More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0129 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_0129  ABC transporter related  100 
 
 
264 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0061  ABC transporter related  90.42 
 
 
269 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0576  ABC transporter related  84.94 
 
 
264 aa  444  1e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.490377  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0358  ABC transporter related  82.75 
 
 
270 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.996244 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7658  putative ABC transporter, ATP-binding protein  81.28 
 
 
241 aa  390  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133914  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0435  ABC transporter related  61.86 
 
 
245 aa  290  2e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2238  ABC transporter related  57.38 
 
 
246 aa  278  4e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0769136  normal  0.0562594 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0126  ABC transporter component  59.27 
 
 
271 aa  273  2e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.959991  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3169  ABC transporter, ATPase subunit  48.94 
 
 
250 aa  228  7e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.386052  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3286  ABC transporter-related protein  48.94 
 
 
250 aa  222  4e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.874938  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3360  ABC transporter related  48.51 
 
 
250 aa  221  1e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1617  ABC transporter related  48.51 
 
 
259 aa  195  8e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2783  ABC transporter-related protein  40.53 
 
 
244 aa  176  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.474433  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0167  response regulator receiver domain-containing protein  38.1 
 
 
921 aa  173  2e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000281851 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0363  ABC transporter related  37.7 
 
 
243 aa  172  5e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0340  ABC transporter related  37.7 
 
 
243 aa  169  5e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3896  ABC transporter related  40.32 
 
 
901 aa  168  9e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.184002 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3159  ABC transporter, 2 fused ATPase and 1 inner membrane subunits  40.32 
 
 
901 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.827226  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2686  ABC transporter, ATP-binding protein  37.7 
 
 
930 aa  167  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0809  ABC transporter-related protein  38.71 
 
 
257 aa  166  3e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3660  ABC transporter permease ATP-binding protein  38.11 
 
 
924 aa  165  7e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.388882  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0170  ABC-2 type transport system  36.89 
 
 
925 aa  165  8e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.476544  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4915  ABC transporter related  38.25 
 
 
933 aa  164  1e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1504  ABC transporter related  36.76 
 
 
914 aa  162  4e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.13475  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1350  ABC transporter, ATP binding/permease protein  37.3 
 
 
922 aa  161  8e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3446  ABC transporter related  37.18 
 
 
922 aa  159  3e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3538  ABC transporter related  37.55 
 
 
323 aa  159  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1824  ABC transporter related  38.91 
 
 
926 aa  160  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0316  ABC transporter related  36.32 
 
 
901 aa  158  9e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2942  ABC transporter related protein  38.37 
 
 
251 aa  158  1e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0759  ABC transporter related  36.75 
 
 
918 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207246  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4664  ABC transporter related  38.89 
 
 
927 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.113948 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4329  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  37.97 
 
 
313 aa  155  5e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2121  ABC transporter related protein  37.6 
 
 
315 aa  155  5e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2180  ABC transporter related  33.86 
 
 
927 aa  155  5e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0139  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  35.66 
 
 
1071 aa  155  6e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3419  ABC transporter related  36.17 
 
 
929 aa  155  6e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1039  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  35.66 
 
 
1082 aa  155  6e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0113  ABC transporter related  38.14 
 
 
241 aa  155  6e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1309  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  35.66 
 
 
1071 aa  155  6e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9217  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  37.45 
 
 
913 aa  155  6e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.808205  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0165  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  35.66 
 
 
1079 aa  155  7e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.243814  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2776  response regulator receiver domain-containing protein  35.66 
 
 
1089 aa  155  7e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.591057  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2633  ABC transporter, ATP-binding protein/permease  35.66 
 
 
1066 aa  155  7e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4686  ABC transporter related  38.03 
 
 
912 aa  155  8e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.248247 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0438  RND efflux system, cytoplasmic membrane extrusion protein  35.66 
 
 
1017 aa  155  8e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0749  ABC transporter related  35.37 
 
 
904 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.118496  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3577  ABC transporter related  35.88 
 
 
930 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0018  ABC transporter related  35.9 
 
 
909 aa  154  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3216  hypothetical protein  36.84 
 
 
901 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.881603  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2172  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  39.47 
 
 
317 aa  154  2e-36  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4231  ABC transporter related  40.85 
 
 
304 aa  153  3e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1684  response regulator receiver domain-containing protein  35.16 
 
 
919 aa  153  3e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00676218  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2361  ABC transporter related  36.55 
 
 
936 aa  152  5e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0787622  normal  0.702477 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3836  ABC transporter, ATP binding protein  34.6 
 
 
911 aa  152  5e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.932304  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2574  ABC transporter related  36.25 
 
 
346 aa  152  5e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3775  ABC transporter, ATP binding protein  34.6 
 
 
911 aa  152  5e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1497  ABC transporter related  36.55 
 
 
936 aa  152  6e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03288  hypothetical protein  34.6 
 
 
911 aa  152  6e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03336  fused ribosome-associated ATPase: ATP-binding protein/ATP-binding protein/predicted membrane protein  34.6 
 
 
911 aa  152  6e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3968  ABC transporter, ATP binding protein  34.6 
 
 
911 aa  152  6e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3685  ABC transporter, ATP binding protein  34.6 
 
 
911 aa  152  6e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0228  ABC transporter related protein  34.6 
 
 
911 aa  152  6e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0229  ABC transporter related  34.6 
 
 
911 aa  152  6e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4831  ABC transporter, ATP binding protein  34.6 
 
 
911 aa  152  6e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6206  ABC transporter related  36.29 
 
 
936 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.84654  normal  0.203674 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1950  ABC transporter related  35.47 
 
 
921 aa  152  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.62728  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3558  ABC transporter related  37.5 
 
 
307 aa  152  7e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0440586  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0170  response regulator receiver domain-containing protein  37.55 
 
 
930 aa  152  7e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.696598  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4339  ABC-type transport system, ATPase component  40.09 
 
 
305 aa  151  8e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.037549  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5268  ABC transporter related  37.05 
 
 
906 aa  151  8e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.155488  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0555  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  38.3 
 
 
907 aa  151  9e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3790  ABC transporter related  35.46 
 
 
912 aa  151  9e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0987  ABC-2:ABC transporter related  36.32 
 
 
920 aa  151  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.149444  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1108  ABC transporter related  37.65 
 
 
255 aa  151  1e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.298542 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2749  ABC transporter related  36.25 
 
 
346 aa  150  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0536  ABC transporter related  37.25 
 
 
912 aa  151  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.94583  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2818  ABC transporter related protein  36.12 
 
 
333 aa  150  2e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.700865  normal  0.172012 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5115  ABC transporter related  36.95 
 
 
906 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06358  ABC transporter component  38.12 
 
 
308 aa  150  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5207  ABC transporter permease/ATP-binding protein  36.95 
 
 
906 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.468455  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0210  ABC transporter related  36.51 
 
 
916 aa  150  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.10228  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0240  ABC transporter related  39.44 
 
 
311 aa  149  3e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0491819  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0522  ABC transporter related  40.35 
 
 
287 aa  149  4e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000861338  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16780  ABC transporter, ATP binding/permease hybrid protein  35.77 
 
 
911 aa  149  5e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.200958  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0256  bacitracin ABC transporter, ATP-binding protein  35.17 
 
 
309 aa  149  5e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1594  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  41.67 
 
 
323 aa  149  6e-35  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.658594  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1033  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  38.16 
 
 
317 aa  149  6e-35  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.100021 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2641  ABC transporter related  37.84 
 
 
346 aa  148  7e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4207  ABC transporter related  39.5 
 
 
236 aa  148  8e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1743  ABC transporter related  36.17 
 
 
917 aa  148  9e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00128073 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0500  ABC transporter related  36.84 
 
 
912 aa  148  9e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4964  ABC transporter related  35.74 
 
 
327 aa  148  9e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.763895  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4202  ABC transporter related  34.96 
 
 
335 aa  148  1e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.933672  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1358  ABC transporter related protein  39.09 
 
 
334 aa  147  1e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2585  ABC transporter related  41.1 
 
 
308 aa  147  1e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.345311  normal  0.0961797 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1432  ABC transporter related  35.95 
 
 
908 aa  148  1e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_2014  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  38.6 
 
 
317 aa  147  1e-34  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  2.25656e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0114  ABC transporter related  33.47 
 
 
270 aa  147  1e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0612  ABC transporter related protein  40.44 
 
 
314 aa  147  1e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.787595  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>