265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0806 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0806  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 		 411 aa  849    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168032 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0159  Pyridoxal-dependent decarboxylase  45.36 
 
 		 513 aa  318  1e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1867  pyridoxal-dependent decarboxylase  41.15 
 
 		 498 aa  314  1.9999999999999998e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2190  pyridoxal-dependent decarboxylase  40.8 
 
 		 474 aa  308  1.0000000000000001e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3073  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40.44 
 
 		 514 aa  295  1e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.441347  normal  0.218881 
 
 
-
 
NC_006693  CNH00560  sphinganine-1-phosphate aldolase, putative  40.24 
 
 		 546 aa  284  3.0000000000000004e-75  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1500  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.35 
 
 		 500 aa  279  5e-74  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.112242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1072  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.55 
 
 		 474 aa  279  8e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2597  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.4 
 
 		 498 aa  274  2.0000000000000002e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317944 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01989  conserved hypothetical protein similar to dihydrosphingosine phosphate lyase (Eurofung)  35.15 
 
 		 572 aa  272  7e-72  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.108973 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2562  Pyridoxal-dependent decarboxylase  38.5 
 
 		 468 aa  267  2e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000400331  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3961  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.37 
 
 		 478 aa  264  2e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87778  dihydrosphingosine-1-phosphate lyase  35.18 
 
 		 603 aa  256  6e-67  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_15730  predicted protein  36.27 
 
 		 442 aa  254  2.0000000000000002e-66  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0024811  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1873  pyridoxal-dependent decarboxylase  38.48 
 
 		 472 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.044289  normal  0.812242 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3418  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.99 
 
 		 472 aa  253  5.000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.3739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2912  sphingosine-1-phosphate lyase  37.66 
 
 		 473 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0389716  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1139  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  37.66 
 
 		 473 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.428342  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2756  sphingosine-1-phosphate lyase  37.66 
 
 		 473 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0451  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.54 
 
 		 425 aa  240  2.9999999999999997e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0038225 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0311  sphingosine-1-phosphate lyase  36.36 
 
 		 473 aa  236  8e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0935746  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2918  sphingosine-1-phosphate lyase  36.36 
 
 		 485 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2761  sphingosine-1-phosphate lyase  36.36 
 
 		 498 aa  233  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1143  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  36.36 
 
 		 473 aa  233  6e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764219  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0389  pyridoxal-dependent decarboxylase  37.16 
 
 		 499 aa  230  3e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0309  sphingosine-1-phosphate lyase  35.58 
 
 		 473 aa  229  8e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22660  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  36.71 
 
 		 483 aa  228  2e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119543  Sphingosine-1-phosphate lyase  35.07 
 
 		 532 aa  227  3e-58  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3997  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.91 
 
 		 516 aa  215  9.999999999999999e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.167245  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3373  Pyridoxal-dependent decarboxylase  33.65 
 
 		 494 aa  214  1.9999999999999998e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0563875  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0460  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.41 
 
 		 500 aa  208  2e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000172466 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2102  hypothetical protein  35.2 
 
 		 605 aa  200  3.9999999999999996e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2128  hypothetical protein  35.2 
 
 		 605 aa  197  2.0000000000000003e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3771  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.7 
 
 		 464 aa  188  1e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0013231  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1646  pyridoxal-dependent decarboxylase  35.92 
 
 		 531 aa  184  3e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.360042  hitchhiker  0.00112571 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0977  L-tyrosine decarboxylase  34.02 
 
 		 395 aa  178  1e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1636  L-tyrosine decarboxylase  32.84 
 
 		 384 aa  178  1e-43  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1732  L-tyrosine decarboxylase  32.28 
 
 		 379 aa  167  4e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1848  L-tyrosine decarboxylase  37.37 
 
 		 365 aa  162  1e-38  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1008  L-tyrosine decarboxylase  30.1 
 
 		 390 aa  159  1e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.461391  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1545  L-tyrosine decarboxylase  33.24 
 
 		 365 aa  159  1e-37  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0671702  hitchhiker  0.0000867545 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2611  L-tyrosine decarboxylase  34.42 
 
 		 369 aa  157  3e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2743  L-tyrosine decarboxylase  32.07 
 
 		 349 aa  152  1e-35  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1130  L-tyrosine decarboxylase  30.47 
 
 		 384 aa  152  1e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2080  L-tyrosine decarboxylase  32.45 
 
 		 363 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.895699 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0821  L-tyrosine decarboxylase  29.47 
 
 		 384 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.750414  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1547  L-tyrosine decarboxylase  29.02 
 
 		 384 aa  147  3e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.875736  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1436  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.27 
 
 		 374 aa  147  4.0000000000000006e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.687898  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2166  L-tyrosine decarboxylase  33.55 
 
 		 365 aa  144  3e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.511307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0805  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.72 
 
 		 361 aa  140  4.999999999999999e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2007  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.68 
 
 		 403 aa  140  6e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2599  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.46 
 
 		 365 aa  139  8.999999999999999e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1136  L-tyrosine decarboxylase  30.54 
 
 		 384 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2995  L-tyrosine decarboxylase  31.49 
 
 		 349 aa  135  9.999999999999999e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0591  L-tyrosine decarboxylase  27.83 
 
 		 355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0146124  normal  0.883082 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0045  glutamate decarboxylase  28.82 
 
 		 468 aa  110  5e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3467  glutamate decarboxylase  27.09 
 
 		 457 aa  109  7.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.43113  normal  0.0785631 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18041  glutamate decarboxylase  28.09 
 
 		 479 aa  106  8e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.171895 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2953  glutamate decarboxylase  29.24 
 
 		 464 aa  102  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05447  hypothetical glutamic acid decarboxylase (Eurofung)  25.73 
 
 		 515 aa  101  2e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.224544  normal  0.629944 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4739  glutamate decarboxylase  29.03 
 
 		 464 aa  100  7e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0551  glutamate decarboxylase  29.24 
 
 		 461 aa  99.8  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1197  glutamate decarboxylase beta  29.1 
 
 		 464 aa  99.8  7e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07278  glutamate decarboxylase (Eurofung)  24.94 
 
 		 521 aa  99  1e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2744  glutamate decarboxylase  27.03 
 
 		 468 aa  97.8  3e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0749502  hitchhiker  0.000505067 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1640  glutamate decarboxylase  28.72 
 
 		 470 aa  97.1  5e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3826  glutamate decarboxylase  28.91 
 
 		 461 aa  96.3  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03063  glutamate decarboxylase  27.67 
 
 		 464 aa  94.4  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6904  glutamate decarboxylase  28.65 
 
 		 473 aa  94  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3820  glutamate decarboxylase GadB  29.94 
 
 		 466 aa  93.2  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.143383 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01451  glutamate decarboxylase B, PLP-dependent  29.94 
 
 		 466 aa  92.8  9e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03365  glutamate decarboxylase A, PLP-dependent  29.94 
 
 		 466 aa  92.8  9e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0196  glutamate decarboxylase  29.94 
 
 		 466 aa  92.8  9e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2153  glutamate decarboxylase  29.94 
 
 		 466 aa  92.8  9e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.139052  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3720  glutamate decarboxylase GadA  29.94 
 
 		 466 aa  92.8  9e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4005  glutamate decarboxylase  29.94 
 
 		 466 aa  92.8  9e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1680  glutamate decarboxylase GadA  29.94 
 
 		 466 aa  92.8  9e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01464  hypothetical protein  29.94 
 
 		 466 aa  92.8  9e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03318  hypothetical protein  29.94 
 
 		 466 aa  92.8  9e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2106  glutamate decarboxylase GadA  29.94 
 
 		 466 aa  92.8  9e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.139391 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1756  glutamate decarboxylase GadB  29.94 
 
 		 466 aa  92.8  9e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.347541  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1682  glutamate decarboxylase GadB  29.94 
 
 		 466 aa  92.8  9e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0200  glutamate decarboxylase  29.94 
 
 		 466 aa  92.8  9e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.718769 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2164  glutamate decarboxylase  29.94 
 
 		 466 aa  92.8  9e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.19141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1578  glutamate decarboxylase GadB  29.94 
 
 		 466 aa  92.4  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4879  glutamate decarboxylase GadB  29.94 
 
 		 466 aa  92.8  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0181  glutamate decarboxylase  28.61 
 
 		 466 aa  90.5  4e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.305045 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5339  glutamate decarboxylase  26.69 
 
 		 468 aa  88.2  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0372  glutamate decarboxylase  31.1 
 
 		 466 aa  88.6  2e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.231865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0309  glutamate decarboxylase  29.73 
 
 		 455 aa  87.8  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0520233  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1039  Pyridoxal-dependent decarboxylase  24.92 
 
 		 412 aa  87.4  4e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2691  glutamate decarboxylase  28.52 
 
 		 489 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0236488  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL03700  glutamate decarboxylase, putative  28.67 
 
 		 557 aa  85.5  0.000000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03700  glutamate decarboxylase, putative  28.67 
 
 		 557 aa  85.5  0.000000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40180  Glutamate decarboxylase (GAD) (ERT D1)  27.17 
 
 		 569 aa  85.1  0.000000000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2315  glutamate decarboxylase  25.76 
 
 		 464 aa  85.1  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1766  glutamate decarboxylase  24.48 
 
 		 460 aa  83.2  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.184514 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2029  glutamate decarboxylase  27.15 
 
 		 466 aa  82.8  0.00000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4374  glutamate decarboxylase  23.97 
 
 		 466 aa  81.3  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.777962 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2341  glutamate decarboxylase  23.97 
 
 		 466 aa  79.7  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0367356  normal  0.0856253 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>