More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3340 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3340  regulatory protein GntR, HTH:GntR-like  100 
 
 		 254 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0714467 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2247  GntR domain protein  84.65 
 
 		 242 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6461  GntR domain protein  37.9 
 
 		 257 aa  146  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0712738  hitchhiker  0.00000516822 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5550  putative GntR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 240 aa  138  8.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3534  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 248 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0913049  normal  0.268016 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4982  GntR domain protein  38.76 
 
 		 229 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2365  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 251 aa  122  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0740393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5865  GntR domain-containing protein  37.31 
 
 		 230 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119327  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11478  transcriptional regulator, GntR family protein  28.77 
 
 		 233 aa  95.9  6e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 233 aa  95.1  9e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  33.9 
 
 		 255 aa  87  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2645  GntR domain protein  30.56 
 
 		 254 aa  86.7  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  30.14 
 
 		 238 aa  87  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 256 aa  85.9  6e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 247 aa  84.7  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3301  GntR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 249 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0570986 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 249 aa  84  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  31.28 
 
 		 235 aa  83.2  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  28.57 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6767  GntR domain protein  29.68 
 
 		 240 aa  82  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  34.24 
 
 		 231 aa  82  0.000000000000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 255 aa  82  0.000000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2876  GntR domain protein  32.06 
 
 		 245 aa  82  0.000000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  34.46 
 
 		 239 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3247  Uxu operon transcriptional regulator  24.77 
 
 		 249 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 256 aa  81.3  0.00000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3428  Uxu operon transcriptional regulator  24.77 
 
 		 249 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000900091 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 255 aa  81.3  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3323  Uxu operon transcriptional regulator  24.77 
 
 		 249 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.784875 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  27.68 
 
 		 218 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 245 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3331  Uxu operon transcriptional regulator  28.04 
 
 		 249 aa  80.5  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.172597 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3530  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 247 aa  80.1  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0642963  normal  0.159703 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  31.03 
 
 		 240 aa  79.7  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21660  transcriptional regulator, GntR family  31.16 
 
 		 235 aa  79.7  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 255 aa  79.7  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  29.49 
 
 		 258 aa  79.3  0.00000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  29.85 
 
 		 235 aa  79  0.00000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  25.53 
 
 		 228 aa  79  0.00000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  25.53 
 
 		 228 aa  78.6  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  29.82 
 
 		 233 aa  78.6  0.00000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 252 aa  78.6  0.00000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  26.34 
 
 		 218 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1464  GntR domain protein  31.03 
 
 		 249 aa  78.2  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.232072 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1195  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 218 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187106  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  26.34 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2418  GntR domain-containing protein  30.85 
 
 		 238 aa  78.2  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.211481 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0503  regulatory protein GntR HTH  24.66 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.290884  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3742  GntR domain-containing protein  30.04 
 
 		 269 aa  77  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0553  GntR domain protein  32.64 
 
 		 253 aa  77  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1215  GntR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 218 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0659277  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 218 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1314  GntR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 218 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  28.43 
 
 		 215 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3125  GntR domain-containing protein  34.83 
 
 		 248 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.062959 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1391  transcriptional regulator, GntR family  26.79 
 
 		 218 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  30 
 
 		 245 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0036  GntR domain-containing protein  28.23 
 
 		 255 aa  77.8  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  29.56 
 
 		 238 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1455  transcriptional regulator, GntR family  26.79 
 
 		 218 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0356  GntR domain-containing protein  27.06 
 
 		 238 aa  77  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1872  GntR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.345922  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 255 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  32.04 
 
 		 255 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 255 aa  76.3  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0525  transcriptional regulator, GntR family  30.33 
 
 		 214 aa  76.6  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4343  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 246 aa  76.3  0.0000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3688  GntR domain protein  31.56 
 
 		 248 aa  76.6  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0554  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 239 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1432  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 239 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  32.04 
 
 		 255 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4037  GntR domain protein  32.41 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0457  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 239 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3567  GntR domain-containing protein  30.41 
 
 		 245 aa  76.3  0.0000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  27.18 
 
 		 247 aa  75.9  0.0000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  27.04 
 
 		 243 aa  75.9  0.0000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  27.18 
 
 		 247 aa  75.9  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  28.89 
 
 		 255 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  27.18 
 
 		 247 aa  75.9  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2181  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 228 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.79016  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  30.66 
 
 		 250 aa  75.5  0.0000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1415  GntR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 218 aa  75.5  0.0000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  27.96 
 
 		 241 aa  75.5  0.0000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4331  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 214 aa  75.5  0.0000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.67 
 
 		 257 aa  75.1  0.0000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4733  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 214 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4496  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 214 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4343  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 214 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4847  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 214 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  24.49 
 
 		 252 aa  74.7  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4728  transcriptional regulator, GntR family  30.33 
 
 		 214 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4717  transcriptional regulator, GntR family  30.33 
 
 		 214 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  28.18 
 
 		 245 aa  74.7  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3280  GntR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 257 aa  73.9  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4712  transcriptional regulator, GntR family  31.35 
 
 		 189 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  33.84 
 
 		 258 aa  73.9  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  30.22 
 
 		 264 aa  74.3  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  30.88 
 
 		 253 aa  73.9  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1120  GntR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 218 aa  74.3  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.595793 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  29.72 
 
 		 230 aa  73.6  0.000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>