More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1267 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1267  radical SAM family protein  100 
 
 		 473 aa  973    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.361932  normal  0.190487 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0479  radical SAM domain-containing protein  58.79 
 
 		 471 aa  589  1e-167  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0417  radical SAM family protein  61.17 
 
 		 457 aa  559  1e-158  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2456  radical SAM domain-containing protein  54 
 
 		 470 aa  516  1.0000000000000001e-145  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4492  Radical SAM domain protein  28.7 
 
 		 460 aa  109  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.153991  normal  0.0565392 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003598  arylsulfatase regulator  25.98 
 
 		 440 aa  107  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.527576  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1460  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 		 461 aa  102  1e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000686349  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3298  radical SAM domain-containing protein  27.11 
 
 		 450 aa  102  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000268991  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0945  Radical SAM domain protein  26.94 
 
 		 453 aa  101  3e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00793831  normal  0.0982171 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2069  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  25.82 
 
 		 398 aa  98.2  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000256382 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1398  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  25.82 
 
 		 398 aa  97.8  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00310802 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1414  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  25.82 
 
 		 398 aa  97.8  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.634455  normal  0.453788 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1888  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  25.82 
 
 		 398 aa  97.8  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.422634  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0409  radical SAM domain-containing protein  24.93 
 
 		 439 aa  97.4  5e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6677  radical SAM family protein  27.49 
 
 		 470 aa  95.9  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.444981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0534  Radical SAM domain protein  23.64 
 
 		 447 aa  96.3  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00011095  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2595  Radical SAM domain protein  26.08 
 
 		 397 aa  96.3  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0848982 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1507  radical SAM domain-containing protein  27.25 
 
 		 381 aa  96.3  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.385023 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2700  arylsulfatase regulator  27.11 
 
 		 380 aa  95.5  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00619293  normal  0.114693 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1381  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  25.54 
 
 		 398 aa  94.7  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.238344 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0029  Radical SAM domain protein  27.36 
 
 		 452 aa  94.7  3e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0762  Radical SAM domain protein  26.02 
 
 		 476 aa  94.4  4e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.502838  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2157  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 		 402 aa  92.4  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1754  Radical SAM domain protein  22.41 
 
 		 447 aa  92.4  2e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0305986  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0616  anaerobic sulfatase-maturase  22.68 
 
 		 370 aa  91.7  3e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.512735  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2981  Radical SAM domain protein  27.69 
 
 		 477 aa  90.9  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0847138  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2476  radical SAM domain-containing protein  25.26 
 
 		 476 aa  90.9  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.187942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0763  Radical SAM domain protein  23.78 
 
 		 407 aa  90.5  6e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1676  radical SAM domain-containing protein  24.87 
 
 		 385 aa  90.5  6e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2473  radical SAM domain-containing protein  26.61 
 
 		 458 aa  90.1  7e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000751779  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1786  Radical SAM domain protein  23.44 
 
 		 489 aa  90.1  9e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0257396  hitchhiker  0.00364528 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3461  radical SAM domain protein  25.2 
 
 		 476 aa  89.7  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.361209 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2308  radical SAM domain-containing protein  24.47 
 
 		 476 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.195773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2944  radical SAM domain-containing protein  25.2 
 
 		 476 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.388692  normal  0.122709 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01455  hypothetical protein  24.87 
 
 		 385 aa  89  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2149  Radical SAM domain protein  24.87 
 
 		 385 aa  89  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.967723  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2160  radical SAM domain-containing protein  24.87 
 
 		 385 aa  89  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.821975 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01468  hypothetical protein  24.87 
 
 		 385 aa  89  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2110  radical SAM domain protein  24.87 
 
 		 385 aa  89  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73629  normal  0.549751 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1582  radical SAM domain-containing protein  24.87 
 
 		 385 aa  89  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.28073  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3391  radical SAM domain-containing protein  25.82 
 
 		 800 aa  88.6  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.228566 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1479  Radical SAM domain protein  25.92 
 
 		 414 aa  88.6  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4174  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  26.45 
 
 		 447 aa  88.2  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4293  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  25.15 
 
 		 431 aa  87.8  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0906  radical SAM family protein  22.22 
 
 		 450 aa  87.8  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000066146  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1008  Radical SAM domain protein  22.37 
 
 		 460 aa  87.8  4e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2974  radical SAM family protein  25.65 
 
 		 477 aa  87  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1914  Radical SAM domain protein  28.53 
 
 		 376 aa  86.3  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1687  radical SAM domain-containing protein  24.6 
 
 		 385 aa  86.3  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4919  Radical SAM domain protein  24.15 
 
 		 476 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000220499  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  26.65 
 
 		 496 aa  86.3  0.000000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2206  radical SAM domain-containing protein  27.97 
 
 		 456 aa  86.3  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000327652  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4353  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  24.85 
 
 		 431 aa  85.9  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0893  radical SAM domain-containing protein  26.22 
 
 		 385 aa  85.9  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.22841  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0623  Radical SAM domain protein  22.71 
 
 		 453 aa  85.5  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000646743  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4197  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  26.16 
 
 		 431 aa  85.1  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2198  radical SAM domain-containing protein  24.22 
 
 		 457 aa  84.7  0.000000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1909  radical SAM domain-containing protein  24.22 
 
 		 450 aa  84.7  0.000000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00558063  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4246  chondroitin sulfate/heparin utilization regulation protein  24.85 
 
 		 431 aa  84.7  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.598382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1379  radical SAM domain-containing protein  23.05 
 
 		 391 aa  84  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3149  putative sulfatase regulator  22.75 
 
 		 391 aa  84  0.000000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.997665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1264  putative sulfatase regulator  22.75 
 
 		 391 aa  84  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4179  Radical SAM domain protein  25.42 
 
 		 411 aa  83.6  0.000000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000042782  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2101  Radical SAM domain protein  22.81 
 
 		 369 aa  83.2  0.000000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4314  arylsulfatase-activating protein AslB  26.05 
 
 		 411 aa  82.8  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000133586  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0433  radical SAM domain-containing protein  26.65 
 
 		 365 aa  82.8  0.00000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.293902  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3003  radical SAM domain-containing protein  22.16 
 
 		 436 aa  82  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00234995  hitchhiker  0.0000159012 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0871  radical SAM domain-containing protein  22.87 
 
 		 489 aa  82  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.128121  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2479  radical SAM domain-containing protein  22.16 
 
 		 436 aa  82  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.657358  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0912  Radical SAM domain protein  25.07 
 
 		 367 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0100915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5236  arylsulfatase-activating protein AslB  25.14 
 
 		 411 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000331519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4120  arylsulfatase-activating protein AslB  26.05 
 
 		 411 aa  82  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000574144  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2577  radical SAM domain-containing protein  22.16 
 
 		 436 aa  81.3  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1372  radical SAM domain-containing protein  27.02 
 
 		 356 aa  80.9  0.00000000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.618298 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1525  protein tyrosine phosphatase  25.98 
 
 		 381 aa  80.9  0.00000000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.469946  normal  0.164235 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0946  Radical SAM domain protein  25.57 
 
 		 492 aa  80.1  0.00000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.21013  normal  0.166002 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0109  Radical SAM domain protein  25.22 
 
 		 465 aa  80.1  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2423  radical SAM family protein  25.99 
 
 		 473 aa  80.1  0.00000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000017109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0349  radical SAM domain-containing protein  23.67 
 
 		 427 aa  79.7  0.00000000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  26.78 
 
 		 380 aa  79.3  0.0000000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0383  radical SAM domain-containing protein  28.16 
 
 		 380 aa  79.3  0.0000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.0000167403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1560  radical SAM family protein  24.59 
 
 		 388 aa  79  0.0000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.101502  normal  0.842747 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  27.12 
 
 		 389 aa  78.6  0.0000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0580  radical SAM domain-containing protein  24.34 
 
 		 389 aa  78.2  0.0000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.185035  normal  0.0438607 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0602  arylsulfatase regulator, putative  22.97 
 
 		 280 aa  78.2  0.0000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 		 384 aa  78.2  0.0000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4206  radical SAM domain-containing protein  24.08 
 
 		 411 aa  78.2  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000150338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2436  Radical SAM domain protein  22.28 
 
 		 407 aa  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0678  radical SAM domain-containing protein  26.12 
 
 		 464 aa  77.4  0.0000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.628302  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1017  Radical SAM domain protein  25.7 
 
 		 345 aa  77.4  0.0000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1532  Radical SAM domain protein  24.29 
 
 		 405 aa  77.4  0.0000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.171129  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  27.47 
 
 		 377 aa  77.4  0.0000000000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4019  arylsulfatase-activating protein AslB  23.8 
 
 		 411 aa  77  0.0000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000197695  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0467  radical SAM domain-containing protein  24.38 
 
 		 383 aa  77  0.0000000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.103489  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2651  Radical SAM domain protein  25.42 
 
 		 415 aa  77  0.0000000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.135076 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3080  arylsulfatase regulator  23.23 
 
 		 438 aa  76.6  0.0000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.482835  normal  0.0699226 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3560  radical SAM domain-containing protein  23.48 
 
 		 435 aa  76.6  0.0000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.291344 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03675  predicted regulator of arylsulfatase activity  25 
 
 		 411 aa  76.6  0.0000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00136934  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03624  hypothetical protein  25 
 
 		 411 aa  76.6  0.0000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00100971  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4165  arylsulfatase-activating protein AslB  24.72 
 
 		 411 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000104917  normal  0.969874 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>