More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2572 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2572  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 414 aa  863    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  42.37 
 
 		 380 aa  345  8.999999999999999e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.283496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  39.35 
 
 		 419 aa  305  7e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  39.1 
 
 		 420 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  39.1 
 
 		 420 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  39.02 
 
 		 419 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  39.02 
 
 		 419 aa  301  1e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  38.34 
 
 		 408 aa  300  2e-80  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3196  extracellular solute-binding protein  38.5 
 
 		 419 aa  296  4e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461238  normal  0.154514 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  37.31 
 
 		 408 aa  296  4e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  38.5 
 
 		 417 aa  287  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  37.14 
 
 		 408 aa  285  8e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  37.8 
 
 		 422 aa  272  9e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  36.69 
 
 		 421 aa  271  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  35.26 
 
 		 412 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  35.26 
 
 		 412 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  35.7 
 
 		 412 aa  264  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  35.83 
 
 		 410 aa  263  3e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  35.7 
 
 		 412 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  33.25 
 
 		 417 aa  260  3e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  35.22 
 
 		 413 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  35.22 
 
 		 399 aa  252  7e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1248  extracellular solute-binding protein family 1  31.47 
 
 		 414 aa  227  3e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.494424  normal  0.639356 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3483  extracellular solute-binding protein  31.51 
 
 		 417 aa  224  2e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3838  extracellular solute-binding protein  31.22 
 
 		 420 aa  206  7e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754768  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0940  extracellular solute-binding protein family 1  30.11 
 
 		 441 aa  195  2e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.558741 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  29.71 
 
 		 424 aa  186  7e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  29.71 
 
 		 424 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3985  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 		 631 aa  177  4e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0580929  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0616  extracellular solute-binding protein family 1  32.05 
 
 		 432 aa  176  5e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3469  extracellular solute-binding protein family 1  30.79 
 
 		 446 aa  173  5.999999999999999e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7922  extracellular solute-binding protein family 1  29.78 
 
 		 445 aa  166  5e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3169  extracellular solute-binding protein family 1  30.26 
 
 		 445 aa  162  7e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.187022 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3379  extracellular solute-binding protein  29.02 
 
 		 445 aa  158  1e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1001  extracellular solute-binding protein family 1  28.49 
 
 		 427 aa  155  1e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.628257  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4906  extracellular solute-binding protein family 1  26.15 
 
 		 438 aa  142  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.507884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  27.76 
 
 		 434 aa  138  2e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  27.38 
 
 		 431 aa  134  3e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  26.16 
 
 		 441 aa  117  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  28.92 
 
 		 427 aa  107  5e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  22.54 
 
 		 414 aa  107  5e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  25.68 
 
 		 495 aa  102  1e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  23.02 
 
 		 415 aa  99.4  1e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.11 
 
 		 435 aa  97.8  3e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5673  extracellular solute-binding protein family 1  25.13 
 
 		 435 aa  97.1  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0285739  normal  0.0925972 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2325  extracellular solute-binding protein family 1  23.05 
 
 		 444 aa  93.6  6e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0032194  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  21.86 
 
 		 455 aa  92.4  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2151  extracellular solute-binding protein family 1  23.97 
 
 		 466 aa  90.9  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5137  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 		 433 aa  89.4  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319423  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0803  extracellular solute-binding protein  21.86 
 
 		 435 aa  89  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2234  extracellular solute-binding protein family 1  25.28 
 
 		 419 aa  89.4  1e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 		 435 aa  88.6  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  23.94 
 
 		 442 aa  87.8  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5435  extracellular solute-binding protein  25.64 
 
 		 414 aa  87.4  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207139 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  25.79 
 
 		 424 aa  86.7  8e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0208  extracellular solute-binding protein family 1  22.9 
 
 		 454 aa  84.7  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2083  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.53 
 
 		 412 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.206037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  21.99 
 
 		 427 aa  85.5  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3985  putative ABC sugar transporter (substrate binding protein)  25.55 
 
 		 419 aa  84.3  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01550  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.74 
 
 		 438 aa  84  0.000000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5887  extracellular solute-binding protein family 1  25.62 
 
 		 412 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2950  extracellular solute-binding protein  23.17 
 
 		 435 aa  82.4  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4568  extracellular solute-binding protein family 1  25.53 
 
 		 410 aa  82  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3716  extracellular solute-binding protein family 1  22.71 
 
 		 440 aa  82  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000472149 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  21.88 
 
 		 415 aa  82  0.00000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  24.71 
 
 		 427 aa  80.9  0.00000000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  23.36 
 
 		 441 aa  80.9  0.00000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  21.56 
 
 		 412 aa  80.5  0.00000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  22.95 
 
 		 441 aa  80.5  0.00000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1529  extracellular solute-binding protein  22.96 
 
 		 439 aa  80.5  0.00000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  23.99 
 
 		 424 aa  80.1  0.00000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2430  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 415 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.682399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0489  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 415 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0816838  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 		 434 aa  79.7  0.00000000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0968  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 415 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.278189  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.96 
 
 		 458 aa  79.3  0.0000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.197851  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4071  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  27.27 
 
 		 415 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00185695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0929  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 415 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2129  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  27.13 
 
 		 415 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3086  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  27.13 
 
 		 415 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1090  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 417 aa  78.6  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0782  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 415 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0847512  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2615  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 415 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.813067  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 415 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3052  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 415 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 415 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1553  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  26.2 
 
 		 415 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0365178  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1866  extracellular solute-binding protein family 1  23.82 
 
 		 434 aa  78.2  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0828  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 		 415 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00532301  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5027  extracellular solute-binding protein family 1  26.15 
 
 		 434 aa  78.2  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0894368  normal  0.625584 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0840  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 		 415 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.961003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  21.69 
 
 		 468 aa  77.4  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1685  extracellular solute-binding protein family 1  23.2 
 
 		 434 aa  77.4  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6357  extracellular solute-binding protein family 1  24.57 
 
 		 410 aa  76.6  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  23.24 
 
 		 448 aa  76.3  0.0000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2999  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 		 419 aa  75.9  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.662901  hitchhiker  0.0000395876 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2337  extracellular solute-binding protein family 1  22.31 
 
 		 411 aa  75.1  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.836128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3451  ABC sugar (maltose) transporter, periplasmic ligand binding protein  24.04 
 
 		 415 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000113592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2098  extracellular solute-binding protein family 1  22.31 
 
 		 411 aa  75.5  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.072788 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3251  extracellular solute-binding protein family 1  24.62 
 
 		 428 aa  75.1  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.292164  normal  0.0559218 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>