More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_0039 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  100 
 
 
297 aa  573  1e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  92.52 
 
 
295 aa  531  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  76.47 
 
 
303 aa  429  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  74.06 
 
 
318 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  76.27 
 
 
318 aa  423  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  73.04 
 
 
302 aa  418  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  72.7 
 
 
305 aa  413  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  71.77 
 
 
298 aa  398  1e-110  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  72.45 
 
 
298 aa  400  1e-110  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  71.67 
 
 
298 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  72.01 
 
 
298 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  7.82403e-07 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  56.46 
 
 
295 aa  273  3e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01269  transcriptional regulator  58.31 
 
 
338 aa  251  1e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.595927  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 
315 aa  191  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 
305 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 
309 aa  188  9e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 
307 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
305 aa  185  1e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 
304 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 
307 aa  182  7e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  43.54 
 
 
308 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  43.8 
 
 
307 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
305 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 
316 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.64 
 
 
294 aa  174  1e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.64 
 
 
294 aa  175  1e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 
294 aa  175  1e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.98 
 
 
294 aa  174  2e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 
294 aa  174  2e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.98 
 
 
294 aa  174  2e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.36 
 
 
294 aa  173  3e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.64 
 
 
294 aa  172  6e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
294 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
292 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 
286 aa  170  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 
293 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 
293 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.46 
 
 
293 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 
295 aa  169  7e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 
308 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.78 
 
 
293 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2229  putative transcriptional regulator  44.93 
 
 
309 aa  166  3e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 
311 aa  165  7e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 
311 aa  164  1e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 
294 aa  163  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
296 aa  162  5e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
296 aa  162  8e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  44.82 
 
 
292 aa  161  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.77 
 
 
307 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 
302 aa  160  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6527  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 
307 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.226284 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 
300 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
296 aa  159  5e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
301 aa  159  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
301 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 
300 aa  158  8e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6037  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 
307 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.264299 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.62 
 
 
305 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  4.31754e-06 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5673  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 
307 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 
296 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
301 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 
296 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 
296 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  39.61 
 
 
304 aa  154  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  39.92 
 
 
302 aa  153  3e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
295 aa  152  6e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
288 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 
288 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 
288 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  38.22 
 
 
287 aa  150  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
295 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 
301 aa  150  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
295 aa  149  6e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1981  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 
312 aa  149  6e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4712  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 
297 aa  149  7e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0181499  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 
295 aa  148  9e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  9.93281e-07 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
295 aa  148  9e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 
300 aa  148  1e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
295 aa  147  2e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
304 aa  146  3e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
288 aa  147  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
297 aa  146  4e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 
320 aa  146  4e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  2.88017e-05 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2285  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 
287 aa  145  7e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.61649  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 
320 aa  145  8e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  unclonable  2.28881e-11 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 
311 aa  145  8e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
300 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1106  transcriptional regulator LysR family  37.7 
 
 
306 aa  145  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
296 aa  145  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
316 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
310 aa  144  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.62 
 
 
303 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 
311 aa  143  3e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
305 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  35.17 
 
 
294 aa  143  4e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 
311 aa  143  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
305 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
305 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  1.19726e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
305 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
305 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  2.08594e-07  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>