85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1684 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1684  phage phi-C31 GP36-like protein  100 
 
 		 412 aa  832    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.885456 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2598  HK97 family phage major capsid protein  58.39 
 
 		 409 aa  477  1e-133  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00517058 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3970  HK97 family phage major capsid protein  34.54 
 
 		 413 aa  235  9e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.33538 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7329  phage major capsid protein, HK97 family  36.32 
 
 		 417 aa  233  5e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1022  phage major capsid protein, HK97 family  33.67 
 
 		 411 aa  172  1e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1970  major capsid-like protein  30.14 
 
 		 425 aa  156  5.0000000000000005e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.244233  n/a   
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4253  phage major capsid protein, HK97 family  29.49 
 
 		 440 aa  152  8.999999999999999e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0400  HK97 family phage major capsid protein  30.71 
 
 		 397 aa  152  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1254  HK97 family phage major capsid protein  31.64 
 
 		 399 aa  150  5e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2834  phage major capsid protein, HK97 family  30.2 
 
 		 397 aa  148  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.174812  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1628  HK97 family phage major capsid protein  28.78 
 
 		 400 aa  132  7.999999999999999e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2179  phage major capsid protein, HK97 family  35.1 
 
 		 373 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1085  HK97 family major capsid protein  28.64 
 
 		 405 aa  129  8.000000000000001e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0852  major capsid protein, HK97 family  28.42 
 
 		 386 aa  125  1e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0590991  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1458  HK97 family major capsid protein  28.97 
 
 		 388 aa  125  1e-27  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.90039  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1485  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  27.66 
 
 		 392 aa  108  2e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0861  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  28.78 
 
 		 403 aa  105  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.456659  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1895  HK97 family phage major capsid protein  30.48 
 
 		 389 aa  102  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1719  phage major capsid protein, HK97  30.13 
 
 		 384 aa  97.4  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2025  phage major capsid protein, HK97  30.48 
 
 		 382 aa  93.2  9e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.848367  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0337  phage major capsid protein, HK97  30.48 
 
 		 382 aa  93.2  9e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.139658  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5467  hypothetical protein  28.04 
 
 		 386 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3980  phage major capsid protein, HK97 family  28.45 
 
 		 382 aa  89  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2358  phage phi-C31 gp36-like protein /HK97 family major capsid protein  26.02 
 
 		 420 aa  88.6  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.172606  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1466  HK97 family phage major capsid protein  29.44 
 
 		 312 aa  87  5e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000392324  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1311  phage major capsid protein, HK97 family  23.94 
 
 		 427 aa  78.6  0.0000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1695  phage major capsid protein, HK97 family  23.94 
 
 		 427 aa  78.6  0.0000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2271  phage major capsid protein, HK97 family  23.94 
 
 		 427 aa  78.6  0.0000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1334  HK97 family phage major capsid protein  27.15 
 
 		 424 aa  77.8  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.280266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1061  phage major capsid protein, HK97  27.61 
 
 		 398 aa  76.6  0.0000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0887541 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2174  putative phage major capsid protein  26.37 
 
 		 405 aa  76.3  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1625  Phage major capsid protein, HK97  27.16 
 
 		 385 aa  73.9  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.490763  normal  0.450118 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1482  Phage major capsid protein, HK97  27.16 
 
 		 385 aa  73.9  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.353157 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1427  phage major capsid protein, HK97 family  26.05 
 
 		 421 aa  73.6  0.000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.370183 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1359  HK97 family phage major capsid protein  27.43 
 
 		 385 aa  73.6  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.504084  normal  0.308637 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0951  HK97 family phage major capsid protein  23.39 
 
 		 389 aa  70.9  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0277  HK97 family phage major capsid protein  26.85 
 
 		 385 aa  70.1  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2898  HK97 family phage major capsid protein  27.52 
 
 		 388 aa  69.3  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.593833  normal  0.443807 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0867  HK97 family phage major capsid protein  25.58 
 
 		 407 aa  68.9  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.887226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2471  phage phi-C31 gp36 major capsid-like protein  28.27 
 
 		 398 aa  68.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1635  phage major capsid protein, HK97  26.91 
 
 		 393 aa  68.6  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.304591  normal  0.904057 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7144  HK97 family phage major capsid protein  25.44 
 
 		 434 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647338 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1655  phage major capsid protein, HK97 family  25 
 
 		 406 aa  67.4  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0468  prophage LambdaBa04, major capsid protein  23.87 
 
 		 396 aa  67  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0446  prophage LambdaBa04, major capsid protein  23.87 
 
 		 400 aa  67  0.0000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1133  HK97 family phage major capsid protein  27.96 
 
 		 387 aa  66.6  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.308903 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1705  phage major capsid protein, HK97 family  24.55 
 
 		 421 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154021  normal  0.125329 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1078  HK97 family phage major capsid protein  26.14 
 
 		 387 aa  65.1  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.506947 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0875  phage capsid family protein  24.62 
 
 		 315 aa  64.7  0.000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3913  HK97 family phage major capsid protein  24.31 
 
 		 408 aa  64.7  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.511324  normal  0.0176262 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3709  HK97 family phage major capsid protein  23.69 
 
 		 450 aa  63.5  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0922  HK97 family phage major capsid protein  24.79 
 
 		 403 aa  63.5  0.000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.255185 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3122  phage major capsid protein, HK97  25.32 
 
 		 380 aa  62.8  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0906  HK97 family phage major capsid protein  25.77 
 
 		 435 aa  62  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.225289  normal  0.497938 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0795  HK97 family phage major capsid protein  23.74 
 
 		 379 aa  60.5  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1431  HK97 family phage major capsid protein  24.85 
 
 		 421 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.263231 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2489  phage major capsid protein, HK97  23.89 
 
 		 390 aa  59.3  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1047  HK97 family phage major capsid protein  23.06 
 
 		 441 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144894  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2266  phage major capsid protein, HK97 family  23.53 
 
 		 401 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000739522 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1167  Phage major capsid protein, HK97  23.93 
 
 		 417 aa  58.2  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0644  HK97 family phage major capsid protein  23.48 
 
 		 379 aa  58.2  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.146587 
 
 
-
 
NC_002978  WD0458  HK97 family phage major capsid protein  23.12 
 
 		 399 aa  57.8  0.0000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.830326  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1086  HK97 family phage major capsid protein  26.51 
 
 		 400 aa  57.8  0.0000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2500  phage major capsid protein, HK97 family  23.55 
 
 		 416 aa  57  0.0000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00454127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1805  phage major capsid protein, HK97  23.87 
 
 		 416 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539863  normal  0.129536 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2096  phage major capsid protein, HK97 family  23.97 
 
 		 418 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.225363  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2263  phage major capsid protein, HK97 family  24.53 
 
 		 401 aa  55.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0574985 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1415  phage major capsid protein, HK97  23.23 
 
 		 417 aa  55.1  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1999  phage major capsid protein, HK97  24.7 
 
 		 380 aa  54.3  0.000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00431544 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1190  HK97 family phage major capsid protein  24.72 
 
 		 401 aa  53.5  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000012399 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3155  HK97 family phage major capsid protein  24.94 
 
 		 428 aa  53.5  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0231727  normal  0.0147808 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3481  Phage major capsid protein, HK97  25.18 
 
 		 417 aa  53.1  0.000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.137838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3867  HK97 family phage major capsid protein  24.64 
 
 		 425 aa  53.1  0.000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292858 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1542  Phage major capsid protein, HK97  24.77 
 
 		 419 aa  52.8  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0830  HK97 family phage major capsid protein  23.74 
 
 		 383 aa  52  0.00002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0256  HK97 family phage major capsid protein  20.08 
 
 		 382 aa  52.4  0.00002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0170854  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1970  phage major capsid protein, HK97  24.47 
 
 		 431 aa  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.141118  normal  0.540615 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0540  putative major capsid protein  22.34 
 
 		 388 aa  49.7  0.00009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.272419 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4965  HK97 family phage major capsid protein  23.28 
 
 		 430 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154569 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6186  phage major capsid protein HK97 family  23.56 
 
 		 471 aa  46.2  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.423125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5360  HK97 family phage major capsid protein  23.98 
 
 		 346 aa  45.8  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4981  HK97 family phage major capsid protein  23.98 
 
 		 359 aa  45.8  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1338  phage major capsid protein HK97 family  25.47 
 
 		 420 aa  45.1  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0373474  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2848  phage major capsid protein, HK97  25.41 
 
 		 437 aa  43.5  0.006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1985  phage major capsid protein, HK97  25.97 
 
 		 423 aa  43.1  0.01  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>