234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1972 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1972  prepilin-type cleavage/methylation  100 
 
 		 177 aa  360  6e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3340  methylation  38.12 
 
 		 172 aa  100  9e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000827612  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002375  MSHA pilin protein MshA  38.36 
 
 		 168 aa  100  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0138724  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3822  putative V10 pilin  38.1 
 
 		 163 aa  99.8  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0476  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  42 
 
 		 157 aa  98.6  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00258  MSHA pilin protein MshA  38.46 
 
 		 163 aa  97.1  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4409  methylation site containing protein  51.11 
 
 		 166 aa  96.7  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0397  methylation site containing protein  51.11 
 
 		 163 aa  94.7  6e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.061774  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0573  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  35.43 
 
 		 166 aa  94.4  7e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.200044 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3099  methylation site containing protein  37.85 
 
 		 172 aa  94.4  8e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0477  type IV pilus, mannose-sensitive hemagglutinin A  38.92 
 
 		 156 aa  93.2  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.581973  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0516  methylation site containing protein  42.99 
 
 		 172 aa  92  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00623258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0512  methylation site containing protein  31.35 
 
 		 182 aa  91.7  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000175657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3761  MSHA pilin protein MshA  34.09 
 
 		 178 aa  90.9  8e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000202365  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0473  methylation site containing protein  32.78 
 
 		 174 aa  90.5  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000513166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1141  V10 pilin  37.65 
 
 		 163 aa  89.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0491  methylation site containing protein  31.41 
 
 		 186 aa  88.6  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000497616  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0364  MshA, mannose-sensitive haemaglutinin  30.99 
 
 		 163 aa  87.8  8e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0735599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0551  MSHA pilin protein MshA  33.51 
 
 		 173 aa  87.4  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000258454  normal  0.542221 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3983  methylation site containing protein  44.34 
 
 		 165 aa  85.1  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0396  methylation site containing protein  34.13 
 
 		 169 aa  85.1  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0195536  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4105  MSHA pilin protein MshA  33.7 
 
 		 171 aa  85.1  5e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3479  methylation site containing protein  34.1 
 
 		 169 aa  84.3  8e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000294883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0567  methylation site containing protein  50 
 
 		 169 aa  84.3  9e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.468703  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02523  hypothetical protein  48.86 
 
 		 163 aa  84  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3656  methylation site containing protein  34.1 
 
 		 169 aa  84  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00406084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1388  methylation site containing protein  34.36 
 
 		 175 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1380  methylation site containing protein  32.98 
 
 		 190 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03692  hypothetical protein  42.99 
 
 		 151 aa  82.4  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3444  methylation site containing protein  29.95 
 
 		 167 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00280491 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0515  methylation site containing protein  43.27 
 
 		 168 aa  82  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000372661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2827  MSHA pilin protein MshA  45.83 
 
 		 178 aa  81.6  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.99325  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3760  methylation site containing protein  43.88 
 
 		 176 aa  81.6  0.000000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000143336  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0395  methylation site containing protein  44.12 
 
 		 211 aa  80.9  0.000000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0635812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3828  methylation site containing protein  47.19 
 
 		 172 aa  80.9  0.000000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000112537  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1101  methylation site containing protein  29.41 
 
 		 167 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000943511 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003563  type II secretory pathway pseudopilin PulG  45.45 
 
 		 163 aa  80.1  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3266  methylation site containing protein  29.28 
 
 		 167 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0550  methylation site containing protein  34.32 
 
 		 218 aa  79  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000424061  normal  0.764365 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4408  MSHA pilin protein MshA  44.12 
 
 		 170 aa  77.4  0.00000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00456827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3308  methylation site containing protein  28.02 
 
 		 167 aa  77  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0856  methylation site containing protein  31.72 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0461  MSHA pilin protein MshA  45.05 
 
 		 172 aa  77  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0552  MSHA pilin protein MshA  32.28 
 
 		 159 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00386307  normal  0.526597 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4569  MSHA pilin protein MshA  53.85 
 
 		 187 aa  76.3  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.442923  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3744  methylation site containing protein  46.15 
 
 		 173 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.144711  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3745  methylation site containing protein  40.21 
 
 		 201 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0403042  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0566  MSHA pilin protein MshB  42.39 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.571105  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3341  methylation  38.1 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000885834  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4410  methylation site containing protein  53.12 
 
 		 175 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000246782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3296  methylation site containing protein  57.38 
 
 		 173 aa  74.7  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0514  MSHA pilin protein MshB  37.38 
 
 		 205 aa  74.7  0.0000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00061527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3829  MSHA pilin protein MshB  37.38 
 
 		 205 aa  74.7  0.0000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000175672  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0490  MSHA pilin protein MshB  37.38 
 
 		 205 aa  74.3  0.0000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000965015  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0511  MSHA pilin protein MshB  37.38 
 
 		 205 aa  74.3  0.0000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000086206  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1176  hypothetical protein  29.14 
 
 		 163 aa  74.3  0.0000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1109  hypothetical protein  34.75 
 
 		 166 aa  74.3  0.0000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3821  hypothetical protein  57.38 
 
 		 173 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4106  MSHA pilin protein MshB  38.1 
 
 		 205 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0472  methylation site containing protein  37.38 
 
 		 205 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000795599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3657  methylation site containing protein  37.38 
 
 		 205 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000205665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0460  MSHA pilin protein MshB  41.49 
 
 		 201 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3480  methylation site containing protein  37.38 
 
 		 205 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000493749  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3762  methylation site containing protein  39.8 
 
 		 202 aa  72  0.000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000262752  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4411  methylation site containing protein  41.49 
 
 		 219 aa  71.2  0.000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000316241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3478  methylation site containing protein  52.31 
 
 		 169 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000141512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0760  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  39.05 
 
 		 156 aa  70.5  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.014468  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0067  hypothetical protein  37.63 
 
 		 169 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3690  methylation site containing protein  41.57 
 
 		 185 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0568  methylation site containing protein  50.77 
 
 		 169 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.238644  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0883  general secretion pathway protein H  57.41 
 
 		 146 aa  67.8  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0109332  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0708  methylation site containing protein  32.07 
 
 		 170 aa  67  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0386199  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0530  hypothetical protein  42.45 
 
 		 192 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3315  pilin, putative  53.33 
 
 		 185 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.540059  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0576  hypothetical protein  49.23 
 
 		 174 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0726397 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0898  hypothetical protein  33.71 
 
 		 172 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0872  hypothetical protein  33.71 
 
 		 172 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0907  hypothetical protein  33.71 
 
 		 172 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3464  hypothetical protein  33.71 
 
 		 172 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3758  hypothetical protein  49.23 
 
 		 174 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3074  pilin, putative  50 
 
 		 178 aa  65.1  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0464  hypothetical protein  42.27 
 
 		 191 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0176  prepilin-type cleavage/methylation  41.24 
 
 		 212 aa  65.1  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1956  hypothetical protein  43.68 
 
 		 189 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0620526  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3781  hypothetical protein  32.95 
 
 		 172 aa  64.3  0.0000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1033  pilin, putative  48.33 
 
 		 187 aa  63.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0234716  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1066  pilin, putative  48.33 
 
 		 187 aa  63.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00196226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3326  pilin, putative  48.33 
 
 		 187 aa  63.9  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0266287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0177  prepilin-type cleavage/methylation  56.98 
 
 		 186 aa  63.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0999  methylation site containing protein  30.64 
 
 		 164 aa  63.5  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0926979  normal  0.0597088 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1003  methylation site containing protein  30.64 
 
 		 164 aa  63.5  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.102399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0964  pilin, putative  48.33 
 
 		 187 aa  63.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0885526  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2452  methylation site containing protein  33.91 
 
 		 197 aa  63.5  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00816638  normal  0.444869 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3866  hypothetical protein  41.24 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0448  hypothetical protein  41.94 
 
 		 191 aa  62.4  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01338  hypothetical protein  35.79 
 
 		 195 aa  62.8  0.000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3268  hypothetical protein  56.36 
 
 		 125 aa  62  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.359601  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0842  hypothetical protein  47.06 
 
 		 193 aa  62  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2913  hypothetical protein  38.05 
 
 		 182 aa  61.6  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3316  methylation site containing protein  37.5 
 
 		 177 aa  61.2  0.000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.192216  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>