More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_1528 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1528  transcriptional regulator, RpiR family  100 
 
 		 320 aa  659    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 292 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 292 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 292 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 289 aa  166  5.9999999999999996e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  32.33 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  33.95 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 293 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 293 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 293 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  33.21 
 
 		 315 aa  149  6e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  34.14 
 
 		 333 aa  143  4e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 285 aa  143  5e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  31.88 
 
 		 299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  28.99 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  29.74 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  31.56 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  33.47 
 
 		 281 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  30.83 
 
 		 327 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  31.03 
 
 		 282 aa  126  5e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  32.1 
 
 		 279 aa  124  2e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 279 aa  122  9e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  27.41 
 
 		 280 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 279 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 284 aa  120  3e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1050  transcriptional regulator, RpiR family  27.38 
 
 		 272 aa  119  9e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  29.06 
 
 		 285 aa  117  3e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 290 aa  117  3e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  29.34 
 
 		 322 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 284 aa  117  3e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  29.04 
 
 		 284 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1556  putative transcription regulation repressor HEXR transcription regulator protein  31.82 
 
 		 277 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.889642  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 284 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3902  transcriptional regulator, RpiR family  27.27 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.46 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4555  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  27.27 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3937  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  27.27 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03961  DNA-binding transcriptional repressor  27.27 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03921  hypothetical protein  27.27 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 287 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0300  RpiR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 266 aa  113  4.0000000000000004e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0307  hypothetical protein  30.36 
 
 		 266 aa  113  4.0000000000000004e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  31.17 
 
 		 287 aa  112  6e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  28.68 
 
 		 284 aa  112  9e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  30.92 
 
 		 286 aa  112  9e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 287 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 318 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 287 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  31.17 
 
 		 287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  31.17 
 
 		 287 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 278 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  28.33 
 
 		 287 aa  111  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  28.63 
 
 		 291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 287 aa  110  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 287 aa  110  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.37 
 
 		 282 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2846  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.47 
 
 		 282 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.632746  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 287 aa  110  5e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  30.77 
 
 		 287 aa  109  5e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.97 
 
 		 282 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.97 
 
 		 282 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.97 
 
 		 282 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02455  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.94 
 
 		 282 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1107  transcriptional regulator, RpiR family  27.94 
 
 		 282 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.379447  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.94 
 
 		 282 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3796  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.94 
 
 		 282 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2926  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.94 
 
 		 282 aa  109  8.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02419  hypothetical protein  27.94 
 
 		 282 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.97 
 
 		 282 aa  109  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.94 
 
 		 282 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  28.46 
 
 		 283 aa  108  9.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3272  RpiR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 289 aa  108  9.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.854433  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1116  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.94 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1686  transcriptional regulator  30.66 
 
 		 272 aa  108  1e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0801516  hitchhiker  0.000000000302216 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0070  RpiR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 269 aa  108  2e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  28.52 
 
 		 342 aa  107  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3036  RpiR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0151  transcriptional regulator, RpiR family  29.82 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.15102  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3232  transcriptional regulator  28.62 
 
 		 274 aa  107  4e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0360083  normal  0.0600235 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 288 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  25.57 
 
 		 284 aa  106  5e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 288 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 273 aa  105  8e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3787  transcriptional regulator, RpiR family  31.88 
 
 		 280 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.925929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4864  transcriptional regulator, RpiR family  31.88 
 
 		 280 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.403808 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 282 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 282 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 282 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 282 aa  104  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 282 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 281 aa  104  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2083  RpiR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 285 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0788875 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  27.74 
 
 		 281 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 270 aa  103  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>