122  normal  0.277146 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  39.13 
 
 
207 aa  148  5e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  0.0000000146284 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2422  50S ribosomal protein L4  39.51 
 
 
208 aa  148  6e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00578828  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3523  50S ribosomal protein L4  37.95 
 
 
201 aa  148  7e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.0000000876425  hitchhiker  0.00000726358 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10010  LSU ribosomal protein L4P  42.23 
 
 
207 aa  147  9e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000045126  hitchhiker  0.00000000148432 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>