More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1588 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1588  succinyldiaminopimelate transaminase  100 
 
 
398 aa  816    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.133702  normal  0.347765 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1531  aminotransferase, classes I and II  82.53 
 
 
397 aa  684    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1340  succinyldiaminopimelate transaminase  82.12 
 
 
397 aa  681    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.313049 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3056  succinyldiaminopimelate transaminase  84.89 
 
 
398 aa  705    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.433541  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1098  succinyldiaminopimelate transaminase  81.01 
 
 
399 aa  678    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4085  succinyldiaminopimelate transaminase  96.73 
 
 
398 aa  793    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.930262 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1480  succinyldiaminopimelate transaminase  80.1 
 
 
402 aa  669    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39020  succinyldiaminopimelate transaminase  80.05 
 
 
398 aa  657    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0524021  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1143  succinyldiaminopimelate transaminase  96.74 
 
 
399 aa  794    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.385883  normal  0.91788 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4189  succinyldiaminopimelate transaminase  99.75 
 
 
398 aa  812    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.199864  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17030  succinyldiaminopimelate transaminase  80.35 
 
 
402 aa  672    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2603  succinyldiaminopimelate transaminase  64.07 
 
 
407 aa  530  1e-149  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2551  aminotransferase, class I and II  63.38 
 
 
400 aa  516  1.0000000000000001e-145  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.138065  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0252  succinyldiaminopimelate transaminase  61.35 
 
 
401 aa  506  9.999999999999999e-143  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1866  succinyldiaminopimelate transaminase  63.38 
 
 
396 aa  501  1e-141  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.402909  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1153  succinyldiaminopimelate transaminase  62.22 
 
 
398 aa  499  1e-140  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0560  succinyldiaminopimelate transaminase  62.16 
 
 
399 aa  499  1e-140  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.370858  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1491  succinyldiaminopimelate transaminase  59.45 
 
 
398 aa  485  1e-136  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.997861  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3617  succinyldiaminopimelate transaminase  59.31 
 
 
401 aa  478  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00115899  normal  0.0503817 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2124  succinyldiaminopimelate transaminase  56.71 
 
 
399 aa  476  1e-133  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2485  succinyldiaminopimelate transaminase  59.7 
 
 
400 aa  471  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.354726  normal  0.111472 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1850  succinyldiaminopimelate transaminase  56.68 
 
 
397 aa  461  9.999999999999999e-129  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0598613  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2047  succinyldiaminopimelate transaminase  56.45 
 
 
409 aa  456  1e-127  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1727  succinyldiaminopimelate transaminase  56.53 
 
 
396 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.963211  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0555  succinyldiaminopimelate transaminase  54.39 
 
 
409 aa  453  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00147864 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1891  succinyldiaminopimelate transaminase  58.85 
 
 
399 aa  451  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1269  aminotransferase class I and II  53.77 
 
 
395 aa  449  1e-125  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.58359 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1221  succinyldiaminopimelate transaminase  58.04 
 
 
398 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1386  succinyldiaminopimelate transaminase  57.25 
 
 
396 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.849578 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0393  succinyldiaminopimelate transaminase  52.93 
 
 
408 aa  439  9.999999999999999e-123  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00205919 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1331  succinyldiaminopimelate transaminase  54.98 
 
 
399 aa  435  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.785266  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1807  succinyldiaminopimelate transaminase  55.83 
 
 
400 aa  435  1e-121  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1267  succinyldiaminopimelate transaminase  54.98 
 
 
399 aa  435  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.589506  normal  0.362674 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1813  succinyldiaminopimelate transaminase  55.83 
 
 
402 aa  437  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0439  succinyldiaminopimelate transaminase  51.93 
 
 
412 aa  435  1e-121  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1394  succinyldiaminopimelate transaminase  55.47 
 
 
417 aa  434  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1889  succinyldiaminopimelate transaminase  58.31 
 
 
404 aa  434  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1469  aminotransferase, class I and II  55.39 
 
 
399 aa  433  1e-120  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2066  succinyldiaminopimelate transaminase  58.06 
 
 
404 aa  433  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.595829 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1032  succinyldiaminopimelate transaminase  57.61 
 
 
397 aa  434  1e-120  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0274  succinyldiaminopimelate transaminase  56.22 
 
 
409 aa  432  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2515  succinyldiaminopimelate transaminase  54.19 
 
 
407 aa  432  1e-120  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2193  succinyldiaminopimelate transaminase  55.03 
 
 
397 aa  431  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1997  succinyldiaminopimelate transaminase  53.94 
 
 
405 aa  428  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.356902 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0044  succinyldiaminopimelate transaminase  53.69 
 
 
405 aa  425  1e-118  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2720  succinyldiaminopimelate transaminase  54.95 
 
 
403 aa  423  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0250139  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6048  succinyldiaminopimelate transaminase  54.21 
 
 
410 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2048  succinyldiaminopimelate transaminase  54.21 
 
 
410 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2029  succinyldiaminopimelate transaminase  54.21 
 
 
410 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5338  succinyldiaminopimelate transaminase  53.09 
 
 
410 aa  420  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.271745 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1248  succinyldiaminopimelate transaminase  54.32 
 
 
410 aa  421  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2466  succinyldiaminopimelate transaminase  52.99 
 
 
405 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000138526 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1930  succinyldiaminopimelate transaminase  53.7 
 
 
420 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.4255 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1671  succinyldiaminopimelate transaminase  52.74 
 
 
405 aa  413  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0235103 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1348  succinyldiaminopimelate transaminase  51.85 
 
 
434 aa  408  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.248718 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2017  succinyldiaminopimelate transaminase  53.25 
 
 
420 aa  409  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1424  succinyldiaminopimelate transaminase  56.11 
 
 
410 aa  410  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000365494  normal  0.0284066 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2061  succinyldiaminopimelate transaminase  54.43 
 
 
387 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1340  succinyldiaminopimelate transaminase  54.15 
 
 
410 aa  398  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3244  succinyldiaminopimelate transaminase  54.15 
 
 
410 aa  398  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.667849  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2448  succinyldiaminopimelate transaminase  53.9 
 
 
410 aa  396  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.805274  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2068  succinyldiaminopimelate transaminase  54.15 
 
 
410 aa  398  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.854431  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1565  succinyldiaminopimelate transaminase  53.9 
 
 
415 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.155441  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2504  succinyldiaminopimelate transaminase  54.15 
 
 
410 aa  398  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181196  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1498  aminotransferase class I and II  52.25 
 
 
401 aa  382  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.632779  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1821  aminotransferase, classes I and II  52.25 
 
 
406 aa  382  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4601  aminotransferase class I and II  44.16 
 
 
398 aa  314  1.9999999999999998e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0427  aminotransferase  44.3 
 
 
393 aa  305  9.000000000000001e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2899  aminotransferase, class I and II  44.16 
 
 
392 aa  300  3e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.24547  normal  0.890178 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1494  aminotransferase  42.2 
 
 
392 aa  291  1e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0109617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0144  aminotransferase, class I and II  41.94 
 
 
392 aa  290  3e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.680923  normal  0.141638 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0759  hypothetical protein  40.77 
 
 
378 aa  286  4e-76  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0344164  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3706  aminotransferase  41.71 
 
 
460 aa  276  6e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1301  aminotransferase class I and II  41.29 
 
 
413 aa  273  3e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.54822 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0060  aminotransferase class I and II  41.58 
 
 
393 aa  270  2e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.119317  hitchhiker  0.0000032787 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2672  aminotransferase, class I and II  41.62 
 
 
397 aa  269  5e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0059  aminotransferase  39.39 
 
 
392 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.419945  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0491  aminotransferase class I and II  37.69 
 
 
376 aa  263  3e-69  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0132  aminotransferase  38.78 
 
 
404 aa  262  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.926406  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0376  aminotransferase, class I and II  41.4 
 
 
420 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0082  aminotransferase, class I and II  40.83 
 
 
423 aa  258  1e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0909898 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0089  aminotransferase, class I and II  40.05 
 
 
423 aa  256  5e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.789487  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0275  aminotransferase, class I and II  40.86 
 
 
438 aa  250  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.224598 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0445  aminotransferase, class I and II  40.05 
 
 
412 aa  246  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.335861 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0281  aminotransferase class I and II  38.73 
 
 
408 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0769639  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1842  aminotransferase class I and II  37.16 
 
 
416 aa  226  4e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.134959  normal  0.168146 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1002  aminotransferase class I and II  33.67 
 
 
386 aa  223  6e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1431  LL-diaminopimelate aminotransferase  34.1 
 
 
388 aa  207  3e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379208  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0361  LL-diaminopimelate aminotransferase  33.5 
 
 
389 aa  200  5e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0125788 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3944  aminotransferase class I and II  34.55 
 
 
388 aa  199  7.999999999999999e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.082916 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3971  aminotransferase class I and II  34.11 
 
 
396 aa  189  8e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.661843  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0487  LL-diaminopimelate aminotransferase  34.22 
 
 
387 aa  186  4e-46  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3830  succinyldiaminopimelate aminotransferase  33.85 
 
 
383 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1272  aminotransferase class I and II  30.89 
 
 
386 aa  184  2.0000000000000003e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3893  aminotransferase class I and II  33.59 
 
 
396 aa  184  3e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0074  aminotransferase  34.01 
 
 
405 aa  182  6e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0633  aminotransferase  32.06 
 
 
384 aa  182  7e-45  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2943  aminotransferase, class I and II  30.36 
 
 
382 aa  179  5.999999999999999e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00452348  normal  0.405903 
 
 
-
 
NC_002936  DET0739  LL-diaminopimelate aminotransferase  31.01 
 
 
388 aa  179  1e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0054  aminotransferase, class I and II  31.14 
 
 
388 aa  176  5e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.848733 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>