More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2697 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2697  transport system permease protein  100 
 
 		 352 aa  671    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0794792  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3610  transport system permease protein  59.18 
 
 		 360 aa  360  3e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.137689 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0282  transport system permease protein  55 
 
 		 371 aa  353  2.9999999999999997e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.669954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0575  transport system permease protein  55.52 
 
 		 357 aa  341  1e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0806  ABC transporter permease  57.76 
 
 		 359 aa  335  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.129539  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0865  ABC transporter permease  57.47 
 
 		 359 aa  335  5.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3036  transport system permease protein  57.43 
 
 		 360 aa  334  1e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0920  ABC transporter permease  57.64 
 
 		 359 aa  334  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.421925 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0897  ABC transporter permease  57.35 
 
 		 359 aa  333  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.660141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0834  ABC transporter permease  57.23 
 
 		 359 aa  332  7.000000000000001e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1099  transport system permease protein  59.01 
 
 		 360 aa  330  2e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.122873  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1239  transport system permease protein  57.88 
 
 		 360 aa  323  3e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3530  transport system permease protein  51.16 
 
 		 365 aa  321  9.999999999999999e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1539  iron chelate ABC transporter permease  58.02 
 
 		 353 aa  320  3e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.337435 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2750  transport system permease protein  58.02 
 
 		 360 aa  320  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2425  transport system permease protein  54.49 
 
 		 356 aa  320  3e-86  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2668  iron chelate ABC transporter permease  58.02 
 
 		 360 aa  320  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7104  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  55.91 
 
 		 360 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2756  transport system permease protein  58.96 
 
 		 360 aa  317  2e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00602737  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3222  transport system permease protein  56.37 
 
 		 360 aa  317  3e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118278 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2250  transport system permease protein  48.59 
 
 		 356 aa  315  7e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.235988 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2028  transport system permease protein  49.01 
 
 		 356 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4419  transport system permease protein  49.55 
 
 		 355 aa  300  3e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347706 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1219  ABC transporter membrane spanning protein (iron)  50.45 
 
 		 360 aa  297  2e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.11373  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0466  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  47.93 
 
 		 347 aa  296  3e-79  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2568  transport system permease protein  56.08 
 
 		 344 aa  295  8e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0538415  normal  0.392221 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3090  transport system permease protein  52.56 
 
 		 360 aa  292  7e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1695  transport system permease protein  49.19 
 
 		 354 aa  280  3e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.347986  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2734  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  46.41 
 
 		 347 aa  273  3e-72  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000167037  hitchhiker  0.000165993 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1703  heme/hemin ABC transporter, permease protein  41.89 
 
 		 352 aa  273  3e-72  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0026  transport system permease protein  45.15 
 
 		 331 aa  270  2e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4770  transport system permease protein  54.45 
 
 		 353 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0798  transport system permease protein  53.43 
 
 		 343 aa  262  8e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.180919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7623  ABC transporter membrane spanning protein (iron)  43.34 
 
 		 354 aa  256  6e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0744  transport system permease protein  43.49 
 
 		 345 aa  254  1.0000000000000001e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.290337 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2719  transport system permease protein  43.79 
 
 		 352 aa  233  5e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000728456  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2634  iron chelate ABC transporter permease protein  43.79 
 
 		 352 aa  231  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000212766  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2099  transport system permease protein  40.52 
 
 		 350 aa  224  2e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1709  transport system permease protein  41.99 
 
 		 319 aa  223  4e-57  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  36.89 
 
 		 367 aa  221  9.999999999999999e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0443  transport system permease protein  39.86 
 
 		 355 aa  220  3e-56  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1620  transport system permease protein  41.26 
 
 		 350 aa  217  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1094  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  35.73 
 
 		 373 aa  216  4e-55  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0044816  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  35.11 
 
 		 362 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1638  transport system permease protein  42.31 
 
 		 383 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.250999  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0734  transport system permease protein  38.85 
 
 		 344 aa  209  4e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.000000000599785  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  37.97 
 
 		 357 aa  208  1e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1186  transport system permease protein  43.42 
 
 		 369 aa  208  1e-52  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0758  transport system permease protein  38.51 
 
 		 344 aa  207  2e-52  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0240676  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1353  transport system permease protein  39.39 
 
 		 363 aa  206  5e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  36.84 
 
 		 357 aa  203  3e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0247  transport system permease protein  36.36 
 
 		 359 aa  203  4e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0151644  normal  0.610007 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  36 
 
 		 348 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1217  transport system permease protein  42.12 
 
 		 362 aa  201  9.999999999999999e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00189959  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1041  transport system permease protein  43.06 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1491  transport system permease protein  35.92 
 
 		 348 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.105364  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1089  hypothetical protein  37.8 
 
 		 355 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  36.84 
 
 		 354 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0431  transport system permease protein  36.42 
 
 		 374 aa  199  5e-50  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0429  transport system permease protein  38.75 
 
 		 348 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  34.25 
 
 		 360 aa  197  3e-49  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1871  iron(III) dicitrate transport system permease protein  35.03 
 
 		 356 aa  196  7e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.71238  normal  0.187048 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0290  transport system permease protein  33.71 
 
 		 361 aa  193  4e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.602088  normal  0.107419 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2330  transport system permease protein  36.79 
 
 		 370 aa  191  1e-47  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.970298  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0274  transport system permease protein  38.19 
 
 		 358 aa  191  1e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00246015  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  41.41 
 
 		 347 aa  191  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1153  hypothetical protein  34.82 
 
 		 375 aa  189  8e-47  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0250  transport system permease protein  35.9 
 
 		 340 aa  189  9e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1623  iron(III) dicitrate transport system permease protein  39.19 
 
 		 356 aa  188  1e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0877318  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0498  transport system permease protein  38.95 
 
 		 349 aa  182  9.000000000000001e-45  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0506043  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1822  transport system permease protein  36.08 
 
 		 350 aa  182  1e-44  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2398  hypothetical protein  37.23 
 
 		 361 aa  181  2e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.384157 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  35.78 
 
 		 370 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  36.28 
 
 		 343 aa  177  3e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  33.81 
 
 		 359 aa  177  4e-43  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1048  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  36.9 
 
 		 336 aa  176  4e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.522195  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3058  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  37.87 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0494  transport system permease protein  38.13 
 
 		 336 aa  172  5.999999999999999e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.877978  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2261  iron(III) ABC transporter, permease protein  33.63 
 
 		 343 aa  171  1e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.618819 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  35 
 
 		 356 aa  171  2e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0344  transport system permease protein  36.31 
 
 		 363 aa  170  3e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5389  transport system permease protein  39.14 
 
 		 346 aa  170  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0238432  normal  0.284357 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1652  transport system permease protein  39.94 
 
 		 357 aa  169  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  37.1 
 
 		 381 aa  167  2e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  37.63 
 
 		 334 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  37.63 
 
 		 334 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0485  transport system permease protein  35.69 
 
 		 357 aa  167  4e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.644371  hitchhiker  0.000336075 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  33.61 
 
 		 366 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  42.01 
 
 		 347 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  38.72 
 
 		 354 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  34.48 
 
 		 330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  37.32 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  37.32 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  37.32 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1473  iron(III) ABC transporter, permease protein  33.82 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2233  iron compound ABC transporter, permease protein, putative  32.13 
 
 		 339 aa  164  3e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0722413  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  37.24 
 
 		 371 aa  164  3e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5101  transport system permease protein  38.53 
 
 		 346 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00326561  normal  0.03131 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  38.44 
 
 		 358 aa  163  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1748  transport system permease protein  32.31 
 
 		 347 aa  163  4.0000000000000004e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>