More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2698 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  617  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  93.38 
 
 		 303 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  92.72 
 
 		 303 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  92.38 
 
 		 303 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  55.45 
 
 		 312 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  55.45 
 
 		 307 aa  341  1e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  49.33 
 
 		 344 aa  305  6e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  42.09 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  42.62 
 
 		 307 aa  242  6e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.67 
 
 		 305 aa  242  7e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  43.69 
 
 		 310 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  43.79 
 
 		 293 aa  226  4e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 304 aa  223  3e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 335 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 289 aa  216  4e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 309 aa  214  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 322 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 298 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 299 aa  212  7e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 289 aa  211  9e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 294 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 323 aa  209  3e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 		 307 aa  210  3e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 		 307 aa  210  3e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 296 aa  209  3e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 323 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 294 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 294 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  37.93 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.58 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 303 aa  207  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 353 aa  206  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 306 aa  206  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 295 aa  206  4e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 302 aa  205  6e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 303 aa  205  7e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 355 aa  205  7e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 296 aa  205  8e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.38 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 324 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2945  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.78 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.23 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.9 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 349 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 294 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 349 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 324 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 349 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 299 aa  203  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 349 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 367 aa  203  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 367 aa  202  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 338 aa  202  5e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3131  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 309 aa  202  6e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 351 aa  202  6e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 351 aa  202  6e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 289 aa  202  6e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 349 aa  202  6e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 351 aa  202  6e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 349 aa  202  6e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 351 aa  202  6e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  37.46 
 
 		 351 aa  202  6e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 351 aa  202  6e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 351 aa  202  6e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  39.08 
 
 		 297 aa  202  6e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 351 aa  202  6e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 302 aa  202  8e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 294 aa  201  9e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 297 aa  201  9e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  36.46 
 
 		 289 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  36.4 
 
 		 289 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  36.4 
 
 		 289 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1228  transcriptional regulator, LysR family  37.87 
 
 		 305 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 324 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 362 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 292 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 324 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 322 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 349 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 324 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>