248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2223 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2223  regulatory protein, ArsR  100 
 
 		 104 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.539963  normal  0.22354 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3241  ArsR family transcriptional regulator  89.42 
 
 		 104 aa  194  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2454  transcriptional regulator, ArsR family  88.46 
 
 		 104 aa  190  7e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3183  ArsR family transcriptional regulator  80.58 
 
 		 106 aa  172  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00771422  normal  0.767767 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4243  ArsR family transcriptional regulator  74.51 
 
 		 103 aa  163  6.9999999999999995e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.263403 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0350  putative transcriptional regulator, ArsR family  49.47 
 
 		 103 aa  91.7  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.401247  normal  0.883846 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4762  ArsR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 112 aa  90.9  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0331788  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0718  putative transcriptional regulator, ArsR family  47.17 
 
 		 114 aa  90.9  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.42746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5770  ArsR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 121 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0369  regulatory protein ArsR  48.51 
 
 		 109 aa  90.1  8e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1550  putative transcriptional regulator, ArsR family  44.44 
 
 		 113 aa  90.1  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.292281  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0805  putative transcriptional regulator, ArsR family  47.17 
 
 		 114 aa  89.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.621414  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2717  putative transcriptional regulator, ArsR family  44.44 
 
 		 113 aa  87.4  5e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3305  transcriptional regulator, ArsR family  48.08 
 
 		 102 aa  87.4  6e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00155793 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2004  transcriptional regulator, ArsR family  48.08 
 
 		 102 aa  87  7e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1865  ArsR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 102 aa  86.3  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2079  ArsR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 102 aa  85.5  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.027067  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0337  regulatory protein ArsR  46.53 
 
 		 109 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0293  regulatory protein ArsR  46.53 
 
 		 109 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.850219 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0714  ArsR family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 109 aa  85.1  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.303207 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1860  ArsR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 102 aa  84.7  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.205916  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1830  ArsR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 102 aa  84.7  4e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1814  ArsR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 102 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2002  ArsR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 102 aa  84.7  4e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2036  transcriptional regulator, ArsR family  47.12 
 
 		 102 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.6853e-23 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2115  transcriptional regulator, ArsR family  47.12 
 
 		 102 aa  84.3  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.710341  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1060  transcriptional regulator, ArsR family  47 
 
 		 145 aa  84  7e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0738542  normal  0.488039 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2082  ArsR family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 99 aa  84  7e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4394  transcriptional regulator, ArsR family  43.69 
 
 		 109 aa  83.6  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2189  regulatory protein, ArsR  44.66 
 
 		 111 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00226868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0547  transcriptional regulator ArsR family  42.42 
 
 		 116 aa  81.3  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3623  transcriptional regulator, ArsR family  50.53 
 
 		 106 aa  80.5  0.000000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2404  transcriptional regulator, ArsR family  42.72 
 
 		 99 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3914  ArsR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 111 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3018  transcriptional regulator, ArsR family  43.16 
 
 		 118 aa  79.3  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7389  transcriptional regulator  43.56 
 
 		 103 aa  78.6  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1253  ArsR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 111 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.138533  normal  0.278406 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0522  transcriptional regulator, ArsR family  43.62 
 
 		 112 aa  77.8  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1280  ArsR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 111 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.775463 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4138  ArsR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 111 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0311  putative transcriptional regulator, ArsR family  40.4 
 
 		 103 aa  76.3  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0946199 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8780  putative transcriptional regulator, ArsR family  44.79 
 
 		 111 aa  75.5  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5430  transcriptional regulator, ArsR family  44.12 
 
 		 110 aa  75.1  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0491229  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4322  putative transcriptional regulator, ArsR family  42.86 
 
 		 105 aa  74.7  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.247363  normal  0.980075 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0370  ArsR family transcriptional regulator  40 
 
 		 103 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0318166  normal  0.038128 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0942  putative transcriptional regulator, ArsR family  40.43 
 
 		 120 aa  74.3  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.165129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4325  transcriptional regulator, ArsR family  44.68 
 
 		 133 aa  73.9  0.0000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08070  transcriptional regulator, ArsR family  45.56 
 
 		 105 aa  73.6  0.0000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22810  transcriptional regulator, ArsR family  45.26 
 
 		 113 aa  73.2  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.231302  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2093  ArsR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 112 aa  72.8  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0709  ArsR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 121 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00366962  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2083  putative transcriptional regulator, ArsR family  41.51 
 
 		 104 aa  70.5  0.000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0043757  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0380  putative ArsR family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 115 aa  70.1  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4195  ArsR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 118 aa  70.1  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00545727 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05320  transcriptional regulator, ArsR family  42.27 
 
 		 114 aa  68.9  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.884086 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08020  transcriptional regulator, ArsR family  42.27 
 
 		 114 aa  67.4  0.00000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.769769  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0090  putative transcriptional regulator, ArsR family  42.7 
 
 		 109 aa  66.6  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.885774  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4039  transcriptional regulator, ArsR family  41.35 
 
 		 110 aa  66.6  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2306  ArsR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 116 aa  65.5  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0982229 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3200  putative transcriptional regulator, ArsR family  43.43 
 
 		 121 aa  65.9  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0289294 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8136  putative transcriptional regulator, ArsR family  39.8 
 
 		 127 aa  63.9  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0886361  normal  0.250619 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7520  putative transcriptional regulator, ArsR family  37.25 
 
 		 124 aa  63.9  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3804  regulatory protein, ArsR  41.67 
 
 		 130 aa  63.2  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4661  regulatory protein ArsR  39.6 
 
 		 123 aa  62  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.330103  hitchhiker  0.00772902 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1432  putative transcriptional regulator, ArsR family  40.86 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.173171  normal  0.355549 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1715  transcriptional regulator, ArsR family  34.83 
 
 		 114 aa  58.5  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01250  transcriptional regulator, ArsR family  38.38 
 
 		 115 aa  58.2  0.00000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4728  ArsR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 107 aa  58.2  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.631655  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4814  ArsR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 107 aa  58.2  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.393155 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5113  ArsR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 107 aa  58.2  0.00000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906955  normal  0.239964 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5328  regulatory protein, ArsR  40 
 
 		 111 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1032  transcription regulator, ArsR family  51.67 
 
 		 102 aa  52  0.000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1247  ArsR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 98 aa  51.2  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6418  transcriptional regulator, ArsR family  41.54 
 
 		 124 aa  50.4  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2432  transcriptional regulator, ArsR family  37.1 
 
 		 95 aa  50.4  0.000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00680056  normal  0.462104 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0126  regulatory protein, ArsR  43.08 
 
 		 125 aa  50.1  0.000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1060  ArsR family transcriptional regulator  50 
 
 		 96 aa  49.7  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1506  transcriptional regulator, ArsR family  31.71 
 
 		 94 aa  48.1  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0938666  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0344  transcriptional regulator, ArsR family  44.78 
 
 		 118 aa  48.1  0.00004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0131  ArsR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 125 aa  47.8  0.00005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000212185 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2855  transcriptional regulator, ArsR family  39.78 
 
 		 100 aa  47  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.293533  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0310  transcriptional regulator, ArsR family  34.02 
 
 		 104 aa  47  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0925537 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4112  ArsR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 137 aa  47  0.00009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.919638 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0506  ArsR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 118 aa  46.6  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2318  ArsR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 114 aa  46.6  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.136085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3014  ArsR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 119 aa  46.6  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0824395  normal  0.0135705 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5422  transcriptional regulator, ArsR family  36.62 
 
 		 112 aa  46.2  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.424313 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2999  ArsR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 130 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3045  ArsR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 119 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0693  regulatory protein, ArsR  42.65 
 
 		 110 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0273557 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2347  ArsR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 109 aa  46.2  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0654  putative transcriptional regulator, ArsR family  37.65 
 
 		 109 aa  45.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.153505 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1040  ArsR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 120 aa  45.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.425807  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4878  transcriptional regulator, TrmB  46.55 
 
 		 109 aa  45.4  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4184  regulatory protein ArsR  37.5 
 
 		 135 aa  45.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4613  ArsR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 120 aa  45.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.296682 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5611  ArsR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 103 aa  45.4  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0740  transcriptional regulator, ArsR family  31.94 
 
 		 95 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116934  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0554  regulatory protein ArsR  35.62 
 
 		 114 aa  45.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2949  regulatory protein, ArsR  30.3 
 
 		 126 aa  45.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.394398  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>