More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3558 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3558  ABC transporter related  100 
 
 
307 aa  622  1e-177  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0440586  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0633  ABC transporter related  78.66 
 
 
314 aa  504  9.999999999999999e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4964  ABC transporter related  79.93 
 
 
327 aa  501  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.763895  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3573  ABC transporter related  77.96 
 
 
313 aa  498  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1144  ABC transporter related  79.21 
 
 
312 aa  494  9.999999999999999e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3711  ABC transporter related  75.32 
 
 
323 aa  464  9.999999999999999e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4259  ABC transporter-related protein  74.04 
 
 
315 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.493495  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4160  ABC transporter related  60.6 
 
 
314 aa  373  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1573  nodulation ABC transporter NodI  59.02 
 
 
304 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1768  nodulation ABC transporter NodI  58.69 
 
 
304 aa  362  6e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.733108  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2128  nodulation ABC transporter NodI  58.71 
 
 
320 aa  360  2e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.226763  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2475  nodulation ABC transporter NodI  60 
 
 
304 aa  359  3e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.907427  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1641  nodulation ABC transporter NodI  58.69 
 
 
373 aa  358  8e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1116  nodulation ABC transporter NodI  58.69 
 
 
304 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1596  nodulation ABC transporter NodI  58.69 
 
 
304 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.993965  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1634  nodulation ABC transporter NodI  57.7 
 
 
304 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.770331  normal  0.764361 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1804  nodulation ABC transporter NodI  58.06 
 
 
320 aa  355  5.999999999999999e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2485  nodulation ABC transporter NodI  58.03 
 
 
344 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.155598  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2008  nodulation ABC transporter NodI  58.75 
 
 
351 aa  353  1e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1492  nodulation ABC transporter NodI  58.36 
 
 
326 aa  354  1e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1512  nodulation ABC transporter NodI  58.36 
 
 
304 aa  354  1e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0976577  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0360  nodulation ABC transporter NodI  58.75 
 
 
351 aa  353  1e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.146737  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0801  nodulation ABC transporter NodI  58.75 
 
 
304 aa  353  2e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.485655  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1218  nodulation ABC transporter NodI  58.75 
 
 
306 aa  353  2e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.513325  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2457  nodulation ABC transporter NodI  57.95 
 
 
303 aa  353  2e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0229805  normal  0.246765 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1703  nodulation ABC transporter NodI  58.75 
 
 
304 aa  353  2e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1840  nodulation ABC transporter NodI  58.75 
 
 
304 aa  353  2e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1855  nodulation ABC transporter NodI  58.75 
 
 
304 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1974  nodulation ABC transporter NodI  57.42 
 
 
321 aa  350  1e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.167166  normal  0.202305 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4734  nodulation ABC transporter NodI  57.7 
 
 
320 aa  348  5e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00531442  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2295  nodulation ABC transporter NodI  57.95 
 
 
325 aa  330  2e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4919  nodulation factor exporter subunit NodI  54.95 
 
 
342 aa  326  3e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5039  nodulation factor exporter subunit NodI  52.29 
 
 
345 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7720  nodulation ABC transporter NodI  51.8 
 
 
304 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0277  ABC-2 type transporter ATPase  55.15 
 
 
301 aa  317  1e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.449682  normal  0.943388 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6187  nodulation factor exporter subunit NodI  52.67 
 
 
355 aa  317  1e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2121  ABC transporter related protein  49.67 
 
 
315 aa  310  2.9999999999999997e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1937  ABC transporter related  51.97 
 
 
322 aa  304  1.0000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3829  nodulation ABC transporter NodI  51.16 
 
 
308 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.889948  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4029  nodulation ABC transporter NodI  51.15 
 
 
304 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1092  ABC transporter related  50.83 
 
 
310 aa  300  2e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.291374  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3306  ABC transporter related  51.16 
 
 
302 aa  300  3e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1484  nodulation ABC transporter NodI  47.51 
 
 
309 aa  295  9e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.374303  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3236  ABC transporter, ATP-binding protein, NodI family  48.21 
 
 
309 aa  280  2e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2837  ABC transporter related  48.21 
 
 
309 aa  280  2e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.140237  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1117  ABC transporter related  46.36 
 
 
326 aa  275  8e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.222979  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1864  ABC transporter related  48.03 
 
 
303 aa  275  1.0000000000000001e-72  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.319064 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0240  ABC transporter related  50.51 
 
 
311 aa  275  1.0000000000000001e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0491819  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0690  ABC transporter related protein  47.67 
 
 
311 aa  269  4e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0475794 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1191  ABC transporter related  45.72 
 
 
339 aa  265  5.999999999999999e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000151275 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25200  ABC-type multidrug transport system, ATPase component  48.01 
 
 
317 aa  264  1e-69  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1800  ABC transporter related protein  46.43 
 
 
312 aa  263  4e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3423  ABC transporter related  46.73 
 
 
310 aa  262  4.999999999999999e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.00331391  normal  0.124939 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04710  ATP-binding ABC transporter family nodulation protein NodI  46.65 
 
 
328 aa  258  1e-67  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.427122  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1717  ABC transporter, ATPase subunit  44.22 
 
 
305 aa  257  1e-67  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1173  ABC transporter related  45.75 
 
 
306 aa  258  1e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0659  ABC transporter-related protein  45.64 
 
 
293 aa  257  2e-67  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.696372  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1766  ABC transporter-like protein  44.95 
 
 
311 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0874  ABC transporter related  44.48 
 
 
312 aa  254  1.0000000000000001e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.468306  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3800  ABC transporter related  46.08 
 
 
310 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0317923 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0744  ABC transporter related  45.82 
 
 
332 aa  251  9.000000000000001e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0297534  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0667  ABC transporter related  43.46 
 
 
307 aa  251  1e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.201988 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1117  ABC transporter related  47.87 
 
 
317 aa  249  4e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2518  ABC transporter related  42.16 
 
 
310 aa  249  5e-65  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0818783  normal  0.231845 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1802  ABC transporter related  44.59 
 
 
340 aa  240  2e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.398486 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3796  ABC transporter related  40.32 
 
 
323 aa  233  3e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0987  ABC transporter related  43 
 
 
305 aa  228  9e-59  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.174355 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29680  ABC-type multidrug transport system, ATPase component  39.29 
 
 
312 aa  218  1e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.619183  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0427  ATPase  40.86 
 
 
282 aa  216  2.9999999999999998e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.965922 
 
 
-
 
NC_002936  DET0794  ABC transporter, ATP-binding protein  40.95 
 
 
305 aa  211  1e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00734303  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_700  ABC transporter, ATP-binding protein  40.63 
 
 
305 aa  209  4e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.365383  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0720  ABC transporter related  40.95 
 
 
305 aa  209  4e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00029064  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3064  ABC transporter, ATPase subunit  40.25 
 
 
315 aa  208  8e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.745541  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4128  ABC transporter related protein  39.02 
 
 
313 aa  206  3e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.927584  hitchhiker  0.00834769 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4649  ABC transporter related protein  38.16 
 
 
300 aa  206  4e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.14569  normal  0.426386 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4576  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  38.26 
 
 
343 aa  206  6e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0885138  normal  0.505174 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0389  ABC transporter related  38.31 
 
 
305 aa  203  3e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2562  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  34.95 
 
 
328 aa  201  9e-51  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.518295 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4231  ABC transporter related  39.03 
 
 
304 aa  201  9e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1460  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  35.6 
 
 
329 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3102  ABC transporter related  39.53 
 
 
300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00319499  hitchhiker  0.0000545387 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1549  ABC transporter related  38.73 
 
 
319 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.819341  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1167  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  34.95 
 
 
324 aa  199  5e-50  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0013  daunorubicin resistance ABC transporter ATP-binding subunit  39.17 
 
 
308 aa  199  6e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.805584  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4701  ABC transporter related protein  38.61 
 
 
311 aa  198  9e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.483925  normal  0.440975 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0428  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  36.94 
 
 
326 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.160514  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1257  ABC transporter related  36.71 
 
 
330 aa  197  3e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0364  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  35.03 
 
 
334 aa  196  3e-49  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0557  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  40.86 
 
 
279 aa  196  3e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_353  ABC-2 type transport system, ATP-binding protein  38.31 
 
 
305 aa  196  5.000000000000001e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.761814  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1865  ABC transporter, ATP-binding protein  33.98 
 
 
312 aa  195  7e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.216814  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1639  multidrug ABC transporter, ATP-binding protein  34.3 
 
 
312 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000283257  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1841  ABC transporter, ATP-binding protein  34.3 
 
 
312 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1608  multidrug ABC transporter, ATP-binding protein  34.3 
 
 
312 aa  195  9e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1915  ABC transporter, ATP-binding protein  33.98 
 
 
312 aa  195  9e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1207  daunorubicin resistance ABC transporter ATPase subunit  37.79 
 
 
279 aa  194  1e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1661  ABC transporter ATP-binding protein  34.3 
 
 
312 aa  194  1e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1804  ABC transporter, ATP-binding protein  33.66 
 
 
312 aa  194  1e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3536  ABC transporter, ATP-binding protein  33.98 
 
 
312 aa  194  1e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0278  ABC transporter related  37.14 
 
 
308 aa  194  1e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.833844  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>