More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0877 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0877  response regulator  100 
 
 
248 aa  501  1e-141  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200847  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3986  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  51.72 
 
 
236 aa  257  1e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.694656  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2803  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  48.5 
 
 
237 aa  226  3e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0586673  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1407  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  47.64 
 
 
237 aa  224  1e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000138709 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3263  response regulator  45.49 
 
 
231 aa  211  7e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0926  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  44.25 
 
 
233 aa  206  2e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.76006  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0710  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  44.64 
 
 
240 aa  206  4e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0722  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  44.21 
 
 
240 aa  199  3e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.84817e-16 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3220  response regulator receiver domain-containing protein  40.43 
 
 
233 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.975965  hitchhiker  0.00188513 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0058  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  36.49 
 
 
226 aa  159  5e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000220235 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0075  response regulator receiver modulated PilZ sensor protein  35.07 
 
 
227 aa  157  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.124346  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1964  response regulator CheY  28.51 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0118313  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0040  response regulator  24.89 
 
 
239 aa  97.4  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000155004  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3309  response regulator receiver domain-containing protein  42.98 
 
 
121 aa  95.9  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0791773  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2443  response regulator receiver domain-containing protein  42.98 
 
 
121 aa  95.5  7e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.377248  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1431  response regulator receiver  42.98 
 
 
121 aa  95.1  8e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3039  response regulator receiver  42.15 
 
 
121 aa  95.1  9e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.403093  normal  0.253409 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0640  response regulator receiver protein  42.2 
 
 
123 aa  94.7  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0631  response regulator receiver protein  42.2 
 
 
123 aa  94.4  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2412  response regulator receiver domain-containing protein  41.32 
 
 
121 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.148654 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3859  response regulator receiver protein  39.17 
 
 
124 aa  93.6  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3542  response regulator receiver protein  41.32 
 
 
121 aa  92.4  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0606  response regulator receiver domain-containing protein  41.28 
 
 
123 aa  92.4  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1749  two component response regulator  38.66 
 
 
123 aa  92  8e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417168  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3678  response regulator receiver protein  38.98 
 
 
123 aa  91.3  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.716343  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0966  response regulator receiver  38.02 
 
 
126 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.734958  normal  0.0218415 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2814  response regulator receiver protein  39.32 
 
 
124 aa  90.9  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212392  normal  0.180632 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2709  response regulator receiver protein  42.28 
 
 
129 aa  90.5  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000000626377  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0906  response regulator receiver protein  38.02 
 
 
126 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0687715  normal  0.223091 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1212  response regulator receiver protein  35.54 
 
 
123 aa  90.5  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0925  response regulator receiver protein  37.82 
 
 
123 aa  90.5  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1347  response regulator receiver protein  36.97 
 
 
123 aa  90.1  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.57835  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4431  response regulator receiver domain-containing protein  42.45 
 
 
125 aa  89.4  5e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0930  response regulator receiver protein  37.19 
 
 
126 aa  89.4  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.41216  normal  0.177566 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0650  response regulator receiver protein  40.37 
 
 
123 aa  89.4  5e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.438565  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0758  response regulator receiver protein  40.52 
 
 
132 aa  89.4  5e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0540632 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4747  putative response regulator in two-component regulatory system (CheY-like protein)  38.79 
 
 
121 aa  89.4  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0229347  normal  0.575549 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1289  response regulator receiver protein  36.97 
 
 
123 aa  89  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0254052  hitchhiker  0.00394342 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1381  response regulator receiver protein  36.97 
 
 
123 aa  89  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.427616 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1331  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.91 
 
 
576 aa  88.6  8e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7418  response regulator receiver protein  38.14 
 
 
126 aa  88.6  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.149776  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0221  response regulator PleD  39.62 
 
 
460 aa  88.2  1e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0612  polar differentiation response regulator  37.29 
 
 
123 aa  88.2  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3109  response regulator receiver  38.53 
 
 
285 aa  88.2  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0893452  normal  0.677049 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0469  CheA signal transduction histidine kinase  40.68 
 
 
830 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.153889  normal  0.631146 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0576  polar differentiation response regulator  37.29 
 
 
134 aa  87.8  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0702  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  26.97 
 
 
331 aa  87.8  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.140022  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0743  response regulator receiver protein  39.66 
 
 
132 aa  88.2  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.07 
 
 
310 aa  87.4  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6680  response regulator receiver protein  38.14 
 
 
126 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2304  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.07 
 
 
870 aa  87.4  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3020  response regulator receiver protein  43.81 
 
 
121 aa  86.7  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.447611  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2387  two component transcriptional regulator  41.03 
 
 
229 aa  86.3  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00115026  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 
454 aa  86.7  4e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2900  response regulator receiver protein  43.81 
 
 
121 aa  85.5  7e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.197839  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3577  response regulator receiver protein  43.81 
 
 
121 aa  85.5  7e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.400966  normal  0.141746 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0287  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.64 
 
 
1160 aa  85.5  7e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0508  response regulator receiver domain-containing protein  43.14 
 
 
121 aa  85.1  9e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.481314  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0241  response regulator receiver protein  40.37 
 
 
123 aa  85.1  9e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1573  response regulator receiver protein  44.76 
 
 
121 aa  84.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0593  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
397 aa  84  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.177467  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2646  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.52 
 
 
1163 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.898724 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3000  response regulator receiver protein  41.75 
 
 
124 aa  84  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0902  response regulator receiver protein  42.86 
 
 
121 aa  84  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.844306 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3248  response regulator receiver protein  40.78 
 
 
121 aa  84  0.000000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.500247 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 
1771 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2712  sensor histidine kinase/response regulator  39.52 
 
 
1170 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1014  CheA signal transduction histidine kinase  40.68 
 
 
928 aa  83.6  0.000000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.186099  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1496  response regulator receiver protein  35.9 
 
 
127 aa  83.6  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.270703 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_137  DNA-binding response regulator  38.53 
 
 
123 aa  83.2  0.000000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1062  response regulator receiver protein  39.05 
 
 
120 aa  83.2  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.58489  hitchhiker  0.0000344775 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3206  response regulator receiver protein  35.54 
 
 
126 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.901142  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4176  response regulator receiver protein  38.53 
 
 
128 aa  82.8  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2089  diguanylate cyclase  36.7 
 
 
306 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.89 
 
 
235 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0423  response regulator receiver protein  33.88 
 
 
123 aa  82.8  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.89687 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2445  response regulator receiver  39.52 
 
 
1172 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00053345 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2308  response regulator receiver protein  41.18 
 
 
123 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2789  response regulator receiver domain-containing protein  33.9 
 
 
122 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1768  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.05 
 
 
1033 aa  82.8  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.046039  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3151  response regulator receiver protein  43.81 
 
 
120 aa  82.8  0.000000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.276361  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4952  response regulator receiver protein  42.16 
 
 
121 aa  82.8  0.000000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.699568  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0355  response regulator receiver protein  35.04 
 
 
161 aa  82.8  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.384709  normal  0.97064 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2890  peptidase M52, hydrogen uptake protein  33.62 
 
 
1053 aa  82.4  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
1651 aa  82.4  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1955  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.57 
 
 
236 aa  82.4  0.000000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.295041  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2662  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.82 
 
 
231 aa  82.4  0.000000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 
457 aa  82.4  0.000000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2975  response regulator receiver protein  41.67 
 
 
124 aa  82.4  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0989438  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3017  response regulator receiver protein  41.67 
 
 
124 aa  82.4  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.203071 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0497  response regulator receiver protein  37.93 
 
 
124 aa  82.4  0.000000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.41839  hitchhiker  0.0000227207 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0131  response regulator receiver  35.45 
 
 
132 aa  82  0.000000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1865  response regulator receiver protein  34.45 
 
 
123 aa  82  0.000000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.111325  normal  0.212824 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0960  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.19 
 
 
1245 aa  82  0.000000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3794  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.61 
 
 
376 aa  82  0.000000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0277983  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  38.32 
 
 
231 aa  81.3  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0257  response regulator receiver  40.57 
 
 
241 aa  81.3  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.926332  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3968  response regulator receiver protein  39.09 
 
 
125 aa  81.3  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  33.96 
 
 
231 aa  81.3  0.00000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2427  response regulator receiver protein  37.93 
 
 
159 aa  81.3  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.468058 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>