189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3183 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3183  ArsR family transcriptional regulator  100 
 
 		 106 aa  216  7.999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00771422  normal  0.767767 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2454  transcriptional regulator, ArsR family  82.69 
 
 		 104 aa  179  1e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2223  regulatory protein, ArsR  80.58 
 
 		 104 aa  172  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.539963  normal  0.22354 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3241  ArsR family transcriptional regulator  78.64 
 
 		 104 aa  169  9e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4243  ArsR family transcriptional regulator  72.55 
 
 		 103 aa  160  8.000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.263403 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0350  putative transcriptional regulator, ArsR family  51.96 
 
 		 103 aa  97.8  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.401247  normal  0.883846 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4762  ArsR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 112 aa  92  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0331788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0714  ArsR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 109 aa  92  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.303207 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0718  putative transcriptional regulator, ArsR family  52 
 
 		 114 aa  91.7  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.42746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4394  transcriptional regulator, ArsR family  49.49 
 
 		 109 aa  91.7  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2004  transcriptional regulator, ArsR family  50 
 
 		 102 aa  89  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3305  transcriptional regulator, ArsR family  50 
 
 		 102 aa  89.4  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00155793 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5770  ArsR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 121 aa  88.6  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0369  regulatory protein ArsR  48.51 
 
 		 109 aa  89  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1865  ArsR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 102 aa  87.8  4e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2079  ArsR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 102 aa  87  7e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.027067  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2115  transcriptional regulator, ArsR family  48.48 
 
 		 102 aa  86.7  9e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.710341  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1860  ArsR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 102 aa  86.7  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.205916  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1830  ArsR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 102 aa  86.7  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1814  ArsR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 102 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2002  ArsR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 102 aa  86.7  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0805  putative transcriptional regulator, ArsR family  46.94 
 
 		 114 aa  86.7  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.621414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2082  ArsR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 99 aa  86.7  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2036  transcriptional regulator, ArsR family  48.48 
 
 		 102 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.6853e-23 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3018  transcriptional regulator, ArsR family  44.9 
 
 		 118 aa  84.7  4e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2189  regulatory protein, ArsR  48.48 
 
 		 111 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00226868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0337  regulatory protein ArsR  46.53 
 
 		 109 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0293  regulatory protein ArsR  46.53 
 
 		 109 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.850219 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1550  putative transcriptional regulator, ArsR family  43.43 
 
 		 113 aa  83.6  9e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.292281  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2093  ArsR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 112 aa  82.8  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2717  putative transcriptional regulator, ArsR family  44.79 
 
 		 113 aa  83.2  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3914  ArsR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 111 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7389  transcriptional regulator  43 
 
 		 103 aa  82.8  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08070  transcriptional regulator, ArsR family  45.36 
 
 		 105 aa  82.4  0.000000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0522  transcriptional regulator, ArsR family  46.88 
 
 		 112 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1060  transcriptional regulator, ArsR family  46.08 
 
 		 145 aa  81.3  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0738542  normal  0.488039 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0547  transcriptional regulator ArsR family  42.31 
 
 		 116 aa  81.3  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4138  ArsR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 111 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2404  transcriptional regulator, ArsR family  45.83 
 
 		 99 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3623  transcriptional regulator, ArsR family  46.15 
 
 		 106 aa  78.6  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4195  ArsR family transcriptional regulator  45 
 
 		 118 aa  78.2  0.00000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00545727 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1253  ArsR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 111 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.138533  normal  0.278406 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0370  ArsR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 103 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0318166  normal  0.038128 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1280  ArsR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 111 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.775463 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0942  putative transcriptional regulator, ArsR family  42 
 
 		 120 aa  77.4  0.00000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.165129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8780  putative transcriptional regulator, ArsR family  43.14 
 
 		 111 aa  76.6  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0311  putative transcriptional regulator, ArsR family  39.58 
 
 		 103 aa  76.3  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0946199 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4325  transcriptional regulator, ArsR family  42.72 
 
 		 133 aa  75.1  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05320  transcriptional regulator, ArsR family  45.54 
 
 		 114 aa  75.1  0.0000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.884086 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5430  transcriptional regulator, ArsR family  45.63 
 
 		 110 aa  74.3  0.0000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0491229  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22810  transcriptional regulator, ArsR family  45.45 
 
 		 113 aa  72.8  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.231302  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08020  transcriptional regulator, ArsR family  44.44 
 
 		 114 aa  72.4  0.000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.769769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3804  regulatory protein, ArsR  42.42 
 
 		 130 aa  72  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0380  putative ArsR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 115 aa  71.2  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4322  putative transcriptional regulator, ArsR family  42 
 
 		 105 aa  70.1  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.247363  normal  0.980075 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2083  putative transcriptional regulator, ArsR family  42 
 
 		 104 aa  69.3  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0043757  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4661  regulatory protein ArsR  39.25 
 
 		 123 aa  69.3  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.330103  hitchhiker  0.00772902 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7520  putative transcriptional regulator, ArsR family  36.27 
 
 		 124 aa  68.6  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0709  ArsR family transcriptional regulator  39 
 
 		 121 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00366962  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4039  transcriptional regulator, ArsR family  41.51 
 
 		 110 aa  67.4  0.00000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3200  putative transcriptional regulator, ArsR family  46.81 
 
 		 121 aa  67.4  0.00000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0289294 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1432  putative transcriptional regulator, ArsR family  40 
 
 		 96 aa  64.3  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.173171  normal  0.355549 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0090  putative transcriptional regulator, ArsR family  38.83 
 
 		 109 aa  64.3  0.0000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.885774  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2306  ArsR family transcriptional regulator  40 
 
 		 116 aa  63.2  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0982229 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1715  transcriptional regulator, ArsR family  33.33 
 
 		 114 aa  60.5  0.000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8136  putative transcriptional regulator, ArsR family  37 
 
 		 127 aa  59.3  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0886361  normal  0.250619 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01250  transcriptional regulator, ArsR family  37.11 
 
 		 115 aa  57.4  0.00000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0310  transcriptional regulator, ArsR family  35.35 
 
 		 104 aa  57.4  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0925537 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4728  ArsR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 107 aa  56.2  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.631655  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4814  ArsR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 107 aa  56.2  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.393155 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5113  ArsR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 107 aa  56.2  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906955  normal  0.239964 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5328  regulatory protein, ArsR  40 
 
 		 111 aa  52  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6418  transcriptional regulator, ArsR family  41.54 
 
 		 124 aa  51.2  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0126  regulatory protein, ArsR  41.54 
 
 		 125 aa  49.7  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1247  ArsR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0461  ArsR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 111 aa  48.5  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000195997  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0506  ArsR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 118 aa  48.1  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0344  transcriptional regulator, ArsR family  44.93 
 
 		 118 aa  48.1  0.00004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1060  ArsR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 96 aa  48.1  0.00004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1032  transcription regulator, ArsR family  45.9 
 
 		 102 aa  47.8  0.00005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0509  transcriptional regulator, ArsR family  35.87 
 
 		 113 aa  47.8  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0131  ArsR family transcriptional regulator  40 
 
 		 125 aa  47.4  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000212185 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0425  ArsR family transcriptional regulator  40 
 
 		 127 aa  47  0.00008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0377  transcriptional regulator, ArsR family  37.68 
 
 		 89 aa  46.2  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1439  transcriptional regulator, ArsR family  32.91 
 
 		 125 aa  46.2  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5422  transcriptional regulator, ArsR family  36.71 
 
 		 112 aa  46.2  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.424313 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4613  ArsR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 120 aa  46.6  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.296682 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2026  transcriptional regulator, ArsR family  35.29 
 
 		 111 aa  46.6  0.0001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1556  putative transcriptional regulator, ArsR family  34.18 
 
 		 102 aa  45.8  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1506  transcriptional regulator, ArsR family  35.14 
 
 		 94 aa  45.4  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0938666  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2876  ArsR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 134 aa  45.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.557946  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1476  transcriptional regulator, ArsR family  39.71 
 
 		 111 aa  45.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.381385  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0027  ArsR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 107 aa  45.1  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.669383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0794  regulatory protein ArsR  36.67 
 
 		 120 aa  44.7  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0740  transcriptional regulator, ArsR family  32.43 
 
 		 95 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116934  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5418  transcriptional regulator, ArsR family  35.14 
 
 		 124 aa  44.3  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.697465 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0671  transcriptional regulator, ArsR family  34.62 
 
 		 112 aa  44.3  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0723  ArsR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 126 aa  44.7  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.425262 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0553  transcriptional regulator, ArsR family  34.25 
 
 		 122 aa  44.3  0.0006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2639  transcriptional regulator, ArsR family  38.57 
 
 		 98 aa  44.3  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.981864  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>