More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2112 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_2112  inner-membrane translocator  100 
 
 		 376 aa  729    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.634703  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 360 aa  151  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.82 
 
 		 325 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 373 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 355 aa  138  2e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0357  ABC transporter related  35.92 
 
 		 643 aa  136  7.000000000000001e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  33.96 
 
 		 663 aa  136  7.000000000000001e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  31.46 
 
 		 350 aa  135  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1836  ABC transporter related  33.86 
 
 		 648 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0483035  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  35.59 
 
 		 643 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  31.68 
 
 		 350 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  31.15 
 
 		 350 aa  134  3e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 321 aa  133  6e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  32.1 
 
 		 562 aa  132  6.999999999999999e-30  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  33.08 
 
 		 646 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 335 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  32.69 
 
 		 646 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 349 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6491  ABC transporter related  37.66 
 
 		 608 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133272  normal  0.2359 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  38.65 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6585  inner-membrane translocator  36.82 
 
 		 611 aa  129  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  36.32 
 
 		 381 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  40.33 
 
 		 293 aa  126  6e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  34.34 
 
 		 358 aa  125  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  34.08 
 
 		 571 aa  124  3e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  34.73 
 
 		 319 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.62 
 
 		 315 aa  123  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0610  ABC transporter related  35.98 
 
 		 647 aa  122  9e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  36.6 
 
 		 336 aa  122  9e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  31.91 
 
 		 349 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4011  inner-membrane translocator  34.48 
 
 		 342 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00177528  normal  0.0855218 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  32.91 
 
 		 358 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  35.32 
 
 		 352 aa  120  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2704  ABC transporter related  35.27 
 
 		 842 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.565726  normal  0.530497 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  35.07 
 
 		 332 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6489  inner-membrane translocator  34.47 
 
 		 320 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635062  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1697  ABC transporter related  36.93 
 
 		 593 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.777579  normal  0.764818 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  32.53 
 
 		 632 aa  119  9e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0297  ABC transporter related  33.99 
 
 		 682 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.963057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 340 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  35.47 
 
 		 407 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6016  ABC transporter related  36.82 
 
 		 611 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.604136  decreased coverage  0.00266342 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  35.12 
 
 		 352 aa  117  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  33.47 
 
 		 333 aa  117  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.8 
 
 		 339 aa  117  5e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.68 
 
 		 428 aa  116  6.9999999999999995e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  33.88 
 
 		 310 aa  116  7.999999999999999e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.68 
 
 		 428 aa  116  7.999999999999999e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1796  ABC transporter related  33.98 
 
 		 679 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.210384 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  34.02 
 
 		 339 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  34.02 
 
 		 339 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  35.54 
 
 		 352 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  32.35 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  34.31 
 
 		 324 aa  115  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  31.03 
 
 		 357 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  32.51 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  33.87 
 
 		 315 aa  114  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  35.32 
 
 		 330 aa  114  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  32.4 
 
 		 345 aa  114  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0999  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.51 
 
 		 328 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.203493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  31.54 
 
 		 315 aa  114  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  32.55 
 
 		 415 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0221  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.19 
 
 		 328 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0477  inner-membrane translocator  32.9 
 
 		 346 aa  112  8.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.210882  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 348 aa  112  9e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.64 
 
 		 423 aa  112  9e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1513  inner-membrane translocator  26.43 
 
 		 399 aa  112  9e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.395595  normal  0.69839 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2977  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 454 aa  112  9e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2761  inner-membrane translocator  30.04 
 
 		 411 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  31.45 
 
 		 393 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  33.06 
 
 		 351 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4795  inner-membrane translocator  32.16 
 
 		 319 aa  112  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341671  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1162  ABC transporter related  32.14 
 
 		 678 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0982828  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  31.62 
 
 		 357 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  31.33 
 
 		 452 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.4 
 
 		 418 aa  111  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2250  inner-membrane translocator  31.48 
 
 		 464 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.571474  normal  0.330344 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  29.26 
 
 		 324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.25 
 
 		 412 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1084  inner-membrane translocator  32.59 
 
 		 435 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0450701  normal  0.660313 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  30.57 
 
 		 372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0259  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 425 aa  111  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  34.73 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1946  inner-membrane translocator  29.66 
 
 		 411 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.939983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  32.1 
 
 		 360 aa  110  3e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  26.86 
 
 		 389 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2083  inner-membrane translocator ABC transporter  35.71 
 
 		 832 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27241 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03305  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  32.18 
 
 		 425 aa  109  6e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4773  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.18 
 
 		 425 aa  109  6e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3738  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.18 
 
 		 425 aa  110  6e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3866  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.18 
 
 		 425 aa  109  6e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03258  hypothetical protein  32.18 
 
 		 425 aa  109  6e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0260  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.18 
 
 		 425 aa  109  6e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3654  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.18 
 
 		 425 aa  109  6e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3935  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.18 
 
 		 425 aa  109  6e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0587  inner-membrane translocator  29.62 
 
 		 398 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0897  inner-membrane translocator  28.85 
 
 		 357 aa  109  8.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2283  inner-membrane translocator  31.85 
 
 		 318 aa  109  8.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>