More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0040 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0040  response regulator  100 
 
 
239 aa  493  1e-138  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.55004e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1964  response regulator CheY  34.09 
 
 
244 aa  138  7e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0118313  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2803  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  29.65 
 
 
237 aa  100  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0586673  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3220  response regulator receiver domain-containing protein  28.57 
 
 
233 aa  100  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.975965  hitchhiker  0.00188513 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1407  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  29.82 
 
 
237 aa  99.4  5e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.38709e-07 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0877  response regulator  24.89 
 
 
248 aa  97.4  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200847  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0926  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  28.02 
 
 
233 aa  96.3  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.76006  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3986  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  24.78 
 
 
236 aa  92.4  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.694656  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3263  response regulator  25.82 
 
 
231 aa  86.3  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0058  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  27.07 
 
 
226 aa  79  6e-14  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.20235e-15 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0722  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  27.97 
 
 
240 aa  79  6e-14  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.84817e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0075  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  26.64 
 
 
227 aa  76.6  3e-13  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.124346  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0710  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  27.54 
 
 
240 aa  77  3e-13  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  35.23 
 
 
1366 aa  70.1  3e-11  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2401  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  30.93 
 
 
229 aa  66.2  5e-10  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2951  two component transcriptional regulator  29.01 
 
 
236 aa  63.9  2e-09  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  24.78 
 
 
231 aa  63.5  3e-09  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  4.30064e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  24.35 
 
 
231 aa  62.4  6e-09  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.19 
 
 
228 aa  61.2  1e-08  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1991  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 
235 aa  60.8  2e-08  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0896  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.41 
 
 
226 aa  60.5  2e-08  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.232326  hitchhiker  0.00518822 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3413  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 
252 aa  60.8  2e-08  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.427436 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2468  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.81 
 
 
1049 aa  60.1  3e-08  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.858637  normal  0.0946099 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1646  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 
391 aa  60.5  3e-08  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.930467  normal  0.0178265 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.48 
 
 
457 aa  60.5  3e-08  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0467  transcriptional regulator PhoB  29.06 
 
 
229 aa  59.7  4e-08  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00351  hypothetical protein  29.06 
 
 
229 aa  59.7  4e-08  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3234  transcriptional regulator PhoB  29.06 
 
 
229 aa  59.7  4e-08  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.456974  unclonable  8.19474e-09 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0318  transcriptional regulator PhoB  29.06 
 
 
229 aa  59.7  4e-08  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0475  transcriptional regulator PhoB  29.06 
 
 
229 aa  59.7  4e-08  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0652  two component LuxR family transcriptional regulator  31.52 
 
 
305 aa  59.7  4e-08  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  0.813173 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0427  transcriptional regulator PhoB  29.06 
 
 
229 aa  59.7  4e-08  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0932  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 
374 aa  59.7  4e-08  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3210  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  29.06 
 
 
229 aa  59.7  4e-08  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146413  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00347  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with PhoR (or CreC)  29.06 
 
 
229 aa  59.7  4e-08  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0429  transcriptional regulator PhoB  29.06 
 
 
229 aa  59.7  4e-08  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.283039  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0974  two component LuxR family transcriptional regulator  30.61 
 
 
309 aa  59.3  5e-08  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.883175  normal  0.426964 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1392  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.56 
 
 
584 aa  59.3  5e-08  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.623748  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2570  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.43 
 
 
239 aa  59.3  5e-08  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0987  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.03 
 
 
451 aa  59.3  5e-08  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0332728  normal  0.408822 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7562  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.97 
 
 
273 aa  58.9  6e-08  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.320599  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4702  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  26.67 
 
 
381 aa  59.3  6e-08  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0901362  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1307  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.81 
 
 
391 aa  58.9  6e-08  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2347  response regulator receiver protein  32.71 
 
 
202 aa  59.3  6e-08  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.56815  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4918  two component transcriptional regulator  32.72 
 
 
234 aa  59.3  6e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5629  GAF sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
2010 aa  58.9  6e-08  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.117507 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1441  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.7 
 
 
308 aa  58.5  8e-08  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0640  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 
233 aa  58.9  8e-08  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.772339  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2969  two component transcriptional regulator  29.55 
 
 
229 aa  58.5  9e-08  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  8.55765e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2370  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.61 
 
 
899 aa  58.5  9e-08  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.382891  normal  0.337313 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2149  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  28.18 
 
 
407 aa  58.5  9e-08  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.142048 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2575  chitin degradation sensor protein  27.66 
 
 
1127 aa  58.5  9e-08  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0834  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  34.56 
 
 
265 aa  58.2  1e-07  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0108417 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1074  response regulator receiver protein  28.21 
 
 
229 aa  58.5  1e-07  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  2.46777e-05  normal  0.491091 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1461  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.62 
 
 
225 aa  57.8  1e-07  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.616357  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0435  transcriptional regulator PhoB  29.06 
 
 
229 aa  58.2  1e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.464381  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0454  transcriptional regulator PhoB  29.06 
 
 
229 aa  58.2  1e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0441  transcriptional regulator PhoB  29.06 
 
 
229 aa  58.2  1e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.244741  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5261  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.9 
 
 
237 aa  58.2  1e-07  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.909356  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0593  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  27.72 
 
 
397 aa  58.5  1e-07  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.177467  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1090  response regulator receiver protein  31.87 
 
 
846 aa  57.8  1e-07  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.874134  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1118  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.09 
 
 
452 aa  57.8  1e-07  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000972917  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0496  transcriptional regulator PhoB  29.06 
 
 
229 aa  58.2  1e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0511  phosphate regulon transcriptional regulatory protein phoB  33.33 
 
 
234 aa  58.2  1e-07  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.473137 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2357  putative PAS/PAC sensor protein  28.69 
 
 
381 aa  58.2  1e-07  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4322  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.91 
 
 
231 aa  57.8  2e-07  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  29.89 
 
 
1306 aa  57.8  2e-07  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8215  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.65 
 
 
226 aa  57.4  2e-07  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0435  transcriptional regulator PhoB  29.06 
 
 
229 aa  57.4  2e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0979  response regulator receiver protein  31.82 
 
 
336 aa  57.8  2e-07  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0867  transcriptional regulator PhoB  28.21 
 
 
229 aa  57.8  2e-07  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.437737  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0337  two component transcriptional regulator  29.06 
 
 
227 aa  57.8  2e-07  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0893  winged helix family two component transcriptional regulator  31.29 
 
 
233 aa  57.4  2e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1826  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  24.19 
 
 
363 aa  57.8  2e-07  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3866  response regulator receiver  32.29 
 
 
309 aa  57.4  2e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.370865  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2281  two component transcriptional regulator  29.35 
 
 
229 aa  57.8  2e-07  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.331932  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4046  response regulator receiver  27.73 
 
 
225 aa  57.4  2e-07  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  29.91 
 
 
230 aa  57.4  2e-07  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.04 
 
 
337 aa  57  2e-07  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0997  response regulator receiver  33.67 
 
 
228 aa  57  2e-07  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2266  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  28.39 
 
 
230 aa  57  2e-07  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0781  two component transcriptional regulator  31.29 
 
 
233 aa  57.8  2e-07  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.174075 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6685  two component transcriptional regulator  30.77 
 
 
234 aa  56.6  3e-07  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599421  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  33.67 
 
 
455 aa  57  3e-07  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  35.58 
 
 
241 aa  57  3e-07  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10499  two component system sensor transduction protein regX3  33.67 
 
 
227 aa  57  3e-07  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  2.46064e-66  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1354  two component LuxR family transcriptional regulator  30.91 
 
 
349 aa  57  3e-07  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1250  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
309 aa  57  3e-07  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.886948  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1220  response regulator receiver protein  26.42 
 
 
130 aa  56.6  3e-07  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  29.91 
 
 
229 aa  56.6  3e-07  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0324  response regulator receiver protein  25.62 
 
 
126 aa  57  3e-07  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.336165  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3248  response regulator receiver protein  28.21 
 
 
121 aa  56.6  3e-07  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.500247 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0850  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.91 
 
 
226 aa  57  3e-07  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0483  two component transcriptional regulator  30.93 
 
 
229 aa  57  3e-07  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.342081  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0724  two component transcriptional regulator  29.91 
 
 
226 aa  56.6  3e-07  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  31.63 
 
 
457 aa  56.6  4e-07  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2194  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 
452 aa  56.2  4e-07  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.514859 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0654  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.65 
 
 
229 aa  56.2  4e-07  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.200991  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.89 
 
 
457 aa  56.2  4e-07  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  29.91 
 
 
229 aa  56.6  4e-07  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>