More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0275 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0275  aminotransferase, class I and II  100 
 
 		 438 aa  870    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.224598 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0089  aminotransferase, class I and II  75.36 
 
 		 423 aa  626  1e-178  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.789487  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0132  aminotransferase  74.33 
 
 		 404 aa  618  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.926406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0376  aminotransferase, class I and II  76.64 
 
 		 420 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0445  aminotransferase, class I and II  81.38 
 
 		 412 aa  609  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.335861 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0281  aminotransferase class I and II  75.55 
 
 		 408 aa  601  1e-170  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0769639  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0082  aminotransferase, class I and II  73.22 
 
 		 423 aa  592  1e-168  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0909898 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1842  aminotransferase class I and II  58.78 
 
 		 416 aa  401  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.134959  normal  0.168146 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1301  aminotransferase class I and II  47.89 
 
 		 413 aa  344  2e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54822 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1494  aminotransferase  47.37 
 
 		 392 aa  315  8e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0109617  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0427  aminotransferase  45.24 
 
 		 393 aa  315  8e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0144  aminotransferase, class I and II  47.11 
 
 		 392 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.680923  normal  0.141638 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2899  aminotransferase, class I and II  46.84 
 
 		 392 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.24547  normal  0.890178 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2672  aminotransferase, class I and II  48.45 
 
 		 397 aa  306  6e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0060  aminotransferase class I and II  47.12 
 
 		 393 aa  306  6e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.119317  hitchhiker  0.0000032787 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4601  aminotransferase class I and II  44.1 
 
 		 398 aa  286  5e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0059  aminotransferase  42.04 
 
 		 392 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.419945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2603  succinyldiaminopimelate transaminase  42.78 
 
 		 407 aa  284  3.0000000000000004e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1531  aminotransferase, classes I and II  43.56 
 
 		 397 aa  279  8e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3706  aminotransferase  41.67 
 
 		 460 aa  277  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0252  succinyldiaminopimelate transaminase  43.19 
 
 		 401 aa  277  3e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0044  succinyldiaminopimelate transaminase  40.55 
 
 		 405 aa  276  4e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1480  succinyldiaminopimelate transaminase  42.53 
 
 		 402 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1491  succinyldiaminopimelate transaminase  41.94 
 
 		 398 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.997861  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1153  succinyldiaminopimelate transaminase  42.35 
 
 		 398 aa  275  2.0000000000000002e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1340  succinyldiaminopimelate transaminase  42.89 
 
 		 397 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.313049 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1386  succinyldiaminopimelate transaminase  40.72 
 
 		 396 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.849578 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2485  succinyldiaminopimelate transaminase  42.6 
 
 		 400 aa  272  7e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.354726  normal  0.111472 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2515  succinyldiaminopimelate transaminase  42.05 
 
 		 407 aa  272  9e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1032  succinyldiaminopimelate transaminase  44.1 
 
 		 397 aa  272  1e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1269  aminotransferase class I and II  40.46 
 
 		 395 aa  270  2.9999999999999997e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.58359 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1866  succinyldiaminopimelate transaminase  44.25 
 
 		 396 aa  270  2.9999999999999997e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.402909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17030  succinyldiaminopimelate transaminase  42.01 
 
 		 402 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2124  succinyldiaminopimelate transaminase  41.58 
 
 		 399 aa  270  4e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3056  succinyldiaminopimelate transaminase  42.13 
 
 		 398 aa  268  1e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.433541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0560  succinyldiaminopimelate transaminase  41.73 
 
 		 399 aa  268  1e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.370858  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0555  succinyldiaminopimelate transaminase  39.29 
 
 		 409 aa  267  2e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00147864 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1098  succinyldiaminopimelate transaminase  42.64 
 
 		 399 aa  266  5e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0393  succinyldiaminopimelate transaminase  37.28 
 
 		 408 aa  265  2e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205919 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0439  succinyldiaminopimelate transaminase  36.91 
 
 		 412 aa  264  2e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1469  aminotransferase, class I and II  41.96 
 
 		 399 aa  263  3e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3617  succinyldiaminopimelate transaminase  40.76 
 
 		 401 aa  262  8.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00115899  normal  0.0503817 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2720  succinyldiaminopimelate transaminase  41.94 
 
 		 403 aa  262  8.999999999999999e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0250139  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1588  succinyldiaminopimelate transaminase  41.12 
 
 		 398 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.133702  normal  0.347765 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4085  succinyldiaminopimelate transaminase  41.6 
 
 		 398 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.930262 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39020  succinyldiaminopimelate transaminase  42.38 
 
 		 398 aa  261  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0524021  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2193  succinyldiaminopimelate transaminase  41.98 
 
 		 397 aa  260  3e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1143  succinyldiaminopimelate transaminase  41.01 
 
 		 399 aa  259  6e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.385883  normal  0.91788 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5338  succinyldiaminopimelate transaminase  41.75 
 
 		 410 aa  259  9e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.271745 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0274  succinyldiaminopimelate transaminase  41.54 
 
 		 409 aa  258  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4189  succinyldiaminopimelate transaminase  41.34 
 
 		 398 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.199864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1807  succinyldiaminopimelate transaminase  41.52 
 
 		 400 aa  258  2e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1850  succinyldiaminopimelate transaminase  40.26 
 
 		 397 aa  257  3e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0598613  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1671  succinyldiaminopimelate transaminase  39.69 
 
 		 405 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0235103 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2066  succinyldiaminopimelate transaminase  41.88 
 
 		 404 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.595829 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6048  succinyldiaminopimelate transaminase  40.98 
 
 		 410 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2048  succinyldiaminopimelate transaminase  40.98 
 
 		 410 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2029  succinyldiaminopimelate transaminase  40.98 
 
 		 410 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1891  succinyldiaminopimelate transaminase  40.21 
 
 		 399 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1889  succinyldiaminopimelate transaminase  42.13 
 
 		 404 aa  253  4.0000000000000004e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1221  succinyldiaminopimelate transaminase  41.33 
 
 		 398 aa  253  6e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2017  succinyldiaminopimelate transaminase  41.35 
 
 		 420 aa  252  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1348  succinyldiaminopimelate transaminase  37.77 
 
 		 434 aa  251  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.248718 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2466  succinyldiaminopimelate transaminase  39.43 
 
 		 405 aa  251  3e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000138526 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2551  aminotransferase, class I and II  38.52 
 
 		 400 aa  249  5e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.138065  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1930  succinyldiaminopimelate transaminase  41.3 
 
 		 420 aa  249  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.4255 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2061  succinyldiaminopimelate transaminase  41.03 
 
 		 387 aa  248  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3244  succinyldiaminopimelate transaminase  40.86 
 
 		 410 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.667849  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2068  succinyldiaminopimelate transaminase  40.86 
 
 		 410 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.854431  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2504  succinyldiaminopimelate transaminase  40.86 
 
 		 410 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181196  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1340  succinyldiaminopimelate transaminase  40.86 
 
 		 410 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1565  succinyldiaminopimelate transaminase  40.86 
 
 		 415 aa  246  8e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.155441  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1727  succinyldiaminopimelate transaminase  39.39 
 
 		 396 aa  246  8e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.963211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1424  succinyldiaminopimelate transaminase  39.69 
 
 		 410 aa  245  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000365494  normal  0.0284066 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1248  succinyldiaminopimelate transaminase  39.95 
 
 		 410 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2448  succinyldiaminopimelate transaminase  40.61 
 
 		 410 aa  244  3e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.805274  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1997  succinyldiaminopimelate transaminase  39.35 
 
 		 405 aa  240  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.356902 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1394  succinyldiaminopimelate transaminase  36.9 
 
 		 417 aa  239  6.999999999999999e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1821  aminotransferase, classes I and II  40.82 
 
 		 406 aa  238  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1498  aminotransferase class I and II  40.82 
 
 		 401 aa  238  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.632779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1331  succinyldiaminopimelate transaminase  36.64 
 
 		 399 aa  237  3e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.785266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2047  succinyldiaminopimelate transaminase  37.81 
 
 		 409 aa  236  8e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1267  succinyldiaminopimelate transaminase  35.88 
 
 		 399 aa  234  3e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.589506  normal  0.362674 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1813  succinyldiaminopimelate transaminase  38.83 
 
 		 402 aa  233  5e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0491  aminotransferase class I and II  32.48 
 
 		 376 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0759  hypothetical protein  34.69 
 
 		 378 aa  198  2.0000000000000003e-49  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0344164  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3944  aminotransferase class I and II  34.78 
 
 		 388 aa  185  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082916 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3971  aminotransferase class I and II  33.97 
 
 		 396 aa  184  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.661843  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3830  succinyldiaminopimelate aminotransferase  33.97 
 
 		 383 aa  184  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3893  aminotransferase class I and II  33.97 
 
 		 396 aa  182  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1002  aminotransferase class I and II  27.59 
 
 		 386 aa  176  9e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1381  LL-diaminopimelate aminotransferase  32.56 
 
 		 391 aa  162  1e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.704356  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1695  LL-diaminopimelate aminotransferase  29.87 
 
 		 392 aa  161  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.126823  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0074  aminotransferase  33.15 
 
 		 405 aa  160  5e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3098  aminotransferase class I and II  31.71 
 
 		 388 aa  158  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00347911  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0054  aminotransferase, class I and II  32.43 
 
 		 388 aa  154  4e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.848733 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2943  aminotransferase, class I and II  28.91 
 
 		 382 aa  152  1e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00452348  normal  0.405903 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0487  LL-diaminopimelate aminotransferase  31.35 
 
 		 387 aa  150  6e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0361  LL-diaminopimelate aminotransferase  28.61 
 
 		 389 aa  147  5e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0125788 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0017  aspartate aminotransferase  31.95 
 
 		 403 aa  145  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>