More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3056 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4189  succinyldiaminopimelate transaminase  84.92 
 
 		 398 aa  708    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.199864  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1588  succinyldiaminopimelate transaminase  84.89 
 
 		 398 aa  705    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.133702  normal  0.347765 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1531  aminotransferase, classes I and II  82.53 
 
 		 397 aa  686    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1480  succinyldiaminopimelate transaminase  81.95 
 
 		 402 aa  673    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1340  succinyldiaminopimelate transaminase  81.11 
 
 		 397 aa  678    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.313049 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1143  succinyldiaminopimelate transaminase  84.17 
 
 		 399 aa  700    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.385883  normal  0.91788 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1098  succinyldiaminopimelate transaminase  82.03 
 
 		 399 aa  678    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4085  succinyldiaminopimelate transaminase  85.64 
 
 		 398 aa  708    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.930262 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39020  succinyldiaminopimelate transaminase  80.3 
 
 		 398 aa  655    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0524021  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17030  succinyldiaminopimelate transaminase  81.95 
 
 		 402 aa  672    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3056  succinyldiaminopimelate transaminase  100 
 
 		 398 aa  814    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.433541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2551  aminotransferase, class I and II  65.91 
 
 		 400 aa  533  1e-150  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.138065  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2603  succinyldiaminopimelate transaminase  63.57 
 
 		 407 aa  525  1e-148  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1153  succinyldiaminopimelate transaminase  63.22 
 
 		 398 aa  508  1e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0560  succinyldiaminopimelate transaminase  63.57 
 
 		 399 aa  506  9.999999999999999e-143  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.370858  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1866  succinyldiaminopimelate transaminase  63.13 
 
 		 396 aa  501  1e-140  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.402909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2124  succinyldiaminopimelate transaminase  59.9 
 
 		 399 aa  496  1e-139  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1491  succinyldiaminopimelate transaminase  61.46 
 
 		 398 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.997861  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0252  succinyldiaminopimelate transaminase  60.5 
 
 		 401 aa  488  1e-137  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3617  succinyldiaminopimelate transaminase  60.45 
 
 		 401 aa  485  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00115899  normal  0.0503817 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2485  succinyldiaminopimelate transaminase  60.45 
 
 		 400 aa  477  1e-133  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.354726  normal  0.111472 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1807  succinyldiaminopimelate transaminase  59.41 
 
 		 400 aa  463  1e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0274  succinyldiaminopimelate transaminase  58.71 
 
 		 409 aa  459  9.999999999999999e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1891  succinyldiaminopimelate transaminase  59.85 
 
 		 399 aa  458  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1850  succinyldiaminopimelate transaminase  56.06 
 
 		 397 aa  458  9.999999999999999e-129  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0598613  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2047  succinyldiaminopimelate transaminase  56.1 
 
 		 409 aa  457  1e-127  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1394  succinyldiaminopimelate transaminase  57.61 
 
 		 417 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1386  succinyldiaminopimelate transaminase  56.96 
 
 		 396 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.849578 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1813  succinyldiaminopimelate transaminase  57.71 
 
 		 402 aa  454  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1267  succinyldiaminopimelate transaminase  57.86 
 
 		 399 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.589506  normal  0.362674 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1331  succinyldiaminopimelate transaminase  57.86 
 
 		 399 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.785266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1997  succinyldiaminopimelate transaminase  56.54 
 
 		 405 aa  449  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.356902 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1727  succinyldiaminopimelate transaminase  56.39 
 
 		 396 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.963211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1221  succinyldiaminopimelate transaminase  57.61 
 
 		 398 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1269  aminotransferase class I and II  55.19 
 
 		 395 aa  446  1.0000000000000001e-124  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.58359 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1032  succinyldiaminopimelate transaminase  58.9 
 
 		 397 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2515  succinyldiaminopimelate transaminase  56.9 
 
 		 407 aa  446  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2048  succinyldiaminopimelate transaminase  56.72 
 
 		 410 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2066  succinyldiaminopimelate transaminase  59.45 
 
 		 404 aa  441  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.595829 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1889  succinyldiaminopimelate transaminase  59.7 
 
 		 404 aa  442  1e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6048  succinyldiaminopimelate transaminase  56.72 
 
 		 410 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2029  succinyldiaminopimelate transaminase  56.72 
 
 		 410 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0555  succinyldiaminopimelate transaminase  52.68 
 
 		 409 aa  439  9.999999999999999e-123  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00147864 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1248  succinyldiaminopimelate transaminase  56.72 
 
 		 410 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5338  succinyldiaminopimelate transaminase  55.8 
 
 		 410 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.271745 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2193  succinyldiaminopimelate transaminase  57.04 
 
 		 397 aa  440  9.999999999999999e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1930  succinyldiaminopimelate transaminase  55.64 
 
 		 420 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.4255 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2466  succinyldiaminopimelate transaminase  55.22 
 
 		 405 aa  436  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000138526 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0393  succinyldiaminopimelate transaminase  53.66 
 
 		 408 aa  436  1e-121  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205919 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1671  succinyldiaminopimelate transaminase  55.22 
 
 		 405 aa  433  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0235103 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0439  succinyldiaminopimelate transaminase  52.66 
 
 		 412 aa  431  1e-120  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1469  aminotransferase, class I and II  56.17 
 
 		 399 aa  431  1e-119  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2720  succinyldiaminopimelate transaminase  55.8 
 
 		 403 aa  429  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0250139  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2017  succinyldiaminopimelate transaminase  55.1 
 
 		 420 aa  424  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1348  succinyldiaminopimelate transaminase  53.33 
 
 		 434 aa  421  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.248718 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1424  succinyldiaminopimelate transaminase  56.61 
 
 		 410 aa  418  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000365494  normal  0.0284066 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0044  succinyldiaminopimelate transaminase  52.42 
 
 		 405 aa  416  9.999999999999999e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2061  succinyldiaminopimelate transaminase  56.51 
 
 		 387 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2504  succinyldiaminopimelate transaminase  55.28 
 
 		 410 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181196  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2068  succinyldiaminopimelate transaminase  55.28 
 
 		 410 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.854431  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3244  succinyldiaminopimelate transaminase  55.28 
 
 		 410 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.667849  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1565  succinyldiaminopimelate transaminase  55.04 
 
 		 415 aa  408  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.155441  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1340  succinyldiaminopimelate transaminase  55.28 
 
 		 410 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2448  succinyldiaminopimelate transaminase  55.04 
 
 		 410 aa  408  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.805274  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1498  aminotransferase class I and II  53.13 
 
 		 401 aa  393  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.632779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1821  aminotransferase, classes I and II  53.13 
 
 		 406 aa  394  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4601  aminotransferase class I and II  44.42 
 
 		 398 aa  314  9.999999999999999e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2899  aminotransferase, class I and II  43.48 
 
 		 392 aa  306  3e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.24547  normal  0.890178 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0427  aminotransferase  43.15 
 
 		 393 aa  301  1e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1494  aminotransferase  42.46 
 
 		 392 aa  297  2e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0109617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0144  aminotransferase, class I and II  42.46 
 
 		 392 aa  296  3e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.680923  normal  0.141638 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3706  aminotransferase  42.49 
 
 		 460 aa  288  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1301  aminotransferase class I and II  41.98 
 
 		 413 aa  282  7.000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54822 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2672  aminotransferase, class I and II  41.62 
 
 		 397 aa  278  8e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0759  hypothetical protein  40.57 
 
 		 378 aa  277  3e-73  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0344164  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0060  aminotransferase class I and II  42.53 
 
 		 393 aa  266  5.999999999999999e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.119317  hitchhiker  0.0000032787 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0376  aminotransferase, class I and II  43.37 
 
 		 420 aa  265  8e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0082  aminotransferase, class I and II  41.86 
 
 		 423 aa  265  1e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0909898 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0491  aminotransferase class I and II  38.56 
 
 		 376 aa  264  2e-69  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0089  aminotransferase, class I and II  41.34 
 
 		 423 aa  264  2e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.789487  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0132  aminotransferase  39.79 
 
 		 404 aa  260  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.926406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0059  aminotransferase  40.43 
 
 		 392 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.419945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0275  aminotransferase, class I and II  41.88 
 
 		 438 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.224598 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0445  aminotransferase, class I and II  40.86 
 
 		 412 aa  252  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.335861 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0281  aminotransferase class I and II  40.1 
 
 		 408 aa  246  4e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0769639  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1842  aminotransferase class I and II  39.29 
 
 		 416 aa  232  8.000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.134959  normal  0.168146 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1002  aminotransferase class I and II  32.65 
 
 		 386 aa  208  2e-52  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3944  aminotransferase class I and II  35.34 
 
 		 388 aa  199  7e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082916 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1431  LL-diaminopimelate aminotransferase  33.25 
 
 		 388 aa  193  3e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0361  LL-diaminopimelate aminotransferase  32.15 
 
 		 389 aa  186  4e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0125788 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3971  aminotransferase class I and II  33.76 
 
 		 396 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.661843  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3893  aminotransferase class I and II  33.51 
 
 		 396 aa  182  1e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3830  succinyldiaminopimelate aminotransferase  33.85 
 
 		 383 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0054  aminotransferase, class I and II  31.49 
 
 		 388 aa  175  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.848733 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0074  aminotransferase  33.75 
 
 		 405 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0487  LL-diaminopimelate aminotransferase  32.7 
 
 		 387 aa  169  6e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1695  LL-diaminopimelate aminotransferase  28.75 
 
 		 392 aa  169  1e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.126823  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0633  aminotransferase  30.2 
 
 		 384 aa  168  1e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1080  aminotransferase class I and II  30.4 
 
 		 401 aa  168  2e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.695177  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1603  LL-diaminopimelate aminotransferase  31.9 
 
 		 392 aa  168  2e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0791506  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>