More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3117 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
256 aa  512  1e-144  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28960  Short-chain dehydrogenase/reductase, SDR family  65.43 
 
 
244 aa  317  2e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.67 
 
 
245 aa  306  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.66 
 
 
289 aa  294  8e-79  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.137743 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.62 
 
 
247 aa  294  1e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.505512  normal  0.660944 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1038  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.66 
 
 
247 aa  293  2e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00179214  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.66 
 
 
247 aa  292  3e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.104553  normal  0.448539 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.94 
 
 
245 aa  277  1e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.131331 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1830  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.18 
 
 
247 aa  262  4e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12368  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0401  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  58.01 
 
 
259 aa  258  9e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0616963  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.43 
 
 
247 aa  254  8e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.880623  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.65 
 
 
249 aa  251  6e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.748494  normal  0.932613 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.18 
 
 
248 aa  241  9e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1384  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
249 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.95107 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.14 
 
 
242 aa  237  1e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.967418  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6332  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.56 
 
 
249 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.526934  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0662  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.63 
 
 
249 aa  226  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.493963  normal  0.469625 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.63 
 
 
249 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.564594  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.2 
 
 
249 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.2 
 
 
249 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.82 
 
 
276 aa  218  6e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.155315 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.78 
 
 
249 aa  213  2.9999999999999995e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.184253  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.66 
 
 
249 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4419  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.25 
 
 
249 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.912648  hitchhiker  0.00281141 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
272 aa  176  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315563  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
268 aa  175  6e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
268 aa  174  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.710903  normal  0.301955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
271 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0362247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
266 aa  169  3e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.146439  normal  0.0308076 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.556145  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
267 aa  161  8.000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
271 aa  160  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
265 aa  157  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
314 aa  155  7e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
272 aa  154  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3645  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
268 aa  152  4e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  39.51 
 
 
271 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  38.4 
 
 
272 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46600  short chain dehydrogenase  44.57 
 
 
268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000918039  hitchhiker  0.00000172259 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
268 aa  146  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.122827 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4835  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
273 aa  144  9e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000227026 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10768  putative oxidoreductase  43.02 
 
 
304 aa  142  7e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.465871  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.33 
 
 
271 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0942  short chain dehydrogenase  41.08 
 
 
268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0069  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  35.89 
 
 
277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.367303  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  39.18 
 
 
270 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0065  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  35.29 
 
 
274 aa  137  1e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
338 aa  137  2e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
286 aa  137  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3209  short chain dehydrogenase  37.24 
 
 
268 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  46.63 
 
 
276 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  35.46 
 
 
283 aa  135  5e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3545  short chain dehydrogenase  41.24 
 
 
268 aa  135  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351676  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0796  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
281 aa  135  6.0000000000000005e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  35.2 
 
 
283 aa  134  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
275 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.94 
 
 
287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000201148  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 
272 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  35.34 
 
 
344 aa  133  3.9999999999999996e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  44.38 
 
 
276 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
285 aa  132  5e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
279 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851419  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
317 aa  131  9e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1300  short chain dehydrogenase  44.24 
 
 
268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6530  short chain dehydrogenase  44.24 
 
 
268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.744865  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1248  short chain dehydrogenase  38.81 
 
 
282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3541  short chain dehydrogenase  39.59 
 
 
270 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.100637  normal  0.0669938 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  37.4 
 
 
275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.1 
 
 
282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2942  short chain dehydrogenase  41.35 
 
 
280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.976984  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
272 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2049  short chain dehydrogenase  39.26 
 
 
286 aa  129  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000200632 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3447  short chain dehydrogenase  41.82 
 
 
268 aa  129  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
276 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6137  short chain dehydrogenase  43.64 
 
 
268 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647972  normal  0.683407 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.79 
 
 
285 aa  129  5.0000000000000004e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.958738  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  38.1 
 
 
278 aa  129  6e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2279  short chain dehydrogenase  41.53 
 
 
272 aa  128  7.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.15727 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0106  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
284 aa  129  7.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.417565  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
282 aa  128  9.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.889604  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7087  short chain dehydrogenase  42.53 
 
 
284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.42 
 
 
268 aa  127  1.0000000000000001e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.81 
 
 
279 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0206  short chain dehydrogenase  41.95 
 
 
284 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
273 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.38 
 
 
276 aa  128  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
266 aa  127  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.665507 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5364  short chain dehydrogenase  41.28 
 
 
270 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.778802  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.93 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1451  short chain dehydrogenase  42.03 
 
 
277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.3 
 
 
273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.01823 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6377  short chain dehydrogenase  42.03 
 
 
277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
307 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.86 
 
 
271 aa  126  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8863  short chain dehydrogenase  39.52 
 
 
282 aa  126  4.0000000000000003e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>