More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3889 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_4126  phage integrase family protein  82.64 
 
 
432 aa  726  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.727989  normal  0.817809 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3889  phage integrase, putative  100 
 
 
432 aa  884  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000353876 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1555  phage integrase, putative  53.44 
 
 
423 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.206278  decreased coverage  4.7649e-06 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4354  integrase family protein  47.34 
 
 
445 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0248698 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2610  integrase family protein  39.8 
 
 
411 aa  288  1e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00155503 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2978  prophage LambdaSo, site-specific recombinase phage integrase family protein  38.96 
 
 
399 aa  283  6e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0405  phage integrase family protein  37.69 
 
 
402 aa  255  1e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.629501  normal  0.976028 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1861  phage integrase family protein  33.42 
 
 
422 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00488759  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2555  phage integrase family protein  33.42 
 
 
422 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3363  phage integrase family protein  33.17 
 
 
422 aa  193  5e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.267116  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2028  integrase family protein  33.16 
 
 
422 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0404622  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1655  phage integrase family protein  31.83 
 
 
420 aa  192  8e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0191595  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1973  phage integrase family protein  33.16 
 
 
422 aa  192  9e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0686713  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3254  phage integrase family protein  33.17 
 
 
422 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3487  integrase family protein  33.17 
 
 
422 aa  192  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0968357  unclonable  8.80604e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3391  integrase family protein  32.91 
 
 
422 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00443618 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1978  integrase family protein  32.91 
 
 
422 aa  191  3e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  6.35719e-05  normal  0.0552843 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3610  phage integrase family protein  33.88 
 
 
418 aa  190  4e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000842919  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0772  integrase family protein  34.35 
 
 
418 aa  189  6e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.045428  normal  0.308658 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0745  phage integrase family protein  35.16 
 
 
418 aa  189  6e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0686713  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0775  integrase family protein  34.2 
 
 
418 aa  189  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3261  phage integrase  33.59 
 
 
417 aa  183  6e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0304734  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0372  phage family integrase  32.99 
 
 
422 aa  114  3e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0234  phage integrase family protein  30.18 
 
 
416 aa  113  8e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2777  phage integrase family protein  32.37 
 
 
414 aa  112  1e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.179227 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1267  phage integrase family protein  32.1 
 
 
409 aa  112  2e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0699075 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2855  phage integrase family protein  31.49 
 
 
412 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.866183 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004301  phage integrase  31.67 
 
 
415 aa  106  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1601  phage integrase family protein  29.58 
 
 
416 aa  103  5e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.634793  normal  0.83663 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1471  phage integrase family site specific recombinase  30.8 
 
 
415 aa  103  7e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2480  integrase, phage family  31.54 
 
 
413 aa  102  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00704938  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0064  Phage integrase  28.43 
 
 
420 aa  98.2  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2953  phage integrase family protein  29.96 
 
 
408 aa  95.9  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.887066  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  27.82 
 
 
404 aa  94.7  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4740  integrase family protein  31.41 
 
 
418 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0767  prophage integrase  27.89 
 
 
413 aa  92.8  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.496617  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0747  Phage integrase  30.53 
 
 
418 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.236649  normal  0.444279 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2952  phage integrase family protein  26.02 
 
 
397 aa  92.4  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  3.20289e-17 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2709  putative prophage integrase  27.94 
 
 
418 aa  92.8  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.865285 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3101  phage integrase family protein  26.22 
 
 
395 aa  91.7  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.241472 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2743  phage integrase  28.95 
 
 
417 aa  90.9  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0469991  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1281  integrase family protein  27.24 
 
 
410 aa  90.5  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.250481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1063  integrase family protein  26.02 
 
 
398 aa  90.1  6e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  26.14 
 
 
404 aa  89.7  9e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0317  phage integrase  24.94 
 
 
404 aa  89.4  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  29.39 
 
 
406 aa  89  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1721  phage integrase  30.8 
 
 
413 aa  87.8  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.749059  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4160  phage integrase family protein  26.37 
 
 
419 aa  88.2  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0690268  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1370  prophage CP4-57 integrase  25.86 
 
 
399 aa  88.2  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000288538  normal  0.0147519 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1761  phage integrase family protein  29.93 
 
 
411 aa  87  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0148676  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1686  phage integrase family protein  29.56 
 
 
411 aa  86.3  1e-15  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.034435  normal  0.0441759 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3223  integrase  26.43 
 
 
413 aa  86.3  1e-15  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4605  phage integrase family protein  28.2 
 
 
418 aa  85.9  1e-15  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.801465  normal  0.0167588 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2917  phage integrase family site specific recombinase  28.78 
 
 
415 aa  85.5  2e-15  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.121366  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01627  integrase  27.94 
 
 
290 aa  85.1  2e-15  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1188  phage integrase family protein  30.36 
 
 
419 aa  85.5  2e-15  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2463  phage integrase family protein  27.88 
 
 
414 aa  85.5  2e-15  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.384114  normal  0.0605266 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1791  phage integrase family protein  29.2 
 
 
411 aa  84.7  3e-15  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.275952  normal  0.224939 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1631  integrase family protein  27.17 
 
 
409 aa  84.3  3e-15  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1902  integrase family protein  26.94 
 
 
416 aa  84.7  3e-15  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41933  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  29.08 
 
 
413 aa  84.3  4e-15  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0318  hypothetical protein  25.25 
 
 
515 aa  84  5e-15  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1997  integrase family protein  27.44 
 
 
400 aa  84  6e-15  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.726133 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0958  integrase family protein  24.81 
 
 
403 aa  83.6  6e-15  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  28.98 
 
 
396 aa  83.6  6e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2362  integrase family protein  26.6 
 
 
416 aa  83.2  8e-15  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.965631  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  27.47 
 
 
402 aa  83.2  8e-15  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3652  phage integrase family protein  26.85 
 
 
387 aa  82.8  1e-14  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.266068  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  23.6 
 
 
402 aa  81.6  2e-14  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0723  integrase family protein  24.06 
 
 
402 aa  81.3  3e-14  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  28.34 
 
 
394 aa  80.9  4e-14  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  28.34 
 
 
394 aa  80.9  4e-14  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0338398 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1053  integrase family protein  25.56 
 
 
413 aa  80.9  5e-14  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01122  integrase  21.41 
 
 
410 aa  80.5  6e-14  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  27.89 
 
 
391 aa  80.1  8e-14  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  26.56 
 
 
414 aa  79.7  9e-14  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1357  phage family integrase  26.01 
 
 
411 aa  79.3  1e-13  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.183355  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3469  integrase family protein  31.36 
 
 
433 aa  79.3  1e-13  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  28.81 
 
 
402 aa  79  2e-13  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2900  phage integrase family protein  24.82 
 
 
432 aa  79  2e-13  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3779  phage integrase family protein  23.91 
 
 
404 aa  77.8  3e-13  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.794944 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2668  phage integrase family site specific recombinase  23.8 
 
 
411 aa  78.2  3e-13  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0395  phage integrase family protein  26.78 
 
 
396 aa  78.2  3e-13  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436905  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  24.71 
 
 
403 aa  78.2  3e-13  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  26.26 
 
 
394 aa  77  6e-13  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2942  phage integrase family protein  23.37 
 
 
392 aa  76.6  8e-13  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  9.83731e-14 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1571  site-specific recombinase, phage integrase family  23.14 
 
 
409 aa  76.3  9e-13  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0359454  decreased coverage  6.98249e-07 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  28.87 
 
 
401 aa  75.9  1e-12  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0580  putative phage integrase  26.33 
 
 
438 aa  76.3  1e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001829  integrase  24.92 
 
 
405 aa  75.9  1e-12  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.854488  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1337  integrase  26.73 
 
 
418 aa  75.9  1e-12  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3163  integrase family protein  23.25 
 
 
429 aa  76.3  1e-12  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0193699 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  26.37 
 
 
387 aa  75.5  2e-12  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  28.67 
 
 
410 aa  75.1  2e-12  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1813  integrase family protein  26.18 
 
 
285 aa  74.7  3e-12  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.471749 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  26.46 
 
 
445 aa  75.1  3e-12  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0388  phage integrase family site specific recombinase  24.76 
 
 
429 aa  74.3  4e-12  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2383  integrase family protein  26.34 
 
 
427 aa  73.9  4e-12  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0151  phage integrase  27.36 
 
 
429 aa  74.3  4e-12  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  27.44 
 
 
397 aa  74.3  4e-12  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>