More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3538 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_3538  ABC transporter related  100 
 
 
323 aa  674    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4362  ABC transporter related  64.87 
 
 
322 aa  419  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0586  ABC transporter-related protein  63.35 
 
 
327 aa  412  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.737047  hitchhiker  0.000179773 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0426  ABC transporter-related protein  62.31 
 
 
340 aa  410  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001403  ABC-type multidrug transport system ATPase component  59.87 
 
 
308 aa  388  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06358  ABC transporter component  59.11 
 
 
308 aa  390  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2749  ABC transporter related  58.41 
 
 
346 aa  389  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1264  putative ABC transporter, ATP-binding protein  61.11 
 
 
308 aa  386  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000993133  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2832  ABC transporter related  59.09 
 
 
318 aa  381  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.442904  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4202  ABC transporter related  60 
 
 
335 aa  382  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.933672  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1514  ABC transporter related  59.09 
 
 
318 aa  381  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2574  ABC transporter related  57.46 
 
 
346 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1421  ABC transporter related  58.06 
 
 
317 aa  382  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1550  ABC transporter related  59.09 
 
 
318 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1523  ABC transporter related  59.09 
 
 
318 aa  381  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2641  ABC transporter related  57.05 
 
 
346 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3588  putative ABC-type multidrug transport system, ATPase component  58.31 
 
 
322 aa  379  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1249  ABC transporter, ATP-binding protein  60.52 
 
 
323 aa  375  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0874  ABC transporter related  57.41 
 
 
313 aa  365  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.32724 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1355  ABC transporter related  52.06 
 
 
315 aa  332  5e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000405969  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1900  ABC transporter related  45.98 
 
 
314 aa  269  4e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1912  ABC multidrug efflux pump, ATPase subunit  46.51 
 
 
316 aa  264  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0244419  normal  0.149204 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2108  ABC transporter related  45.3 
 
 
325 aa  261  8.999999999999999e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.947862  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1761  ABC transporter related  45.07 
 
 
322 aa  259  5.0000000000000005e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.726529  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3453  ABC transporter related  41.03 
 
 
323 aa  253  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.155551  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1293  ABC transporter, ATP-binding protein  43.61 
 
 
350 aa  251  2e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.906267  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1605  ABC transporter, ATP-binding protein  43.29 
 
 
309 aa  249  4e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.692946  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0809  ABC transporter-related protein  52.7 
 
 
257 aa  249  5e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3462  ABC transporter-related protein  44.52 
 
 
308 aa  246  3e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1036  ABC transporter related  51.6 
 
 
328 aa  246  4.9999999999999997e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0658  ABC transporter-related protein  42.37 
 
 
308 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00292078 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1780  ABC transporter related protein  42.33 
 
 
312 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.150839  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1588  ABC transporter related  42.77 
 
 
307 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.187855  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1149  ABC transporter related  42.57 
 
 
324 aa  242  5e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.283923  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3277  ABC transporter related protein  41.58 
 
 
307 aa  242  6e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1134  ABC transporter related  42.41 
 
 
651 aa  242  7e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0972  ABC transporter related  41.18 
 
 
307 aa  242  7e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1720  ABC transporter, ATPase subunit  42.07 
 
 
315 aa  241  9e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.062047  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0917  ABC transporter related  40.53 
 
 
312 aa  241  1e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.807075 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2926  ABC transporter related  41.14 
 
 
316 aa  241  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0973  ABC transporter related  43.04 
 
 
319 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4664  ABC transporter related  45.8 
 
 
318 aa  239  5.999999999999999e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.019733  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1341  ABC transporter related  41.53 
 
 
317 aa  238  9e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1792  ABC transporter component  46.3 
 
 
580 aa  238  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.380874  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3106  ABC transporter related  52.58 
 
 
510 aa  237  2e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3276  ABC transporter related protein  43.23 
 
 
319 aa  237  2e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0657  ABC transporter-related protein  42.23 
 
 
320 aa  237  2e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00186139 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2905  ABC transporter related  49.77 
 
 
512 aa  236  3e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.725658  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4697  ABC transporter related  45.14 
 
 
582 aa  236  4e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.793973  normal  0.717601 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1148  ABC transporter related  39.67 
 
 
307 aa  235  6e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00842419  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0164  ABC transporter ATP-binding protein  50.46 
 
 
321 aa  235  8e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0222802  normal  0.939633 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3463  ABC transporter-related protein  37.87 
 
 
305 aa  235  8e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3667  ABC transporter related  40.91 
 
 
311 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0505  ABC transporter related  45.56 
 
 
308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.509772  normal  0.852772 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0114  ABC transporter related  47.14 
 
 
270 aa  234  2.0000000000000002e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0894  ABC transporter related  50.46 
 
 
314 aa  232  5e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0053  ABC transporter related  39.93 
 
 
326 aa  231  9e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2448  ABC transporter-related protein  41.37 
 
 
314 aa  231  1e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3001  ABC transporter related  45.2 
 
 
585 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4311  ABC transporter related  41.97 
 
 
317 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1083  ABC transport system ATPase component  50 
 
 
304 aa  230  2e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.323648 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4328  ABC transporter related  39.87 
 
 
318 aa  230  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.786292 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1745  ABC transporter, ATPase subunit  40.52 
 
 
322 aa  231  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0173616  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0403  ABC transporter, ATP-binding protein  40.86 
 
 
305 aa  230  2e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0056  ABC transporter related  39.93 
 
 
326 aa  229  3e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2055  export ABC transporter ATP-binding protein  39.08 
 
 
312 aa  229  4e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.35923  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1606  ABC transporter, ATP-binding protein  37.5 
 
 
315 aa  229  5e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.704701  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0859  ABC transporter related  47.75 
 
 
319 aa  229  6e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0838587  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0349  ABC transporter-related protein  41.1 
 
 
328 aa  228  9e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1479  ABC transporter related protein  44.62 
 
 
589 aa  228  1e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4163  ABC transporter related  48.84 
 
 
323 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.417858  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1328  ABC transporter-related protein  46.36 
 
 
576 aa  227  2e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3222  ABC transporter-related protein  50.23 
 
 
322 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.209487  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0147  ABC transporter, ATP-binding protein  39.43 
 
 
309 aa  226  3e-58  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000626362  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5304  putative ABC transporter ATP-binding protein  44.79 
 
 
311 aa  226  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.664589  normal  0.137036 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1793  ABC transporter related  40.98 
 
 
313 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00000132087  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2918  ABC transporter related  46.88 
 
 
247 aa  226  3e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.79893  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1432  ABC transporter related  46.75 
 
 
908 aa  226  5.0000000000000005e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1080  ATPase  48.17 
 
 
275 aa  226  6e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0699  ATPase  43.61 
 
 
354 aa  225  6e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4062  ABC transporter related protein  44.27 
 
 
583 aa  225  6e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1913  ABC multidrug efflux pump, ATPase subunit  36.93 
 
 
314 aa  225  6e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173813  normal  0.389183 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3251  ABC transporter related  46.81 
 
 
581 aa  226  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1285  ABC transporter related  43.67 
 
 
579 aa  225  7e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0130  ABC transporter related  44.44 
 
 
576 aa  225  8e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2421  ABC transporter related  42.46 
 
 
582 aa  225  8e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.259147  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2369  ABC transporter related  42.91 
 
 
575 aa  225  9e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.296305  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8103  ABC transporter related  44.08 
 
 
578 aa  224  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3690  ABC transporter related  48.37 
 
 
323 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1778  ABC transporter related protein  36.96 
 
 
317 aa  224  2e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0112874  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3706  ABC transporter related  47.25 
 
 
594 aa  224  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0987  ABC-2:ABC transporter related  44.35 
 
 
920 aa  223  3e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.149444  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3307  ABC transporter related  50.47 
 
 
322 aa  223  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1304  ABC transporter related  46.79 
 
 
590 aa  223  3e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2813  ABC transporter, ATP-binding protein  45.5 
 
 
580 aa  223  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3130  ABC transporter component  41.33 
 
 
316 aa  223  4e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00961649  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1901  ABC transporter related  47.75 
 
 
323 aa  223  4e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.298526  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2901  ABC transporter related  45.5 
 
 
580 aa  223  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0718  ABC transporter related  39.23 
 
 
314 aa  223  4e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.226076  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0918  ABC transporter related  48 
 
 
333 aa  223  4.9999999999999996e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.800734 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>